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- PDB-4dfs: Structure of the catalytic domain of an endo-1,3-beta-glucanase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dfs
タイトルStructure of the catalytic domain of an endo-1,3-beta-glucanase (laminarinase) from Thermotoga petrophila RKU-1
要素Glycoside hydrolase, family 16
キーワードHYDROLASE / GH16 / laminarinase / Thermotoga petrophila RKU-1 / beta-jelly roll / glycosyl hydrolase family 16 / sugar / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase, family 16
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga petrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.754 Å
データ登録者Meza, A.N. / Ruller, R. / Prade, R.A. / Squina, F.M. / Santos, C.R. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies of an endo-1,3-beta-glucanase from Thermotoga petrophila RKU-1
著者: Meza, A.N. / Ruller, R. / Prade, R.A. / Squina, F.M. / Santos, C.R. / Murakami, M.T.
履歴
登録2012年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase, family 16
B: Glycoside hydrolase, family 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5267
ポリマ－61,1572
非ポリマー3685
水25214
1
A: Glycoside hydrolase, family 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8114
ポリマ－30,5791
非ポリマー2323
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase, family 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7153
ポリマ－30,5791
非ポリマー1362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.036, 130.036, 141.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase, family 16


分子量: 30578.641 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga petrophila (バクテリア)
株: RKU-1 / ATCC BAA-488 / DSM 13995 / 遺伝子: Tpet_0899 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5IL44
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM Hepes, 1.8 M ammonium sulphate, 100 mM sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→38.2 Å / Num. obs: 14073 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.75→3.88 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
NatXraysoftwareデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AZX

1azx


解像度: 3.754→36.152 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2403 706 5.02 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.2038 14073 96.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.499 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.337 Å2-0 Å20 Å2
2--0.337 Å20 Å2
3----0.6739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.754→36.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4082 0 17 14 4113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6355771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1021478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.754-4.04330.28971810.24472671X-RAY DIFFRACTION100
4.0433-4.44960.17671420.14812711X-RAY DIFFRACTION100
4.4496-5.09190.21021440.15122685X-RAY DIFFRACTION98
5.0919-6.40940.25551280.22262698X-RAY DIFFRACTION97
6.4094-36.15380.26521110.23182602X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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