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万見
- PDB-4dfj: Crystal structure of the large fragment of DNA Polymerase I from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dfj
タイトルCrystal structure of the large fragment of DNA Polymerase I from Thermus aquaticus in a closed ternary complex with 5-(aminopentinyl)-dTTP
要素
  • 5'-d(AAAAGGCGCCGTGGTC)-3'
  • 5'-d(GACCACGGCGC DOC)-3'
  • DNA polymerase I, thermostableDNAポリメラーゼ
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA Polymerase (DNAポリメラーゼ) / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / hydrolase activity, acting on ester bonds / DNA-templated DNA replication / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0KL / ギ酸 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bergen, K. / Steck, A. / Struett, S. / Baccaro, A. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Structures of KlenTaq DNA Polymerase Caught While Incorporating C5-Modified Pyrimidine and C7-Modified 7-Deazapurine Nucleoside Triphosphates.
著者: Bergen, K. / Steck, A.L. / Strutt, S. / Baccaro, A. / Welte, W. / Diederichs, K. / Marx, A.
履歴
登録2012年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I, thermostable
B: 5'-d(GACCACGGCGC DOC)-3'
C: 5'-d(AAAAGGCGCCGTGGTC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,80623
ポリマ－69,5033
非ポリマー1,30420
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.880, 108.880, 90.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1072-

HOH

21A-1103-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA polymerase I, thermostable / DNAポリメラーゼ / Taq polymerase 1


分子量: 60936.965 Da / 分子数: 1 / 断片: Klenow Fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス)
遺伝子: Pol I, pol1, polA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: P19821, DNAポリメラーゼ

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-d(GACCACGGCGC DOC)-3'


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Primer / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesizer
#3: DNA鎖 5'-d(AAAAGGCGCCGTGGTC)-3'


分子量: 4948.217 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Template / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesizer

-
非ポリマー , 6種, 258分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-0KL / 5-(5-aminopent-1-yn-1-yl)-2'-deoxyuridine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)


分子量: 549.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N3O14P3
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 18% PEG 8000, 200mM Mg-Formate, 100 mMTris pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月8日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed exit, Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 46509 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 16.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3M8S

3m8s


解像度: 1.9→41.807 Å / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 2339 5.03 %
Rwork0.1803 --
obs0.1815 46505 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.762 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9515 Å20 Å2-0 Å2
2---0.9515 Å2-0 Å2
3----10.1223 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4274 569 77 238 5158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9387135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4852011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051777
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8962-1.93490.3127970.26841656X-RAY DIFFRACTION60
1.9349-1.9770.29211050.25051982X-RAY DIFFRACTION73
1.977-2.0230.26211270.2372165X-RAY DIFFRACTION80
2.023-2.07360.2441300.21412429X-RAY DIFFRACTION89
2.0736-2.12970.23481300.20632672X-RAY DIFFRACTION98
2.1297-2.19230.19751320.18352721X-RAY DIFFRACTION100
2.1923-2.26310.20241330.17832753X-RAY DIFFRACTION100
2.2631-2.3440.19061400.17722739X-RAY DIFFRACTION100
2.344-2.43780.22181250.17362784X-RAY DIFFRACTION100
2.4378-2.54870.23481470.18212726X-RAY DIFFRACTION100
2.5487-2.68310.23151530.18812761X-RAY DIFFRACTION100
2.6831-2.85110.24071500.19432746X-RAY DIFFRACTION100
2.8511-3.07120.24181400.19512762X-RAY DIFFRACTION100
3.0712-3.38020.19491510.17782779X-RAY DIFFRACTION100
3.3802-3.8690.17761630.15722772X-RAY DIFFRACTION100
3.869-4.87330.15711530.1542810X-RAY DIFFRACTION100
4.8733-41.8170.1991630.18372909X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7065-0.18820.15261.73830.21090.6893-0.0708-0.0173-0.2329-0.1661-0.0098-0.24880.14590.0605-0.00010.2588-0.02650.06380.2004-0.00740.306439.5449-43.2093-17.7757
20.63880.50910.01940.9010.32751.11520.0095-0.06810.0444-0.038-0.01460.0208-0.24370.049900.2432-0.02090.00180.2103-0.00130.253536.0092-12.7589-0.7212
30.58220.10820.31040.604-0.2750.6689-0.0742-0.13640.15040.1060.13290.1129-0.4705-0.5511-0.00180.38430.1387-0.00070.44650.0040.278811.8291-13.6756-8.4249
40.44070.2327-0.06460.8715-0.47131.9498-0.08880.0423-0.0102-0.05940.09880.0998-0.199-0.44760.00050.23290.0155-0.00750.3150.02580.247417.262-25.0495-12.7457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 294:433)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 434:603)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 604:685)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 686:832)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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