PDB-4de8: LytR-Cps2a-Psr family protein with bound octaprenyl monophosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4de8

タイトル

LytR-Cps2a-Psr family protein with bound octaprenyl monophosphate lipid

要素

Cps2A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Possible wall techoic acid synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA replication / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Eberhardt, A. / Hoyland, C.N. / Vollmer, D.V. / Bisle, S. / Cleverley, R.M. / Johnsborg, O. / Havarstein, L.S. / Lewis, R.J. / Vollmer, W.

引用

ジャーナル: Microb Drug Resist / 年: 2012
タイトル: Attachment of Capsular Polysaccharide to the Cell Wall in Streptococcus pneumoniae.
著者: Eberhardt, A. / Hoyland, C.N. / Vollmer, D. / Bisle, S. / Cleverley, R.M. / Johnsborg, O. / Havarstein, L.S. / Lewis, R.J. / Vollmer, W.

履歴

登録	2012年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4de8.cif.gz	226.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4de8.ent.gz	186.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4de8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4de8_validation.pdf.gz	622.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4de8_full_validation.pdf.gz	629 KB	表示
XML形式データ	4de8_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	4de8_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4de8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/4de8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4de9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dml-1 4yy8-2 2xxp-d 3tfl-d 6liy-d 4fct-d 1c14-d 4a9n-d 2dvs-d 5gjn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cps2A

ヘテロ分子

44.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.187, 73.187, 163.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cps2A / Integral membrane regulatory protein Cps2A 分子量: 43779.938 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 98-481 / 変異: R267A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: cps2A, SPD_0315 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9ZII9
#2: 化合物	ChemComp-0K3 / (2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl dihydrogen phosphate 分子量: 642.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₆₇O₄P
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M diammonium citrate 15% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月26日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→19.72 Å / Num. all: 33316 / Num. obs: 33316 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 16.1 % / R_merge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Num. unique all: 4749 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.72 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.22 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2306	1683	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1892	-	-	-
all	0.1912	33253	-	-
obs	0.1912	33253	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.89 Å² / k_sol: 0.352 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.2499 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.2499 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.4999 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2893	0	52	134	3079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.782	4107
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.536	1143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	480
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	532

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.0073	0.2516	130	0.2066	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0073-2.0721	0.2412	146	0.2091	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0721-2.146	0.213	134	0.1929	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.2319	0.2635	138	0.186	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2319-2.3333	0.2265	147	0.1926	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3333-2.4561	0.2582	132	0.19	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4561-2.6096	0.2265	145	0.2041	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6096-2.8106	0.2543	168	0.2113	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8106-3.0925	0.2809	145	0.2111	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0925-3.5377	0.2294	137	0.202	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5377-4.4487	0.2048	127	0.16	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4487-19.7228	0.2011	134	0.1779	2863	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8897	0.5681	-0.9731	1.264	0.1496	1.9764	-0.3296	1.1772	-0.6409	-0.3262	0.4004	-0.2493	0.1641	0.1986	0.0699	0.1866	-0.0412	0.1218	0.4285	-0.1149	0.1844	3.686	-1.0936	20.7256
2	0.6413	-0.1908	-0.2046	0.1273	0.0665	0.0881	-0.1654	1.0228	-0.0306	-0.4805	0.0896	0.4098	0.0753	0.0345	-0.0443	0.1808	-0.1939	0.1556	0.5	0.1764	-0.1197	-10.5739	3.9231	18.8053
3	3.9794	1.5059	-0.4288	3.2072	-0.66	2.284	-0.0239	0.0842	0.2458	0.1008	-0.1151	-0.0536	-0.0889	0.0631	0.1424	0.1567	-0.0179	-0.0306	0.1167	0.0143	0.1526	-30.5907	5.3214	24.6168
4	1.7037	-1.0241	0.5276	1.087	-0.8172	2.5095	-0.0368	0.2127	0.0249	-0.0557	-0.1204	-0.114	-0.1044	0.2808	0.1192	0.1517	-0.0373	-0.0237	0.1133	0.0225	0.1391	-22.9029	1.5064	26.0203
5	1.7477	-0.331	-0.5204	2.0011	-1.3296	3.0865	-0.0431	-0.1614	0.1661	0.2591	-0.0801	-0.0255	-0.3662	0.0692	0.0983	0.2391	-0.0329	-0.0713	0.1273	0.0171	0.1666	-34.8061	14.7216	29.8512
6	3.0534	0.0187	0.9289	1.3483	-0.4776	1.7698	0.0792	-0.4262	-0.5573	-0.0358	0.0654	0.2538	0.2422	-0.3699	-0.1368	0.2268	-0.0396	0.0177	0.1821	0.0303	0.2519	-30.6511	-5.9106	32.7467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 111:195)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 196:224)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 225:264)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 265:324)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 325:428)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 429:484)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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