PDB-4dsd: Crystal structure of a putative periplasmic protein (BACOVA_05534...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dsd

タイトル

Crystal structure of a putative periplasmic protein (BACOVA_05534) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.75 A resolution

要素

putative periplasmic protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / BLIP-like fold / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY

機能・相同性

Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy - #30 / Putative beta-lactamase-inhibitor-like, PepSY-like / Putative beta-lactamase-inhibitor-like, PepSY-like / Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PepSY_like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides ovatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative periplasmic protein (BACOVA_05534) from Bacteroides ovatus ATCC 8483 at 1.75 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2012年2月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dsd.cif.gz	119.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dsd.ent.gz	96.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dsd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dsd_validation.pdf.gz	445.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dsd_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	4dsd_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	4dsd_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/4dsd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5n16-1 4j3i-d 5d3j-d 4yh4-d 6p05-d 4bw3-d 5ti3-d 4bw4-d 6rwj-d 4o7e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: JCSG-416999

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative periplasmic protein

B: putative periplasmic protein

ヘテロ分子

30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: putative periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.381, 107.381, 63.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	putative periplasmic protein 分子量: 14799.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 株: ATCC 8483 / 遺伝子: BACOVA_05534 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7M5Y8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 21-148 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 5.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M citric acid pH 5.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97927

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月4日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97927 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→29.892 Å / Num. all: 37675 / Num. obs: 37675 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.75-1.8	7.2	0.689	1.1	19788	2734	0.689	100
1.8-1.84	7.2	0.52	1.5	19212	2654	0.52	100
1.84-1.9	7.2	0.386	2	18860	2605	0.386	100
1.9-1.96	7.2	0.311	2.4	18404	2539	0.311	100
1.96-2.02	7.3	0.216	3.5	17821	2456	0.216	100
2.02-2.09	7.3	0.174	4.3	17260	2377	0.174	100
2.09-2.17	7.2	0.144	5.2	16650	2298	0.144	100
2.17-2.26	7.3	0.126	4.4	16107	2220	0.126	100
2.26-2.36	7.2	0.127	5.3	15375	2121	0.127	100
2.36-2.47	7.3	0.128	5.1	14794	2036	0.128	100
2.47-2.61	7.2	0.118	5.5	14192	1959	0.118	100
2.61-2.77	7.2	0.102	6.4	13351	1851	0.102	100
2.77-2.96	7.3	0.087	7.2	12553	1731	0.087	100
2.96-3.2	7.2	0.077	8.1	11759	1639	0.077	100
3.2-3.5	7.2	0.069	9	10791	1501	0.069	100
3.5-3.91	7.1	0.059	10.5	9812	1376	0.059	100
3.91-4.52	7	0.054	11.2	8544	1228	0.054	99.9
4.52-5.53	6.8	0.063	9.3	7135	1045	0.063	99.9
5.53-7.83	6.6	0.075	8.6	5580	844	0.075	100
7.83-29.892	5.6	0.075	8.6	2573	461	0.075	93

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELX		位相決定
SHARP		位相決定
SCALA	3.3.20	データスケーリング
REFMAC		精密化
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 4.209 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.098
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2145	1881	5 %	RANDOM
R_work	0.1774	-	-	-
obs	0.1793	37622	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.61 Å² / B_iso mean: 39.2453 Å² / B_iso min: 18.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1998	0	32	247	2277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.963	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	3773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.885	5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.039	25.784	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.874	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.092	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	410

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	112	-
R_work	0.242	2389	-
all	-	2501	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2015	-0.559	0.4561	2.0919	-0.7627	1.8298	0.0359	-0.0183	0.0025	0.1417	0.0459	0.0534	0.2614	-0.1934	-0.0819	0.1338	-0.0008	0.0397	0.0802	0.0624	0.0788	27.162	20.191	18.319
2	0.8765	-0.4316	-0.2344	0.3813	0.1518	1.772	0.0907	0.0768	0.0485	-0.0117	-0.0528	-0.0315	0.1455	0.1628	-0.0378	0.053	0.0332	0.008	0.1986	0.0182	0.0098	48.443	23.956	7.202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	21 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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