ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB REFMAC5.7.0032精密化 PHENIX精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show HKL-3000データ収集 XDSデータ削減 XSCALEデータスケーリング Show
精密化 構造決定の手法 : AB INITIO PHASING / 解像度 : 1.15→40.27 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.973 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.968 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 1 / SU B : 0.941 / SU ML : 0.02 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.035 / ESU R Free : 0.035 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.16086 3816 5 % RANDOM Rwork 0.13652 - - - obs 0.13774 72486 86.64 % - all - 73730 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.7 Å / 減衰半径 : 0.7 Å / VDWプローブ半径 : 1.3 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 9.971 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.07 Å2 -0.07 Å2 0 Å2 2- - -0.07 Å2 0 Å2 3- - - 0.23 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.15→40.27 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1856 0 37 313 2206
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.019 1941 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.006 0.02 1722 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.502 1.921 2661 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.131 3.002 3967 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.961 5 295 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg36.157 21.569 51 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg8.645 15 254 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg12.801 15 14 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.102 0.2 342 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 2301 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.005 0.02 429 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scbond_itX-RAY DIFFRACTION r_scangle_itX-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr2.226 3 3663 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free29.225 5 120 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded7.925 5 3841
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 5991 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.15 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 1.147→1.177 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.317 49 - Rwork 0.251 915 - obs - - 15.09 %