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- PDB-4dzr: The crystal structure of protein-(glutamine-N5) methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dzr
タイトルThe crystal structure of protein-(glutamine-N5) methyltransferase (release factor-specific) from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
要素Protein-(Glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide chain release factor N5-glutamine methyltransferase / peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / methylation / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase HemK-like / Protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific / Release factor glutamine methyltransferase, N-terminal domain / PrmC N-terminal domain / : / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 ...Methyltransferase HemK-like / Protein-(glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific / Release factor glutamine methyltransferase, N-terminal domain / PrmC N-terminal domain / : / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Release factor glutamine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Tan, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of protein-(glutamine-N5) methyltransferase (release factor-specific) from Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Bearden, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-(Glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9874
ポリマ－23,7961
非ポリマー1913
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Protein-(Glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific
ヘテロ分子

A: Protein-(Glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9748
ポリマ－47,5912
非ポリマー3826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.766, 61.766, 122.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

ACT

21A-402-

ACT

詳細Experimentally unknown. It is predicted the molecule is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Protein-(Glutamine-N5) methyltransferase, release factor-specific


分子量: 23795.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (バクテリア)
株: subsp. acidocaldarius DSM 446 / 遺伝子: Aaci_2779 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: C8WUG7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE EXPRESSED PROTEIN WAS A FULL LENGTH PROTEIN WITH SEQUENCE: SNA(MSE) ...THE AUTHORS STATE THAT THE EXPRESSED PROTEIN WAS A FULL LENGTH PROTEIN WITH SEQUENCE: SNA(MSE)SEAKYFVARLLKAIAEQLPQSPAYRALPLDE RKRLAEREAEQIVAHALGWDRVKLLQSLGDEVPDEIAERAARLAALRVQGEPLAYVLGKQDF YGRTFEVGPDCLIPRPDTEVLVEEAIRFLKR(MSE)PSGTRVIDVGTGSGCIAVSIALACPG VSVTAVDLS(MSE)DALAVARRNAERFGAVVDWAAADGIEWLIERAERGRPWHAIVSNPPYI PTGEIDQLEPSVRDYEPRLALDGGEDGLQFYRR(MSE)AALPPYVLARGRAGVFLEVGHNQA DEVARLFAPWRERGFRVRKVKDLRGIDRVIAVTREPGSPPESENL AND SINCE TRYPSIN WAS ADDED IN PROTEIN FOR CRYSTALLIZATION PURPOSES, THE PROTEIN WAS CHOPPED AT MULTIPLE SITES. ESPECIALLY, AN EXPECTED N-TERMINAL DOMAIN WAS COMPLETELY GONE AND SEVERAL LOOPS ARE MISSING IN THE STRUCTURE. HOWEVER, THE AUTHORS DO NOT KNOW EXACTLY WHERE THE SEQUENCE STARTS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M calcium acetate hydrate, pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350, 0.0125mg/ml Trypsin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931, 0.97948
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979311
20.979481
反射解像度: 2.55→31 Å / Num. all: 8235 / Num. obs: 8235 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 403 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.551→30.883 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2689 379 4.63 %random
Rwork0.2071 ---
obs0.2097 8179 99.38 %-
all-8179 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.155 Å2 / ksol: 0.314 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4262 Å20 Å2-0 Å2
2--4.4262 Å20 Å2
3----8.8525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→30.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1255 0 11 5 1271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2041755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.615473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004229
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5512-2.92020.3471300.28552526X-RAY DIFFRACTION100
2.9202-3.67810.29721290.21162559X-RAY DIFFRACTION100
3.6781-30.88520.23771200.19252715X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.241 Å / Origin y: 14.54 Å / Origin z: 15.4956 Å
111213212223313233
T0.5504 Å20.1326 Å2-0.0581 Å2-0.4244 Å20.0217 Å2--0.2727 Å2
L2.8335 °20.7852 °2-0.3953 °2-5.3863 °21.0661 °2--10.6789 °2
S0.0771 Å °-0.398 Å °0.1045 Å °0.7514 Å °0.0235 Å °-0.0055 Å °0.1368 Å °-1.0472 Å °-0.0771 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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