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万見
- PDB-4dxo: Crystal Structure of a reconstructed Kaede-type Red Fluorescent P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxo
タイトルCrystal Structure of a reconstructed Kaede-type Red Fluorescent Protein, LEA X(6)
要素LEA X(6) GFP-LIKE PROTEINS
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / BETA BARREL
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Synthetic Construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, H. / Fromme, R. / Wachter, R.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A hinge migration mechanism unlocks the evolution of green-to-red photoconversion in GFP-like proteins.
著者: Kim, H. / Zou, T. / Modi, C. / Dorner, K. / Grunkemeyer, T.J. / Chen, L. / Fromme, R. / Matz, M.V. / Ozkan, S.B. / Wachter, R.M.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEA X(6) GFP-LIKE PROTEINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4222
ポリマ－26,3991
非ポリマー231
水1,08160
1
A: LEA X(6) GFP-LIKE PROTEINS
ヘテロ分子

A: LEA X(6) GFP-LIKE PROTEINS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8444
ポリマ－52,7982
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.650, 78.340, 119.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 LEA X(6) GFP-LIKE PROTEINS / KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN


分子量: 26399.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synthetic Construct (人工物) / プラスミド: pGEM-T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.07M tris, 0.2 M magnesium chloride, 16% PEG 4000, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.16 Å / Num. all: 8009 / Num. obs: 7913 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 10.681 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.314
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25257 382 4.8 %RANDOM
Rwork0.18706 ---
obs0.19021 7527 98.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.523 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1726 0 1 60 1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.071.9722330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06532957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8615205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70824.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.73715299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.244157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5011.51037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4371.5431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.55321659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5083699
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3564.5671
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.0132962
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.076378
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.59832923
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 34 -
Rwork0.279 534 -
obs--97.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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