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万見
- PDB-4dxc: Crystal structure of the engineered MBP TEM-1 fusion protein RG13... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxc
タイトルCrystal structure of the engineered MBP TEM-1 fusion protein RG13, C2 space group
要素Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chimera
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / HYDROLASE / TEM / beta-lactamase / MBP / allosteric regulation / zinc binding / maltose binding
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / response to antibiotic / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein ...Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Periplasmic binding protein-like II / Beta-lactamase/transpeptidase-like / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者van den Akker, F. / Ke, W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
著者: Ke, W. / Laurent, A.H. / Armstrong, M.D. / Chen, Y. / Smith, W.E. / Liang, J. / Wright, C.M. / Ostermeier, M. / van den Akker, F.
履歴
登録2012年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0683
ポリマ－69,9371
非ポリマー1312
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.450, 47.844, 108.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-914-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chimera / RG13


分子量: 69937.273 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: malE, bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): malE- auxotroph PM9F' / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RG13 IS A CHIMERA COMPRISING THE N-TERMINAL DOMAIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN (UNP ...RG13 IS A CHIMERA COMPRISING THE N-TERMINAL DOMAIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN (UNP RESIDUES 27-342), THE C-TERMINAL DOMAIN OF BETA-LACTAMASE TEM (UNP RESIDUES 227-286), AN ENGINEERED LINKER (GSGGG), THE N-TERMINAL DOMAIN OF BETA-LACTAMASE TEM (UNP RESIDUES 24-226), AN ENGINEERED LINKER (S), AND THE C-TERMINAL DOMAIN OF MALTOSE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN (UNP RESIDUES 345-396).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: A 1.0 uL drop was prepared using 0.5 uL protein mixture (13.8 mg/mL RG13, 2.5 mM zinc chloride) and 0.5 uL reservoir solution (0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5-9.5, 15-30% PEG3350) ...詳細: A 1.0 uL drop was prepared using 0.5 uL protein mixture (13.8 mg/mL RG13, 2.5 mM zinc chloride) and 0.5 uL reservoir solution (0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5-9.5, 15-30% PEG3350) and equilibrated over a 1 ml reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.081 / 波長: 1.081 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0811
21.0811
反射解像度: 2.3→42.32 Å / Num. all: 26202 / Num. obs: 23194 / % possible obs: 49.95 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 41.958 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2258 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1ZG4 AND 1OMP

1zg4

1omp


解像度: 2.3→42.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 9.472 / SU ML: 0.234 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.863 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29097 1182 5.1 %RANDOM
Rwork0.23289 ---
obs0.23593 22012 88.52 %-
all-22805 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 2 134 4966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224930
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9421.9716683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7055621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.3325.023213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.71615856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3921524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4471.53100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82824977
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94431830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6084.51706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 93 -
Rwork0.278 1473 -
obs--82.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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