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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dlh
タイトルCrystal Structure of the protein Q9HRE7 from Halobacterium salinarium at the resolution 1.9A, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HsR50
要素uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
機能・相同性Protein of unknown function DUF1684 / Protein of unknown function (DUF1684) / DUF1684 family protein
機能・相同性情報
生物種Halobacterium sp. NRC-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target HsR50
著者: Kuzin, A. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1652
ポリマ－43,1652
非ポリマー00
水6,071337
1
A: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5821
ポリマ－21,5821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5821
ポリマ－21,5821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.473, 74.933, 112.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer,23.9 kD,91.6%

-
要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein


分子量: 21582.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium sp. NRC-1 (好塩性) / 参照: UniProt: Q9HRE7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: mocrobatch under oil / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:KH2PO4 0.1M, HEPES 0.1M, PEG 8000 40%., mocrobatch under oil, temperature 293KK

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 54970 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 22.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / % possible all: 72.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2LOK

2lok


解像度: 1.9→38.244 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.856 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: throughput / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1499 5.08 %random
Rwork0.174 ---
obs0.176 29492 96.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.96 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 92.83 Å2 / Biso mean: 29.543 Å2 / Biso min: 8.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.729 Å20 Å2-0 Å2
2--3.109 Å2-0 Å2
3----1.379 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→38.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2712 0 0 337 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0933838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004532
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6651000
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9610.2481110.1781962207376
1.961-2.0310.2311450.1792374251992
2.031-2.1130.2521240.172585270999
2.113-2.2090.2461380.1722586272499
2.209-2.3250.2241330.1622590272399
2.325-2.4710.2081270.1722630275799
2.471-2.6620.2671390.19425852724100
2.662-2.930.2581380.19326342772100
2.93-3.3530.2061470.18526412788100
3.353-4.2240.1661570.15626542811100
4.224-38.2520.2111400.1722752289297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.1288 Å / Origin y: 38.7723 Å / Origin z: 67.8398 Å
111213212223313233
T0.0863 Å2-0.0148 Å2-0.0059 Å2-0.1325 Å2-0.0071 Å2--0.0897 Å2
L0.2463 °2-0.0453 °2-0.0614 °2-0.9652 °2-0.0318 °2--0.3263 °2
S-0.007 Å °0.0085 Å °-0.013 Å °-0.006 Å °0.0141 Å °0.0436 Å °0.0182 Å °-0.0014 Å °-0.0052 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA10 - 186
2X-RAY DIFFRACTION1allB11 - 190
3X-RAY DIFFRACTION1allB - A1 - 358

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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