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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dr9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a peptide deformylase from synechococcus elongatus in complex with actinonin | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lorimer, D. / Abendroth, J. / Craig, T. / Burgin, A. / Segall, A. / Rohwler, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of a cyanophage-encoded peptide deformylase. 著者: Frank, J.A. / Lorimer, D. / Youle, M. / Witte, P. / Craig, T. / Abendroth, J. / Rohwer, F. / Edwards, R.A. / Segall, A.M. / Burgin, A.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 302.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21333.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC6301 / 遺伝子: def, syc0213_d, YP_170923 / プラスミド: VCID 6622 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5N5L5, UniProt: A0A0H3JZJ4*PLUS, peptide deformylase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-BR / #4: 化合物 | ChemComp-BB2 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX H12: 30% PEG 2000 MME, 150MM KBR, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K; 18 hour soak in reservoir solution containing 1mM actinonin |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月7日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 56808 / Num. obs: 56579 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 17 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique all: 4200 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb deposition 1lry, modified with CCP4 program CHAINSAW 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.776 / SU ML: 0.104 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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