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- PDB-4dlf: Crystal structure of an amidohydrolase (COG3618) from burkholderi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dlf
タイトルCrystal structure of an amidohydrolase (COG3618) from burkholderia multivorans (TARGET EFI-500235) with bound ZN, space group P3221
要素Amidohydrolase 2
キーワードHYDROLASE / Amidohydrolase / enzyme function initiative / EFI / Cog3618 / Structural Genomics / TIM-barrel fold / Putative lactonase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-fucono-1,5-lactonase / fucose catabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-fucono-1,5-lactonase / Putative amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.925 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Al Obaidi, N.F. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an amidohydrolase (COG3618) from burkholderia multivorans (target efi-500235) with bound ZN, space group P3221
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Al Obaidi, N.F. / Zencheck, W.D. / Imker, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Seidel, R.D. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Al Obaidi, N.F. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,31410
ポリマ－33,9601
非ポリマー3549
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.300, 75.300, 142.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Amidohydrolase 2 / Putative amidohydrolase


分子量: 33960.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 遺伝子: Bmul_3602, BMULJ_04915 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9ANE4, UniProt: A0A0H3KNC4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffuction / pH: 7.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 0.5 mM ZnCl, 0.5 mM D-arabonate-1,4-lactone; Reservoir (20% Peg3350, 100 mM HEPES pH 7.5); Cryoprotection (Reservoir, 5 mM Zn, 25 mM D- ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 0.5 mM ZnCl, 0.5 mM D-arabonate-1,4-lactone; Reservoir (20% Peg3350, 100 mM HEPES pH 7.5); Cryoprotection (Reservoir, 5 mM Zn, 25 mM D-arabonate-1,4-lactone, 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.925→65.212 Å / Num. all: 36087 / Num. obs: 36087 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.021 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.92-2.035.70.42962051782.10699.9
2.03-2.1560.62953449371.30799.9
2.15-2.360.92778846490.82499.9
2.3-2.4961.52576343140.516100
2.49-2.725.92.32376440110.323100
2.72-3.045.93.92147136350.189100
3.04-3.515.87.41889332360.093100
3.51-4.35.78.51568227400.06899.8
4.3-6.095.58.21169221410.07299.3
6.09-38.3865.710.5706812460.05298.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DNM

4dnm


解像度: 1.925→38.386 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8273 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 1421 5.05 %random
Rwork0.1926 ---
all0.1944 28155 --
obs0.1944 28155 77.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.358 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 90.34 Å2 / Biso mean: 32.2636 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2988 Å20 Å2-0 Å2
2---0.2988 Å2-0 Å2
3---0.5977 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.925→38.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2268 0 14 212 2494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0823275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005432
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.164856
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9252-1.9940.351590.345135736610
1.994-2.07380.3321300.266586489425
2.0738-2.16820.2761730.27181651172448
2.1682-2.28250.27221670.24633172333993
2.2825-2.42540.25331870.230734013588100
2.4254-2.61270.24721860.214534013587100
2.6127-2.87550.28522020.204134043606100
2.8755-3.29140.22731850.191934333618100
3.2914-4.14610.20121950.163834633658100
4.1461-38.39320.19361870.16693588377598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.38710.6147-0.14421.98-0.39140.69660.0799-0.05840.13570.2822-0.04480.23-0.0717-0.0929-0.06970.2998-0.17170.04060.17240.00820.1278-35.647826.2266148.7378
22.29351.7832-1.53892.6733-1.49052.47520.1908-0.15030.08720.3308-0.1050.0553-0.1206-0.0226-0.09520.3708-0.1444-0.00050.16770.02280.0925-34.708220.0508158.3942
31.5564-0.019-1.60971.0366-0.13052.65590.1307-0.389-0.18630.3413-0.0965-0.23610.05170.2965-0.01450.5262-0.192-0.22690.31270.10550.2986-20.138412.7574160.218
43.41230.2014-0.88092.00760.67370.9901-0.022-0.0113-0.20.00650.1009-0.29070.00990.1661-0.01110.318-0.1922-0.09360.26780.03090.2-20.908613.6095148.3087
51.65490.907-0.49132.1958-0.44841.53520.0230.02-0.11930.10780.0354-0.34430.05050.0858-0.00230.2357-0.1392-0.07470.12660.00510.1979-20.95579.0354144.5275
61.2047-0.00230.58232.6388-0.94181.927-0.06910.1450.1513-0.1481-0.0205-0.26550.03110.06360.13970.1828-0.12860.01190.10460.00790.1247-27.135314.2014133.7691
70.94140.557-0.49772.621-1.22340.9371-0.12480.144-0.0574-0.27740.0627-0.21310.1771-0.02510.07670.2646-0.15770.01590.1634-0.00780.1734-28.01688.0585132.0006
84.7439-0.34950.30153.15831.44981.7840.05650.37330.4723-0.4553-0.026-0.1223-0.20790.0658-0.05310.2619-0.11630.01580.18980.07130.1453-32.066928.3994131.1823
90.35140.193-0.03030.5268-0.03890.14090.01350.032-0.0255-0.02570.0290.03650.0439-0.03190.03220.2403-0.189-0.03220.19060.03880.1541-37.000416.9905133.3431
100.3551-0.4543-0.18154.89735.30496.0539-0.030.1136-0.0138-0.1865-0.25190.81190.0417-0.42470.33790.2132-0.1499-0.06910.28380.0570.2495-45.366318.7588133.0858
111.3020.77920.06741.5559-0.07880.27450.0433-0.03550.0090.0338-0.00040.08960.0795-0.0903-0.02970.3202-0.2234-0.00390.25650.03050.2015-43.26737.635142.6699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 3:59)A3 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 60:81)A60 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 82:97)A82 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 98:121)A98 - 121
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 122:156)A122 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 157:180)A157 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 181:202)A181 - 202
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 203:216)A203 - 216
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 217:253)A217 - 253
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 254:268)A254 - 268
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 269:289)A269 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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