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万見
- PDB-4db3: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4db3
タイトル1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosamine kinase from Vibrio vulnificus.
要素N-acetyl-D-glucosamine kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosamine kinase / N-acetylglucosamine kinase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidoglycan turnover / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-D-glucosamine kinase / : / ROK family signature. / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-D-glucosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.95 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-acetyl-D-glucosamine kinase from Vibrio vulnificus.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyl-D-glucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6776
ポリマ－35,3521
非ポリマー3245
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: N-acetyl-D-glucosamine kinase
ヘテロ分子

A: N-acetyl-D-glucosamine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,35312
ポリマ－70,7042
非ポリマー64910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.400, 80.400, 110.418
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 N-acetyl-D-glucosamine kinase / GlcNAc kinase


分子量: 35352.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: nagK, VV1_2570 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8D9M7, N-acetylglucosamine kinase

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非ポリマー , 5種, 198分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 2.5 mG/mL, 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES pH 7.5. Screen solution: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0. Cryo: 0.1M Li Sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% ...詳細: Protein solution: 2.5 mG/mL, 0.3M Sodium chloride, 0.01M HEPES pH 7.5. Screen solution: 0.1M Lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane pH 7.0. Cryo: 0.1M Li Sulfate, 0.1M Bis-Tris Propane, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 29453 / Num. obs: 29453 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1434 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2AP1

2ap1


解像度: 1.95→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 7.262 / SU ML: 0.094
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19848 1498 5.1 %RANDOM
Rwork0.16848 ---
all0.17011 27919 --
obs0.17011 27919 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.376 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å20.77 Å2-0 Å2
2--1.53 Å2-0 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2358 0 14 193 2565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.9813323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89534072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9725320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61824.811106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.15815408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8561510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0291.51559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3171.5657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7522475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9223897
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6234.5848
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 110 -
Rwork0.256 2024 -
obs-2024 99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
118.091-9.88175.06328.3648-6.637817.61260.15710.85790.3571-0.6008-0.3119-0.5042-0.5232-0.88970.15480.46890.0252-0.03260.49410.16030.349920.6289.110766.7995
22.64550.2386-0.10162.3972-0.66261.13580.1479-0.2583-0.2151-0.0334-0.06530.17860.3533-0.1645-0.08260.2274-0.0696-0.09160.09980.05730.1236.684213.642149.8605
33.11210.1579-0.8912.2455-1.99863.50360.1732-0.2181-0.3172-0.16-0.1621-0.27030.32190.222-0.01110.15950.0655-0.04130.0630.03670.136723.111423.219742.6031
42.36240.5095-0.29592.03520.08882.1016-0.0240.3855-0.1786-0.5820.13470.02450.2318-0.047-0.11070.28420.0342-0.0480.1044-0.03030.055516.575528.462323.6451
52.28680.24570.17612.60630.23133.35890.02220.3813-0.6148-0.75330.0107-0.25510.61760.193-0.03290.48690.10130.10250.122-0.11520.24829.315519.428822.5622
63.29442.3808-2.1913.2696-2.00763.57490.0562-0.3435-0.3953-0.2697-0.1835-0.360.39590.39140.12730.17880.0605-0.03450.09640.01870.127826.303922.37942.4375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 0
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4A144 - 189
5X-RAY DIFFRACTION5A190 - 272
6X-RAY DIFFRACTION6A273 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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