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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4daf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B. anthracis DHPS with compound 19 | ||||||
要素 | Dihydropteroate Synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TIM Barrel / DHPS inhibitor / Transferase / pABA / DHPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å | ||||||
データ登録者 | Hammoudeh, D. / Lee, R.E. / White, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012 タイトル: Structure-Based Design of Novel Pyrimido[4,5-c]pyridazine Derivatives as Dihydropteroate Synthase Inhibitors with Increased Affinity. 著者: Zhao, Y. / Hammoudeh, D. / Yun, M.K. / Qi, J. / White, S.W. / Lee, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4daf.cif.gz | 210.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4daf.ent.gz | 169.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4daf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4daf_validation.pdf.gz | 1009.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4daf_full_validation.pdf.gz | 1018.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4daf_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4daf_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/4daf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/4daf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: A2012 / 遺伝子: folP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: C3P9L8, UniProt: Q81VW8*PLUS, dihydropteroate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.98 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Lithium sulfate, Bis-Tris propane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日 詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 24748 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.414 / Net I/σ(I): 11.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TWS 解像度: 2.501→48.348 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6417 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 38.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.534 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 181.87 Å2 / Biso mean: 81.0258 Å2 / Biso min: 43.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.501→48.348 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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