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- PDB-4dws: Crystal Structure of a chitinase from the Yersinia entomophaga to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dws
タイトルCrystal Structure of a chitinase from the Yersinia entomophaga toxin complex
要素(Chi2) x 4
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TIM barrel / Chitinase / Reductive methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases ...Chitinase A; domain 3 - #10 / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: The BC component of ABC toxins is an RHS-repeat-containing protein encapsulation device.
著者: Busby, J.N. / Panjikar, S. / Landsberg, M.J. / Hurst, M.R. / Lott, J.S.
履歴
登録2012年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22013年10月9日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chi2
B: Chi2
C: Chi2
D: Chi2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,6548
ポリマ－241,2854
非ポリマー3684
水21,7261206
1
A: Chi2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4822
ポリマ－60,3891
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chi2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4132
ポリマ－60,3211
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Chi2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3611
ポリマ－60,3611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Chi2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3973
ポリマ－60,2131
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.505, 210.556, 92.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, C and D).

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Chi2


分子量: 60389.480 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
株: MH96 / 遺伝子: chi2 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A879
#2: タンパク質 Chi2


分子量: 60321.371 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
株: MH96 / 遺伝子: chi2 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A879
#3: タンパク質 Chi2


分子量: 60361.434 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
株: MH96 / 遺伝子: chi2 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A879
#4: タンパク質 Chi2


分子量: 60213.184 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
株: MH96 / 遺伝子: chi2 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A879

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非ポリマー , 2種, 1210分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG 3350, 2% isopropanol, 0.1 M calcium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→105.278 Å / Num. all: 212127 / Num. obs: 212127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.97.20.5821.2224369309990.582100
1.9-2.017.50.3691.9219146293120.369100
2.01-2.157.60.2422.9209636275230.242100
2.15-2.327.70.1694.3196393256150.169100
2.32-2.557.70.1315.6181242235690.131100
2.55-2.857.70.17.3164504213460.1100
2.85-3.297.70.0858145177188300.085100
3.29-4.027.70.0679.8122447159500.067100
4.02-5.697.70.04614.194381123290.046100
5.69-19.8967.80.03817.25191066540.03897.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å19.9 Å
Translation1.8 Å19.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3OA5

3oa5


解像度: 1.8→105.278 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.1913 / WRfactor Rwork: 0.1551 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8955 / SU B: 2.176 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1089 / SU Rfree: 0.1088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 10651 5 %RANDOM
Rwork0.1598 ---
all0.1617 212271 --
obs0.1617 212074 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.5 Å2 / Biso mean: 14.8263 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20.06 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→105.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16574 0 24 1206 17804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.02117140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0041.97423275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.42852189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15824.504786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.499152508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1611580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.22450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02113375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2291.510725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.056217098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.32436415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0394.56160
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 797 -
Rwork0.212 14886 -
all-15683 -
obs-15683 99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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