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- PDB-4dje: Crystal structure of folate-bound corrinoid iron-sulfur protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dje
タイトルCrystal structure of folate-bound corrinoid iron-sulfur protein (CFeSP) in complex with its methyltransferase (MeTr), co-crystallized with folate
要素
  • (Corrinoid/iron-sulfur protein ...) x 2
  • 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/VITAMIN-BINDING PROTEIN / TIM barrel / Rossmann fold / B12-dependent methyltransferase / TRANSFERASE-VITAMIN-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5-methyltetrahydrofolate-corrinoid/iron-sulfur protein Co-methyltransferase / methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein methyltransferase activity / pteridine-containing compound metabolic process / acetyl-CoA catabolic process / methionine synthase activity / carbon fixation / cobalamin binding / methyltransferase activity / one-carbon metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...5-methyltetrahydrofolate-corrinoid/iron-sulfur protein Co-methyltransferase / methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein methyltransferase activity / pteridine-containing compound metabolic process / acetyl-CoA catabolic process / methionine synthase activity / carbon fixation / cobalamin binding / methyltransferase activity / one-carbon metabolic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / methylation / iron ion binding / calcium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / Rossmann fold - #11600 / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit, TIM barrel / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex, gamma subunit / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / 4Fe-4S domain / Putative Fe-S cluster / 4Fe-4S domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain ...CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / Rossmann fold - #11600 / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit, TIM barrel / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex, gamma subunit / CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase delta subunit / 4Fe-4S domain / Putative Fe-S cluster / 4Fe-4S domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit / Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit / 5-methyltetrahydrofolate:corrinoid/iron-sulfur protein co-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Moorella thermoacetica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.504 Å
データ登録者Kung, Y. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Visualizing molecular juggling within a B12-dependent methyltransferase complex.
著者: Kung, Y. / Ando, N. / Doukov, T.I. / Blasiak, L.C. / Bender, G. / Seravalli, J. / Ragsdale, S.W. / Drennan, C.L.
履歴
登録2012年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
B: 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase
C: Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit
D: Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit
E: Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit
F: Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,26814
ポリマ－223,9056
非ポリマー4,3638
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area76440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.419, 250.664, 82.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-401-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5-methyltetrahydrofolate corrinoid/iron sulfur protein methyltransferase


分子量: 28638.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica (バクテリア)
遺伝子: acsE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46389

-
Corrinoid/iron-sulfur protein ... , 2種, 4分子 CEDF

#2: タンパク質 Corrinoid/iron-sulfur protein large subunit / C/Fe-SP


分子量: 48207.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: Q07340
#3: タンパク質 Corrinoid/iron-sulfur protein small subunit / C/Fe-SP


分子量: 35107.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Moorella thermoacetica (バクテリア) / 参照: UniProt: Q07341

-
非ポリマー , 5種, 20分子

#4: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris, 100 mM calcium acetate, 9% PEG 5000 MME, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.604 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.604 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 34890 / Num. obs: 34890 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.504→48.463 Å / SU ML: 0.93 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2895 1772 5.09 %Random
Rwork0.2405 ---
all0.243 34794 --
obs0.243 34794 95.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.432 Å2 / ksol: 0.292 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.6877 Å2-0 Å20 Å2
2---47.4458 Å20 Å2
3---53.9114 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.504→48.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15089 0 266 12 15367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00515643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78521400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5715660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.504-3.59880.38431100.33862145X-RAY DIFFRACTION82
3.5988-3.70470.36491260.30712413X-RAY DIFFRACTION92
3.7047-3.82420.30141370.29372398X-RAY DIFFRACTION93
3.8242-3.96090.36691190.28252477X-RAY DIFFRACTION94
3.9609-4.11940.31421340.2472454X-RAY DIFFRACTION94
4.1194-4.30670.29531360.24542504X-RAY DIFFRACTION96
4.3067-4.53360.26721530.22642549X-RAY DIFFRACTION98
4.5336-4.81750.27871270.20852617X-RAY DIFFRACTION98
4.8175-5.1890.28411500.22052615X-RAY DIFFRACTION99
5.189-5.71050.32951290.26342652X-RAY DIFFRACTION99
5.7105-6.53510.35681340.26872664X-RAY DIFFRACTION100
6.5351-8.2270.27811420.20562737X-RAY DIFFRACTION100
8.227-48.46720.23171750.21522797X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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