PDB-4dy9: Leishmania major Peroxidase is a Cytochrome c Peroxidase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dy9

タイトル

Leishmania major Peroxidase is a Cytochrome c Peroxidase

要素

Cytochrome c

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Alpha Helical Bundle / heme protein

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.082 Å

データ登録者

Jasion, V.S. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Leishmania major Peroxidase Is a Cytochrome c Peroxidase.
著者: Jasion, V.S. / Poulos, T.L.

履歴

登録	2012年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dy9.cif.gz	57.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dy9.ent.gz	41.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ogn-d 1irw-d 1rap-d 1crj-d 1cih-d 5c0z-2 7bnh-2 4hg7-d 1crg-d 3c2c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (3) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (5)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (5)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (3)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Cytochrome c

ヘテロ分子

12.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.280, 44.000, 64.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cytochrome c 分子量: 12206.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_16_1310, LMJF_16_1320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QEN5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: PEG 2K MME, Potassium Bromide, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月24日
放射	モノクロメーター: VariMax Optic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→36.3 Å / Num. all: 11498 / Num. obs: 6330 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 64.3
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 38.6 / Num. unique all: 534 / R_sym value: 0.068 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: yeast cytochrome c

解像度: 2.082→22 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2117	294	4.64 %	Random
R_work	0.1611	-	-	-
obs	0.1635	6330	99.34 %	-
all	-	11498	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.572 Å² / k_sol: 0.398 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0527 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.3428 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.2902 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.082→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	821	0	43	95	959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	890
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.214	1215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.669	328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	120
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	155

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.082-2.622	0.2239	144	0.1461	2936	X-RAY DIFFRACTION	99
2.622-22.0012	0.2064	150	0.1682	3100	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3009	0.2206	0.0592	0.1684	-0.0372	0.7205	0.0188	-0.0621	0.0611	0.1402	0.1539	-0.111	0.0618	0.1395	0.0742	0.0145	0.0265	-0.0765	0.2032	0.0571	0.1941	-16.9067	-8.2394	20.9832
2	0.4346	0.2516	0.0353	0.1619	0.0401	0.0358	0.0234	0.2422	0.2155	-0.0308	0.1351	0.0267	0.0159	0.0642	0.0061	0.0645	0.0185	-0.0155	0.0868	0.0076	0.1101	-14.6658	4.1167	11.6471
3	0.7068	-0.4908	-0.3348	0.3454	0.226	0.1799	0.0137	0.106	0.3469	-0.0098	0.102	0.0605	0.0341	0.086	0.1382	0.0919	-0.0254	-0.0166	0.0851	0.0483	0.0783	-2.6919	1.8043	4.4567
4	0.1346	-0.1491	-0.0087	0.165	0.01	0.0007	0.0933	0.2183	0.0979	-0.0825	0.031	-0.061	0.0489	0.0334	0.0055	0.2146	0.0242	-0.0635	0.1178	-0.0148	0.0897	-6.3794	-11.0635	6.0226
5	0.2173	0.1331	0.1181	0.0854	0.0775	0.2151	0.0275	-0.048	-0.2331	-0.1257	0.0091	-0.2128	0.114	0.1117	0.0233	0.1004	0.0177	0.0234	0.0795	0.0012	0.118	4.3501	-8.7586	8.6896
6	0.0006	0.0008	-0.0011	0.0154	-0.0082	0.0046	-0.0309	-0.1851	-0.0829	0.0193	-0.0338	0.0638	-0.0225	0.0334	-0.0028	0.091	0.0259	0.0233	0.1099	0.0213	0.1147	-6.7462	-8.4438	18.3502
7	0.1564	0.1146	-0.0459	0.147	-0.1049	0.0961	0.0361	-0.0535	0.0896	-0.0013	0.0241	-0.0461	-0.1913	0.0919	0.0177	0.0855	-0.0065	-0.0321	0.1029	0.039	0.1347	0.8974	-5.4583	22.8776
8	0.2044	0.0417	-0.0305	0.1257	-0.1419	0.1398	-0.0544	-0.1691	-0.1121	-0.0274	0.013	0.0752	-0.0058	0.005	-0.0007	0.0678	-0.0153	0.0081	0.0942	0.0092	0.0752	-7.8238	-2.4136	15.6188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 6:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 14:24)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 25:44)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 45:49)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 50:71)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 72:80)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 81:85)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 86:113)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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