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万見
- PDB-4di5: Co-crystal structure of WT 5-epi-Aristolochene synthase from Nico... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4di5
タイトルCo-crystal structure of WT 5-epi-Aristolochene synthase from Nicotiana tobaccum with geraniline
要素5-epi-aristolochene synthase
キーワードLyase/Lyase inhibitor / all helical / pyrophosphate / TEAS / inhibitor / Lyase-Lyase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


(+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geraniline / ACETATE ION / DIPHOSPHATE / 5-epi-aristolochene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Noel, J.P. / Starks, C. / Crenshaw, C.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-crystal structure of WT 5-epi-Aristolochene synthase from Nicotiana tobaccum with geraniline
著者: Noel, J.P. / Starks, C. / Crenshaw, C.M.
履歴
登録2012年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-epi-aristolochene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2467
ポリマ－61,6781
非ポリマー5686
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.448, 126.448, 122.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-774-

HOH

21A-826-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5-epi-aristolochene synthase / EAS


分子量: 61678.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-548 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: 5-EAS, EAS3, EAS4 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase

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非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-1GA / Geraniline / (4E,8E)-4,8-dimethyl-2-azabicyclo[9.2.2]pentadeca-1(13),4,8,11,14-pentaene


分子量: 227.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8K, MOPSO, MgAcetate, pH 7, hanging drop, temperature 277.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→34.357 Å / Num. all: 38079 / Num. obs: 38079 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 36.57 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 12.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→34.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.7542 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2463 1121 2.95 %
Rwork0.2028 --
obs0.2041 38010 84.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.126 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 133.71 Å2 / Biso mean: 51.427 Å2 / Biso min: 22.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.2426 Å20 Å2-0 Å2
2---12.2426 Å20 Å2
3---24.4852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4341 0 36 223 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0356267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066692
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012801
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5581728
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.40470.3062640.26132374243844
2.4047-2.53150.34341190.27384017413675
2.5315-2.690.34641550.26764822497790
2.69-2.89760.33291530.24425097525095
2.8976-3.1890.29721540.24325202535696
3.189-3.650.27161660.21145201536796
3.65-4.59690.19951600.16535186534695
4.5969-34.36040.17321500.16354990514087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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