PDB-4dev: An Acetyl Xylan Esterase (Est2A) from the Rumen Bacterium Butyriv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dev

タイトル

An Acetyl Xylan Esterase (Est2A) from the Rumen Bacterium Butyrivibrio proteoclasticus.

要素

Acetyl-xylan esterase Est2A

キーワード

HYDROLASE / acetyl xylan esterase

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylic ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Butyrivibrio proteoclasticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Till, M. / Arcus, V.L.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structure and function of an acetyl xylan esterase (Est2A) from the rumen bacterium Butyrivibrio proteoclasticus.
著者: Till, M. / Goldstone, D.C. / Attwood, G.T. / Moon, C.D. / Kelly, W.J. / Arcus, V.L.

履歴

登録	2012年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dev.cif.gz	617.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dev.ent.gz	505.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dev_validation.pdf.gz	550.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dev_full_validation.pdf.gz	591.2 KB	表示
XML形式データ	4dev_validation.xml.gz	121.6 KB	表示
CIF形式データ	4dev_validation.cif.gz	171 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4dev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4dev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u37C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u37-2 3u37-1 6l1q-2 1z0b-1 4mch-1 6l1q-1 4hyc-2 4mci-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-xylan esterase Est2A

B: Acetyl-xylan esterase Est2A

C: Acetyl-xylan esterase Est2A

D: Acetyl-xylan esterase Est2A

E: Acetyl-xylan esterase Est2A

F: Acetyl-xylan esterase Est2A

G: Acetyl-xylan esterase Est2A

H: Acetyl-xylan esterase Est2A

ヘテロ分子

372 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-xylan esterase Est2A

C: Acetyl-xylan esterase Est2A

F: Acetyl-xylan esterase Est2A

G: Acetyl-xylan esterase Est2A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Acetyl-xylan esterase Est2A

D: Acetyl-xylan esterase Est2A

E: Acetyl-xylan esterase Est2A

H: Acetyl-xylan esterase Est2A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.112, 95.786, 98.787
Angle α, β, γ (deg.)	89.96, 99.74, 92.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	4 - 375	36 - 407
2	1	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	4 - 375	36 - 407
1	2	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	4 - 375	36 - 407
2	2	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	4 - 375	36 - 407
1	3	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	4 - 374	36 - 406
2	3	LEU	LEU	TRP	TRP	D	D	4 - 374	36 - 406
1	4	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	4 - 375	36 - 407
2	4	LEU	LEU	PHE	PHE	E	E	4 - 375	36 - 407
1	5	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	4 - 374	36 - 406
2	5	LEU	LEU	TRP	TRP	F	F	4 - 374	36 - 406
1	6	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	4 - 374	36 - 406
2	6	LEU	LEU	TRP	TRP	G	G	4 - 374	36 - 406
1	7	LEU	LEU	TRP	TRP	A	A	4 - 374	36 - 406
2	7	LEU	LEU	TRP	TRP	H	H	4 - 374	36 - 406
1	8	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	4 - 375	36 - 407
2	8	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	4 - 375	36 - 407
1	9	LEU	LEU	TRP	TRP	B	B	4 - 374	36 - 406
2	9	LEU	LEU	TRP	TRP	D	D	4 - 374	36 - 406
1	10	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	4 - 375	36 - 407
2	10	LEU	LEU	PHE	PHE	E	E	4 - 375	36 - 407
1	11	LEU	LEU	TRP	TRP	B	B	4 - 374	36 - 406
2	11	LEU	LEU	TRP	TRP	F	F	4 - 374	36 - 406
1	12	LEU	LEU	TRP	TRP	B	B	4 - 374	36 - 406
2	12	LEU	LEU	TRP	TRP	G	G	4 - 374	36 - 406
1	13	LEU	LEU	TRP	TRP	B	B	4 - 374	36 - 406
2	13	LEU	LEU	TRP	TRP	H	H	4 - 374	36 - 406
1	14	LEU	LEU	TRP	TRP	C	C	4 - 374	36 - 406
2	14	LEU	LEU	TRP	TRP	D	D	4 - 374	36 - 406
1	15	LEU	LEU	PHE	PHE	C	C	4 - 375	36 - 407
2	15	LEU	LEU	PHE	PHE	E	E	4 - 375	36 - 407
1	16	LEU	LEU	TRP	TRP	C	C	4 - 374	36 - 406
2	16	LEU	LEU	TRP	TRP	F	F	4 - 374	36 - 406
1	17	LEU	LEU	TRP	TRP	C	C	4 - 374	36 - 406
2	17	LEU	LEU	TRP	TRP	G	G	4 - 374	36 - 406
1	18	LEU	LEU	TRP	TRP	C	C	4 - 374	36 - 406
2	18	LEU	LEU	TRP	TRP	H	H	4 - 374	36 - 406
1	19	LEU	LEU	TRP	TRP	D	D	4 - 374	36 - 406
2	19	LEU	LEU	TRP	TRP	E	E	4 - 374	36 - 406
1	20	VAL	VAL	PHE	PHE	D	D	3 - 375	35 - 407
2	20	VAL	VAL	PHE	PHE	F	F	3 - 375	35 - 407
1	21	VAL	VAL	PHE	PHE	D	D	3 - 375	35 - 407
2	21	VAL	VAL	PHE	PHE	G	G	3 - 375	35 - 407
1	22	VAL	VAL	PHE	PHE	D	D	3 - 375	35 - 407
2	22	VAL	VAL	PHE	PHE	H	H	3 - 375	35 - 407
1	23	LEU	LEU	TRP	TRP	E	E	4 - 374	36 - 406
2	23	LEU	LEU	TRP	TRP	F	F	4 - 374	36 - 406
1	24	LEU	LEU	TRP	TRP	E	E	4 - 374	36 - 406
2	24	LEU	LEU	TRP	TRP	G	G	4 - 374	36 - 406
1	25	LEU	LEU	TRP	TRP	E	E	4 - 374	36 - 406
2	25	LEU	LEU	TRP	TRP	H	H	4 - 374	36 - 406
1	26	VAL	VAL	PHE	PHE	F	F	3 - 375	35 - 407
2	26	VAL	VAL	PHE	PHE	G	G	3 - 375	35 - 407
1	27	VAL	VAL	PHE	PHE	F	F	3 - 375	35 - 407
2	27	VAL	VAL	PHE	PHE	H	H	3 - 375	35 - 407
1	28	VAL	VAL	PHE	PHE	G	G	3 - 375	35 - 407
2	28	VAL	VAL	PHE	PHE	H	H	3 - 375	35 - 407

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Acetyl-xylan esterase Est2A 分子量: 46191.789 Da / 分子数: 8 / 変異: H351A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Butyrivibrio proteoclasticus (バクテリア) 株: ATCC 51982 / DSM 14932 / B316 / 遺伝子: est2A, bpr_I2939 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E0RVY7

#1: タンパク質

Acetyl-xylan esterase Est2A

分子量: 46191.789 Da / 分子数: 8 / 変異: H351A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Butyrivibrio proteoclasticus (バクテリア)
株: ATCC 51982 / DSM 14932 / B316 / 遺伝子: est2A, bpr_I2939 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E0RVY7

-
非ポリマー , 5種, 1737分子

#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1707 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化	温度: 289.15 K / pH: 4.6 詳細: 16% (w/v) PEG4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→98 Å / Num. obs: 215870 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.161 / R_sym value: 0.188 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→97.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 4.037 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22424	10845	5 %	RANDOM
R_work	0.19019	-	-	-
obs	0.1919	205024	98.22 %	-
all	-	219780	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.406 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.26 Å²	-0.28 Å²	0.59 Å²
2-	-	-0.88 Å²	-0.18 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→97.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23636	0	142	1707	25485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	24275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.072	1.949	32818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.699	5	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.597	25.046	1195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.433	15	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.01	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	18712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.17	1.5	14835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.975	2	23784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.414	3	9420
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.213	4.5	8995
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	807	-
R_work	0.247	14985	-
obs	-	-	97.28 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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