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万見
- PDB-4dle: Ternary Structure of the large Fragment of Taq DNA Polymerase: 4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dle
タイトルTernary Structure of the large Fragment of Taq DNA Polymerase: 4-Fluoroproline Variant
要素
  • DNA polymerase I, thermostable
  • DNA primer
  • DNA template
キーワードTransferase/DNA / DNA polymerase / non-canonical amino acid / unnatural amino acid / 4-fluoroproline / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Holzberger, B. / Obeid, S. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the potential of 4-fluoroproline to modulate biophysical properties of protein
著者: Holzberger, B. / Obeid, S. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Derived calculations
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: DNA primer
C: DNA template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8719
ポリマ－70,0943
非ポリマー7776
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.619, 109.619, 91.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1082-

HOH

21A-1108-

HOH

31A-1109-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / Taq polymerase 1


分子量: 61512.676 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 293-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: polA, pol1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA primer


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA template


分子量: 4964.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 6種, 162分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-DCT / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / ddCTP


タイプ: DNA linking / 分子量: 451.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O12P3
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 20 mM MnCl2, 0.1 M NH4(OAc), 15% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月21日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 23766 / Num. obs: 23766 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.44→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.1268 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KTQ

3ktq


解像度: 2.44→42.086 Å / SU ML: 0.45 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 2377 5.25 %Random
Rwork0.2327 ---
obs0.2353 23766 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 15.48 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3408 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.3408 Å2-0 Å2
3----0.6815 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→42.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4318 570 45 156 5089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5877106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7962000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.4920.35731160.37882392X-RAY DIFFRACTION94
2.492-2.54610.36661600.34442492X-RAY DIFFRACTION100
2.5461-2.60530.38771210.31082560X-RAY DIFFRACTION100
2.6053-2.67050.41061520.31812545X-RAY DIFFRACTION100
2.6705-2.74270.3331420.30792528X-RAY DIFFRACTION100
2.7427-2.82340.37931330.31522514X-RAY DIFFRACTION100
2.8234-2.91450.39221400.32322543X-RAY DIFFRACTION100
2.9145-3.01860.39011500.29472509X-RAY DIFFRACTION100
3.0186-3.13940.30161110.27122570X-RAY DIFFRACTION100
3.1394-3.28230.31391550.24512467X-RAY DIFFRACTION100
3.2823-3.45520.24881360.21932584X-RAY DIFFRACTION100
3.4552-3.67160.25021440.1982500X-RAY DIFFRACTION100
3.6716-3.95490.25451570.19852549X-RAY DIFFRACTION100
3.9549-4.35250.21991550.17242475X-RAY DIFFRACTION100
4.3525-4.98150.26471100.16662578X-RAY DIFFRACTION100
4.9815-6.27280.21551530.17672505X-RAY DIFFRACTION100
6.2728-42.09260.18141420.16672549X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88960.57920.0290.5439-0.19750.3492-0.01640.0325-0.457-0.13790.1107-0.05930.2377-0.09170.16260.1736-0.28530.23140.0903-0.0560.794939.901-42.9256-18.1023
20.1550.1722-0.10490.4372-0.14650.3876-0.1158-0.10330.09250.2033-0.1238-0.119-0.1995-0.0234-0.3867-0.0644-0.30830.1941-0.380.2265-0.048335.7786-13.20070.5997
30.2434-0.00870.16410.1747-0.13080.253-0.1714-0.3781-0.12190.03110.12810.2881-0.1446-0.5109-0.4802-0.2774-0.10260.090.21070.4275-0.678916.4924-19.9603-11.7641
40.69520.2740.62330.6626-0.16441.09980.12040.1815-0.2641-0.0083-0.1787-0.19130.13590.2016-0.07730.05190.0788-0.11250.1980.13730.28937.0789-23.36614.0043
51.0847-0.22130.7890.9322-0.45940.905-0.1298-0.3122-0.0310.20590.0385-0.0483-0.081-0.172-0.047-0.16980.3064-0.15190.23550.32470.080732.7027-23.37066.131
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 294:433)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 434:588)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 589:832)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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