PDB-4e0y: Protelomerase tela covalently complexed with mutated substrate DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e0y

タイトル

Protelomerase tela covalently complexed with mutated substrate DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')
DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
Protelomerase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTELEMORASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #1780 / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / hpI Integrase; Chain A / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: An enzyme-catalyzed multistep DNA refolding mechanism in hairpin telomere formation.
著者: Shi, K. / Huang, W.M. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4e0y_validation.pdf.gz	795 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e0y_full_validation.pdf.gz	798.3 KB	表示
XML形式データ	4e0y_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	4e0y_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/4e0y	HTTPS FTP

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登録構造単位

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

63.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.984, 119.442, 56.922
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protelomerase 分子量: 52648.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: telA, Atu2523 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CWV1

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPAPAPTPAPAPCPAPAPTPAPT)-3') 分子量: 4255.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPAPTPGPAPTPAPTPTPGPTPTPAPTPTPAPTPG)-3') 分子量: 5824.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DT / THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / TMP タイプ: DNA linking / 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P / コメント: dTMP*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 10mM Tris-HCl, 300mM NaCl , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 21996 / Num. obs: 21996 / % possible obs: 77.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→40.082 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2698	1120	5.1 %
R_work	0.2159	-	-
obs	0.2187	21975	77.69 %
all	-	21975	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.388 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.3904 Å²	-0 Å²	2.9442 Å²
2-	-	3.9598 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.3502 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.082 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2528	593	23	136	3280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3315
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.857	4616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.632	1284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	490

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.5092	0.3671	73	0.2742	1301	X-RAY DIFFRACTION	39
2.5092-2.6415	0.3303	76	0.2726	1730	X-RAY DIFFRACTION	51
2.6415-2.807	0.3455	103	0.2939	2160	X-RAY DIFFRACTION	64
2.807-3.0236	0.3225	162	0.3018	2627	X-RAY DIFFRACTION	79
3.0236-3.3278	0.3212	174	0.2568	3123	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3278-3.809	0.2964	195	0.2085	3308	X-RAY DIFFRACTION	98
3.809-4.7977	0.2165	169	0.1677	3278	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7977-40.088	0.219	168	0.1918	3328	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9326	-2.2188	2.4338	2.7925	-0.0576	3.3695	-0.0325	0.4256	-0.2185	-0.037	0.0603	0.0381	0.108	0.3099	-0.0412	0.2614	0.0688	0.0144	0.4632	-0.0031	1.2632	31.1659	-32.2713	-1.4324
2	1.4176	3.031	2.0438	6.482	4.3222	4.6697	-0.1906	0.0919	-1.1605	-0.0656	0.5967	-2.3042	0.2872	1.4831	-0.4136	0.6152	-0.0325	-0.2362	0.8544	-0.0827	1.7425	42.8244	-23.216	9.501
3	5.6454	-4.1483	3.2604	6.355	1.6516	6.8339	-0.0933	-0.1011	0.044	0.7173	0.3508	-0.6166	0.1738	0.342	-0.2078	0.4376	0.0781	-0.2693	0.3871	0.1425	1.0343	31.7041	-26.7501	12.4621
4	3.9884	-0.9956	-0.2203	5.6535	0.7038	0.9451	0.0621	0.0741	-0.6505	0.0323	-0.0295	0.1653	0.1058	-0.1241	-0.1136	0.2606	0.0806	-0.1574	0.1858	0.0001	1.1146	23.0768	-41.0863	2.6544
5	2.4701	-3.4163	-0.6309	5.9076	1.8151	4.0437	-0.2885	-0.1451	-0.1911	1.0066	0.4254	-0.1239	0.0647	-0.0059	-0.124	0.4498	0.034	-0.0285	0.3021	0.1526	1.2398	17.7896	-37.6049	9.7406
6	3.8675	-0.6177	1.708	8.3081	4.9941	4.1336	-0.4053	-1.2498	-0.8258	1.4671	0.3531	-0.0593	1.0702	0.4073	0.0368	0.5343	0.0569	-0.189	0.4227	0.2737	0.8195	16.0767	-24.3356	15.2743
7	0.5164	0.0244	-0.0942	5.1682	0.4551	3.5826	0.019	-0.0693	0.4124	0.4726	0.1477	-1.266	-0.3474	0.3269	-0.1427	0.3322	0.0543	-0.0549	0.1109	-0.0023	0.6379	18.901	-24.9125	6.6772
8	0.5234	0.0114	-0.1465	6.5175	0.9458	1.4224	0.1097	0.0958	-0.2366	-0.527	0.0273	0.1105	0.0169	-0.0623	-0.044	0.2874	-0.0262	-0.1564	0.1459	-0.0463	1.1093	18.5995	-33.7819	-2.0425
9	8.5149	-6.5324	-0.6127	5.0857	1.0968	5.3413	-0.1275	-0.3543	-1.1977	0.034	-0.2271	1.4324	0.1553	-0.5162	0.3805	0.2704	-0.0449	-0.1042	0.3448	0.0093	0.414	4.7582	-20.0913	9.2244
10	2.3719	-2.2232	-0.7862	3.6333	0.4446	1.1802	0.1519	-0.255	0.8982	0.049	0.0458	-1.2726	-0.2012	0.0525	0.0699	0.2776	-0.113	0.0327	0.1057	0.0597	0.3918	21.0043	3.9118	2.9131
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28	7.2706	-2.1041	0.0856	6.2182	-1.6697	7.0371	0.0898	-0.6612	-0.8231	0.3395	0.0733	0.1198	0.5331	0.241	-0.168	0.5735	-0.0255	-0.4231	0.42	0.0484	1.0383	27.6308	-14.8661	18.8802
29	3.9669	0.2362	5.0296	3.7738	2.5541	7.7267	0.1021	0.8695	-0.6859	0.1198	0.1056	-0.3697	0.1089	0.7925	-0.4183	0.6143	0.009	-0.5733	1.0872	0.0145	1.4121	44.3898	-19.2379	20.1863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 102:118)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 119:123)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 124:133)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 134:148)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 149:161)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 162:169)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 170:175)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 176:195)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 196:210)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 211:260)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 261:272)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 273:286)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 287:292)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 293:313)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 314:343)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 344:361)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 362:394)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 395:400)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 401:414)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 415:421)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 1:4)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 5:11)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 12:12)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain C and resid 13:13)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 17:17)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 18:20)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 21:24)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 25:28)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 29:32)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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