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- PDB-4du6: Crystal structure of GTP cyclohydrolase I from Yersinia pestis co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4du6
タイトルCrystal structure of GTP cyclohydrolase I from Yersinia pestis complexed with GTP
要素GTP cyclohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / GTP binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I signature 2. / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 ...GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I signature 2. / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GTP cyclohydrolase 1 / GTP cyclohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.106 Å
データ登録者Maltseva, N. / Kim, Y. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of GTP cyclohydrolase I from Yersinia pestis complexed with GTP
著者: Maltseva, N. / Kim, Y. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Source and taxonomy
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP cyclohydrolase 1
B: GTP cyclohydrolase 1
C: GTP cyclohydrolase 1
D: GTP cyclohydrolase 1
E: GTP cyclohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,96224
ポリマ－125,1095
非ポリマー3,85319
水3,279182
1
A: GTP cyclohydrolase 1
B: GTP cyclohydrolase 1
C: GTP cyclohydrolase 1
D: GTP cyclohydrolase 1
E: GTP cyclohydrolase 1
ヘテロ分子

A: GTP cyclohydrolase 1
B: GTP cyclohydrolase 1
C: GTP cyclohydrolase 1
D: GTP cyclohydrolase 1
E: GTP cyclohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,92448
ポリマ－250,21710
非ポリマー7,70738
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area69500 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area67680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.047, 104.912, 70.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-404-

HOH

詳細-x+1,y,-z is applied to the asymmetric unit (pentamer) to generate decamer.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
GTP cyclohydrolase 1 / GTP cyclohydrolase I


分子量: 25021.715 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: folE, YPTB1520 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q66C86, UniProt: Q8ZG15*PLUS, GTP cyclohydrolase I

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非ポリマー , 6種, 201分子

#2: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.8M Lithium Chloride; 0.1M TRIS HCl pH 8.5; 8% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.106→50 Å / Num. all: 70010 / Num. obs: 70010 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 37.55 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2881 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_920)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GTP

1gtp


解像度: 2.106→43.198 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3519 5.05 %random
Rwork0.18 ---
all0.182 69649 --
obs0.182 69649 96.32 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.745 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.3027 Å2-0 Å2-1.0167 Å2
2---5.871 Å20 Å2
3---23.1737 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.106→43.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8535 0 236 182 8953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0139122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48212398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d183475
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1011476
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1058-2.13470.341930.28182004209772
2.1347-2.16510.32141100.25412283239384
2.1651-2.19750.2531390.24722295243485
2.1975-2.23180.31361380.24192397253588
2.2318-2.26840.31741410.23442550269193
2.2684-2.30750.30771490.22912629277896
2.3075-2.34950.25751580.22352676283499
2.3495-2.39460.26631460.20292705285199
2.3946-2.44350.25571450.21692720286599
2.4435-2.49660.25511440.21532724286899
2.4966-2.55470.28071330.21252699283299
2.5547-2.61860.24391520.20852688284099
2.6186-2.68940.29091700.20862746291699
2.6894-2.76850.29341360.206626892825100
2.7685-2.85780.27651290.20292756288599
2.8578-2.960.26861450.227172862100
2.96-3.07850.22041330.200327812914100
3.0785-3.21850.27641500.18927132863100
3.2185-3.38810.23361230.18327752898100
3.3881-3.60030.23751420.171227392881100
3.6003-3.87810.21371450.167227492894100
3.8781-4.26810.19191500.141727552905100
4.2681-4.8850.15851540.129227572911100
4.885-6.15170.20941480.174427742922100
6.1517-43.20680.1691460.16232809295599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.633-1.0917-1.78447.9198-1.71045.76630.0610.54630.068-0.585-0.1649-1.4159-0.04931.0472-0.00050.3599-0.10550.14590.8141-0.03620.6108127.9851-6.0771-18.0341
23.15311.48012.96132.33661.5923.1014-0.16610.1214-0.191-0.18320.2281-0.2613-0.23260.819-0.03480.4024-0.1467-0.07220.64120.10560.7401132.36788.05770.9285
32.6018-1.6763-1.32191.54020.10951.8761-0.0934-1.1435-0.32090.4524-0.0186-0.25890.13060.21260.05880.6035-0.1421-0.24790.79890.05440.6583124.583712.025519.779
41.57452.48082.01157.1148.29912.0946-0.0963-0.0091-0.08710.3928-0.1565-0.07470.52350.39940.37960.3996-0.027900.52680.09620.6068125.92151.22191.8644
53.36451.81371.34134.95281.872.6528-0.04720.1957-0.1495-0.10570.0457-0.20970.07360.27450.02510.2427-0.04020.06410.42220.02690.3208112.8894-6.32-11.9459
61.0998-0.847-0.29912.04361.68132.196-0.03670.18640.2487-0.16390.0497-0.2043-0.16490.18820.01350.3115-0.08950.05150.40370.05810.4163110.35024.0653-14.1244
72.07631.1180.12622.09242.77552.02390.0262-0.09661.23220.4485-0.38610.878-0.0591-1.04510.46630.5187-0.03450.06850.5797-0.0720.670798.5316-1.4772-20.5495
86.63822.3508-1.2333.4134-2.34726.7882-0.02460.4705-1.1398-0.6549-0.0506-0.08060.84610.4418-0.05770.53610.05860.04130.4771-0.24470.629695.1638-38.3096-21.707
92.3526-1.38212.52019.534-6.77882.02530.60490.48110.0094-0.7333-0.8239-0.83081.44010.36550.1450.79030.09570.10790.702-0.19460.8437105.9894-40.1717-13.7336
105.70332.29795.25064.39651.33828.7445-0.12020.1546-0.44120.30620.00370.2020.93990.52530.07730.42640.14720.06530.3734-0.0010.6254109.661-40.39295.0066
113.89991.76832.73574.80050.05065.61790.2859-0.7752-0.52530.7458-0.06650.04180.208-0.0782-0.22410.46620.1308-0.01140.55510.05110.5194109.5793-33.133217.3189
124.896-0.75356.80940.62370.15142.04780.159-0.1901-0.42810.05290.0255-0.00730.7426-0.384-0.11390.3924-0.00250.06810.3031-0.01870.544499.8712-36.1488-1.0458
137.8163-0.88144.02132.9188-1.13844.79390.26460.2829-0.8736-0.67860.31981.0670.7124-0.7687-0.60180.436-0.1029-0.02510.6109-0.08210.551578.6741-27.0369-22.5488
147.2866-1.44164.08651.287-1.23264.6910.01210.111-0.4726-0.06230.1593-0.02390.1635-0.1198-0.17580.2855-0.02850.06950.2557-0.0240.322393.2211-21.9539-12.3919
152.36750.22731.28680.9220.30772.44530.00690.2361-0.2481-0.10910.0147-0.05690.1750.256-0.0270.2866-0.00850.08290.2888-0.03490.344297.3929-21.1806-14.4301
162.0345-1.3564-0.56947.4485-1.28578.59690.0335-0.06091.57770.3853-0.3833-0.2383-1.1417-0.10450.37040.3586-0.05430.00430.491-0.10120.559890.1678-8.7744-23.6535
172.0186-5.3303-4.72787.51923.28937.08270.09661.6026-0.9701-0.1574-0.65081.48970.6109-1.87610.53010.4698-0.0996-0.11120.8946-0.17850.72554.5687-16.7978-26.3002
182.00065.6354-9.10694.3306-5.95188.4385-1.18390.6602-1.6097-0.54180.2947-0.63151.16-1.45230.81070.5593-0.2058-0.02360.9058-0.02020.79256.0285-28.0887-19.4852
195.1118-2.77773.68223.6452-1.30484.63030.1156-0.3788-0.14880.1421-0.11060.61510.3475-0.5485-0.01280.3477-0.15120.05360.46260.01570.521855.2642-34.1857-1.037
205.7679-2.12081.0684.40050.03154.3717-0.4219-1.0956-0.31970.53680.4520.95650.4137-0.56810.0680.4125-0.06150.09980.58460.10980.593461.0026-32.998911.8033
211.7669-1.16192.26673.1974-3.34997.4883-0.18070.05-0.0434-0.0373-0.01140.20450.1416-1.01050.18960.28-0.06040.0050.524-0.05480.528756.5783-22.6974-5.8899
222.86050.63230.05366.0474-2.02453.0344-0.07870.37030.2595-0.23790.05970.5303-0.2081-0.43570.03290.25340.0155-0.02450.4209-0.03250.361264.8591-7.7545-17.6219
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389.8195-1.0016-7.41952.04240.52077.02170.25070.34940.8533-0.21850.0885-0.1379-0.5943-0.1624-0.33380.5083-0.0569-0.10930.33240.08640.475887.1119.6325-15.73
399.60330.3964-4.77372.0399-1.33332.0178-0.33040.2559-1.39490.2138-0.47360.54430.7245-0.48860.88490.4951-0.070.0920.55860.01190.623394.94277.8909-22.7284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:18)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 19:49)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 50:60)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 61:81)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 82:149)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 150:205)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 206:220)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 2:18)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 19:30)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 31:48)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 49:60)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 61:81)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 82:97)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 98:132)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resseq 133:205)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resseq 206:217)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 2:18)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 19:30)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resseq 31:48)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resseq 49:60)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resseq 61:81)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resseq 82:149)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resseq 150:205)
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resseq 206:220)
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resseq 2:18)
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resseq 19:30)
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resseq 31:132)
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resseq 133:205)
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resseq 206:217)
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resseq 2:30)
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resseq 31:48)
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resseq 49:60)
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resseq 61:81)
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resseq 82:97)
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resseq 98:132)
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resseq 133:165)
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resseq 166:182)
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resseq 183:205)
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resseq 206:218)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る