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- PDB-4dka: Structure of Editosome protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dka
タイトルStructure of Editosome protein
要素
  • RNA-editing complex protein MP81
  • single domain antibody VHH
キーワードRNA BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / KREPA1 / VHH / Single domain antibody / PROTEIN BINDING / RNA BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nucleotide insertion / RNA nucleotide deletion / mitochondrial RNA modification / alpha-catenin binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
RNA editing complex, structural subunit MP81 / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Nucleic acid-binding proteins / Zinc finger C2H2-type / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel ...RNA editing complex, structural subunit MP81 / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Nucleic acid-binding proteins / Zinc finger C2H2-type / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-editing complex protein MP81
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Park, Y.-J. / Hol, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The structure of the C-terminal domain of the largest editosome interaction protein and its role in promoting RNA binding by RNA-editing ligase L2.
著者: Park, Y.J. / Budiarto, T. / Wu, M. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Hol, W.G.
履歴
登録2012年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22013年9月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: single domain antibody VHH
B: single domain antibody VHH
C: RNA-editing complex protein MP81
D: RNA-editing complex protein MP81
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8066
ポリマ－50,7604
非ポリマー462
水4,288238
1
A: single domain antibody VHH
D: RNA-editing complex protein MP81
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4033
ポリマ－25,3802
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
2
B: single domain antibody VHH
ヘテロ分子

C: RNA-editing complex protein MP81


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4033
ポリマ－25,3802
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x+1/2,y-1/2,-z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.653, 105.912, 40.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-381-

HOH

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要素

#1: 抗体 single domain antibody VHH


分子量: 13940.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 RNA-editing complex protein MP81


分子量: 11439.330 Da / 分子数: 2 / Mutation: deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q95W15
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.05 M ammonium sulfate, 0.05M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG 2000 MME, 0.2 M sodium thiocyanate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: M0 mirror: toroidal SiC
放射モノクロメーター: 6m spherical grating monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→105.91 Å / Num. obs: 31254 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 16.366
反射 シェル解像度: 1.97→2.03 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.333 / Num. unique all: 1496 / % possible all: 95.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.06 Å
Translation2.5 Å47.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3K7U

3k7u


解像度: 1.97→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.2452 / WRfactor Rwork: 0.1974 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 7.138 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1349 / SU Rfree: 0.1593 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2288 1587 5.1 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.189 31254 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.34 Å2 / Biso mean: 33.9452 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.61 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 2 238 3511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0261.9444480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5275414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.50623.377151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73615573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8071528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022474
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.44233319
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.93853270
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 93 -
Rwork0.19 1629 -
all-1722 -
obs--78.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5352-0.09720.29190.29420.21120.5115-0.0045-0.0090.00970.01870.0381-0.04320.00350.0414-0.03360.03360.01030.00150.0407-0.00610.039637.33537.87982.9534
20.1322-0.1294-0.10050.40920.15690.40690.0004-0.01090.00420.00530.014-0.0016-0.0351-0.0054-0.01440.0484-0.0012-0.00060.03480.00260.03131.2688-20.4987-5.7396
31.1318-0.6061-0.69360.40830.12281.1772-0.03830.0214-0.10470.02890.00580.0641-0.0226-0.07280.03260.02870.00680.00320.019-0.00310.04554.975416.71915.2556
44.0804-1.67070.66032.84341.01712.9995-0.1384-0.1048-0.05990.11520.03520.2167-0.0498-0.23340.10320.03770.00650.01370.02910.01320.05253.807117.285822.2667
51.7111-0.1188-0.24930.543-0.00760.17420.03180.0695-0.07130.0041-0.00440.08950.0009-0.0079-0.02740.0460.0038-0.00450.04950.00940.028310.317513.56919.7308
610.4409-1.11641.78540.69340.13260.8706-0.0125-0.0009-0.3899-0.0248-0.00370.1647-0.0288-0.08560.01620.0465-0.0025-0.00570.03330.00030.04717.258310.799618.8812
72.28280.03852.72071.8031-0.82163.66750.0790.1504-0.0179-0.44020.20840.61980.27540.0676-0.28750.1376-0.0066-0.18110.08350.01080.28629.3841-1.788-11.5068
80.7618-0.33680.34480.78090.13881.44340.0257-0.0379-0.0764-0.05670.00630.05820.0665-0.025-0.0320.02050.0139-0.00110.02120.00440.049417.41631.845-4.5392
90.09140.1045-0.01793.0535-0.94180.30060.0241-0.0034-0.02770.00090.02860.133-0.00740.0027-0.05270.03610.0016-0.00240.0528-0.00910.022215.92038.1963-9.9277
101.44280.8714-0.27496.165-2.23540.81340.0528-0.0467-0.1252-0.01810.11210.45820.006-0.0376-0.1650.0337-0.0018-0.01130.06010.01360.071310.78743.8788-6.7401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3C627 - 653
4X-RAY DIFFRACTION4C654 - 717
5X-RAY DIFFRACTION5C718 - 741
6X-RAY DIFFRACTION6C742 - 761
7X-RAY DIFFRACTION7D627 - 636
8X-RAY DIFFRACTION8D637 - 718
9X-RAY DIFFRACTION9D719 - 742
10X-RAY DIFFRACTION10D743 - 762

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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