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- PDB-4de3: CTX-M-9 class A beta-lactamase complexed with compound 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4de3
タイトルCTX-M-9 class A beta-lactamase complexed with compound 4
要素Beta-lactamase
キーワードHydrolase/hydrolase inhibitor / CTX-M / beta-lactamase / molecular docking / fragment / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-bromo-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]benzamide / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Nichols, D.A. / Chen, Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-Based Design of Potent and Ligand-Efficient Inhibitors of CTX-M Class A Beta-Lactamase
著者: Nichols, D.A. / Jaishankar, P. / Larson, W. / Smith, E. / Liu, G. / Beyrouthy, R. / Bonnet, R. / Renslo, A.R. / Chen, Y.
履歴
登録2012年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,85315
ポリマ－55,9112
非ポリマー3,94213
水8,647480
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0998
ポリマ－27,9551
非ポリマー2,1437
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7547
ポリマ－27,9551
非ポリマー1,7996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.174, 107.188, 47.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Beta-lactamase CTX-M / Beta-lactamase CTX-M-9a / Betalactamase CTX-M-9 / CTX-M-9 beta-lactamase / ...Beta-lactamase CTX-M / Beta-lactamase CTX-M-9a / Betalactamase CTX-M-9 / CTX-M-9 beta-lactamase / CTX-M-9 extended-spectrum beta-lactamase


分子量: 27955.463 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 29-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCTX-M-9, blaCTX-M-9a, blaCTX-M-9b, CTX-M / プラスミド: pET-9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L5C8, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-DN8 / 3-bromo-N-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]benzamide


分子量: 344.166 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H10BrN5O
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.19 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Potassium Phosphate, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. all: 79883 / Num. obs: 75901 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.247 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.44-1.462.10.43433061.171183.7
1.46-1.492.10.40535401.158188.3
1.49-1.522.20.36736211.168190.7
1.52-1.552.30.34237101.249193.3
1.55-1.582.40.32137421.262194.3
1.58-1.622.40.28837861.26194.8
1.62-1.662.50.25737641.261194.9
1.66-1.712.50.23338351.317196
1.71-1.762.50.20238381.331195.9
1.76-1.812.60.17738071.337195.7
1.81-1.882.60.14938351.312196
1.88-1.952.60.12338491.35196.8
1.95-2.042.60.10438781.332196.9
2.04-2.152.60.08638801.314196.9
2.15-2.292.60.07838811.268197.6
2.29-2.462.60.0739131.25197.9
2.46-2.712.60.06538951.247197.8
2.71-3.12.60.05739321.197198.2
3.1-3.912.50.04839791.051198.4
3.91-502.50.04839101.036196.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3G35

3g35


解像度: 1.44→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.942 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 3811 5 %RANDOM
Rwork0.1628 ---
obs0.165 75828 94.85 %-
all-79883 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.37 Å2 / Biso mean: 14.3205 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å20.19 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 239 480 4607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5552.0295869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0785545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5924.545165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95315681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1581531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.52643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34224256
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19331660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3244.51599
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.71324303
LS精密化 シェル解像度: 1.441→1.478 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 251 -
Rwork0.262 4648 -
all-4899 -
obs-75828 83.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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