PDB-4di0: The structure of Rubrerythrin from Burkholderia pseudomallei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4di0

タイトル

The structure of Rubrerythrin from Burkholderia pseudomallei

要素

Rubrerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / seattle structural genomics center for infectious disease / peroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of Rubrerythrin from Burkholderia pseudomallei
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2012年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4di0.cif.gz	123.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4di0.ent.gz	96.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4di0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4di0_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4di0_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	4di0_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	4di0_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/4di0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/4di0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1j30S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3l1z-d 1j30-d 1o84-1 4jba-d 2pvg-d 4mdk-4 2xlm-1 2f1f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BupsA.17633.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Rubrerythrin

B: Rubrerythrin

ヘテロ分子

31.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.580, 56.470, 99.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Rubrerythrin 分子量: 15712.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A0924 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JK21
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: BupsA.17633.a at 29.52 mg/ml, 16% PEG8000, 20% glycerol, 40mM potassium phosphate. Additional ethylene glycol as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 22862 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 27.573 Å² / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 29.81

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.95	0.546	3.75	9886	1618	1	95.3
1.95-2	0.424	4.75	9976	1567	1	97.2
2-2.06	0.284	6.94	10231	1564	1	98.5
2.06-2.12	0.218	9.28	10583	1529	1	99.5
2.12-2.19	0.158	14.03	12296	1496	1	99.8
2.19-2.27	0.132	17.57	13250	1464	1	99.8
2.27-2.36	0.12	19.03	13068	1395	1	99.9
2.36-2.45	0.107	21.36	13279	1359	1	99.8
2.45-2.56	0.096	24.3	13435	1289	1	99.6
2.56-2.69	0.077	29.55	13803	1245	1	100
2.69-2.83	0.069	35.01	14972	1201	1	99.8
2.83-3	0.064	40.17	15723	1113	1	100
3-3.21	0.056	43.36	14964	1056	1	100
3.21-3.47	0.042	54.27	14082	1000	1	100
3.47-3.8	0.035	67.18	12918	925	1	99.9
3.8-4.25	0.03	75.73	11563	837	1	100
4.25-4.91	0.028	77.95	10258	744	1	100
4.91-6.01	0.033	65.52	8753	640	1	99.8
6.01-8.5	0.029	71.36	6801	519	1	100
8.5-50	0.029	77.16	3449	301	1	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.05 Å
Translation	2.5 Å	45.05 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1J30

1j30

解像度: 1.9→37.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.1862 / WR_factor R_work: 0.1578 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.89 / SU B: 4.911 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / SU R_free: 0.1281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1995	1180	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.1707	22862	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.16 Å² / B_iso mean: 21.007 Å² / B_iso min: 6.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2141	0	25	187	2353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.269	1.94	3017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.945	3	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.728	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.027	24.359	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.553	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.001	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	481

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.272	87	-
R_work	0.228	1407	-
all	-	1494	-
obs	-	-	94.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8527	0.4771	-1.0025	0.8878	-0.2778	1.2317	-0.0034	0.0464	0.0109	0.0393	-0.0059	-0.0621	-0.0105	-0.0289	0.0093	0.0688	0.016	-0.0134	0.048	0.0046	0.0845	45.3137	56.5598	9.7667
2	0.7306	-0.764	-0.0809	2.7573	0.4893	1.804	-0.048	-0.0383	-0.0786	0.1316	0.0579	0.1215	0.0749	-0.1552	-0.0099	0.1079	-0.0049	0.0038	0.0586	0.0124	0.0797	45.8427	39.9315	21.4364
3	0.5783	-0.0376	1.1134	1.152	0.8092	4.9548	-0.0259	0.0338	-0.062	0.0964	-0.009	-0.0278	0.1673	-0.0267	0.0349	0.0762	0.009	0.0094	0.0729	-0.0215	0.0924	52.2574	33.5421	2.0095
4	5.3618	-0.6016	1.4705	5.5106	-0.5209	12.9643	-0.0561	-0.0159	0.0727	0.1524	0.1203	-0.1935	-0.3002	0.1915	-0.0642	0.0876	0.0119	-0.0361	0.0148	0.0084	0.08	56.6652	37.6199	26.674
5	0.6525	-0.1023	0.6186	1.0061	0.7196	3.4284	0.0002	0.0588	0.0141	0.0746	-0.0046	-0.0717	-0.0014	0.0412	0.0044	0.0616	0.0039	-0.007	0.0409	0.0047	0.0949	51.2541	46.0725	10.67
6	1.7174	-0.777	0.3243	1.4608	0.5951	1.0169	0.0444	0.2444	0.0038	-0.1643	-0.0445	0.0005	-0.0137	-0.0906	0.0001	0.1001	-0.0032	0.0192	0.1216	0.0155	0.0886	45.7967	57.6573	-5.2743
7	3.0114	1.5499	-1.9862	2.1505	-1.4964	3.0307	-0.0177	0.0796	0.0854	0.0578	0.0069	0.0645	-0.0827	-0.1828	0.0108	0.0549	0.042	-0.0158	0.0685	-0.0142	0.0667	32.6235	62.4036	12.2907
8	3.8388	1.1302	-2.8814	1.9863	0.94	4.1685	0.1556	0.0108	0.2594	-0.0784	0.0555	0.0301	-0.3436	-0.0313	-0.2111	0.176	0.0864	-0.015	0.1225	0.0402	0.1463	48.4716	70.5864	-3.4351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	128 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	65 - 91
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	92 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 139

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関連情報:EMDBヘッダ

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