PDB-4dmm: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Synechococcus elo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dmm

タイトル

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Synechococcus elongatus PCC 7942 in complex with NADP

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / OXOACYL-ACP REDUCTASE / NADP binding / Fatty acid biosynthsis

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Chen, C. / Zhuang, N.N. / Lee, K.H.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase from Synechococcus elongatus PCC 7942 in complex with NADP
著者: Chen, C. / Zhuang, N.N. / Lee, K.H.

履歴

登録	2012年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dmm.cif.gz	358 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dmm.ent.gz	296.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dmm_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dmm_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4dmm_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	4dmm_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dml
類似構造データ	4dml-1 4dml-2 4hy1-1 6c30-d 3vza-d 3e90-d 4a9n-d 5jox-1 6iyt-1 3brk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (5) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.9790, 116.9240, 125.5170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase 分子量: 27685.752 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア) 株: PCC 7942 / 遺伝子: Synpcc7942_0684 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q31QF3, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 21% PEG3350, 0.1M HEPES, 0.16M Lithium sulfate monohydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月14日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→42.78 Å / Num. all: 38351 / Num. obs: 36373 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	最高解像度: 2.38 Å / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.38→42.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 14.248 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21553	1914	5 %	RANDOM
R_work	0.16383	-	-	-
obs	0.16642	36373	99.78 %	-
all	-	38351	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.156 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→42.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6922	0	149	188	7259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	7147
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.045	1.999	9718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.731	5	956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.762	23.76	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.142	15	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.706	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.033	1.5	4728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.909	2	7459
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.198	3	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.224	4.5	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.383→2.444 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	146	-
R_work	0.187	2555	-
obs	-	36373	97.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3867	0.2169	0.224	0.5313	0.146	0.1762	0.0955	0.0256	-0.0799	-0.0115	-0.0456	0.0268	0.0186	-0.0017	-0.0499	0.0833	0.0174	-0.0365	0.0589	-0.007	0.0993	15.087	29.9552	17.3172
2	0.304	0.0622	0.0956	0.3351	0.1036	0.5494	0.0297	0.0924	0.0162	-0.0263	-0.0099	-0.0165	-0.0793	0.0894	-0.0198	0.0719	0.0049	0.0147	0.1083	0.04	0.0689	36.8027	51.119	14.5198
3	1.3653	0.495	0.4676	0.2187	0.1801	0.1787	0.1472	-0.1791	0.0551	0.05	-0.1123	-0.0309	0.0763	-0.0598	-0.035	0.1226	-0.0276	-0.0418	0.0737	0.0269	0.1195	39.2701	51.4024	45.5617
4	1.073	0.3401	0.3769	0.3295	0.1422	0.2564	0.2196	-0.3185	-0.0453	0.0358	-0.1863	0.0203	0.0191	-0.1317	-0.0334	0.1369	-0.0848	-0.0073	0.1618	0.0181	0.0296	12.5487	36.1975	47.4959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 249
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 465
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 249
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 458
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 249
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 427

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関連情報:EMDBヘッダ

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