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- PDB-4da1: Crystal structure of branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4da1
タイトルCrystal structure of branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase phosphatase with Mg (II) ions at the active site
要素Protein phosphatase 1K, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / metal-ion-assisted catalysis / dehydrogenase phosphatase / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)]-phosphatase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (lipoamide)]-phosphatase activity / regulation of intracellular signal transduction / H139Hfs13* PPM1K causes a mild variant of MSUD / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity ...[3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (2-methylpropanoyl-transferring)]-phosphatase / [3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (lipoamide)]-phosphatase activity / regulation of intracellular signal transduction / H139Hfs13* PPM1K causes a mild variant of MSUD / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / manganese ion binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain ...Sigma factor PP2C-like phosphatases / PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Protein phosphatase Mn(2+)-dependent 1K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.383 Å
データ登録者Brautigam, C.A. / Chuang, J.L. / Chuang, D.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical characterization of human mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase phosphatase.
著者: Wynn, R.M. / Li, J. / Brautigam, C.A. / Chuang, J.L. / Chuang, D.T.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 1K, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6467
ポリマ－43,3391
非ポリマー3076
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.276, 125.276, 61.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 1K, mitochondrial / PP2C domain-containing protein phosphatase 1K / PP2C-like mitochondrial protein / PP2C-type ...PP2C domain-containing protein phosphatase 1K / PP2C-like mitochondrial protein / PP2C-type mitochondrial phosphoprotein phosphatase / PTMP / Protein phosphatase 2C isoform kappa / PP2C-kappa


分子量: 43338.805 Da / 分子数: 1 / 断片: truncated phosphatase protein (UNP residues 84-360) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPM1K, PP2CM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N3J5, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 19% PEG3350, 0.2 M Magnesium chloride, 20 mM beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月16日
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 22452 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 42.04 Å2
反射 シェル解像度: 2.38→2.42 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-CollectCOLLECTデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IQ1

2iq1


解像度: 2.383→43.942 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.61 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2049 1146 5.11 %RANDOM
Rwork0.1769 ---
obs0.1783 22432 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.287 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 136.34 Å2 / Biso mean: 51.3423 Å2 / Biso min: 23.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7034 Å20 Å2-0 Å2
2--6.7034 Å20 Å2
3----13.4068 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.383→43.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1980 0 15 64 2059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082027
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.072736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.766741
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3833-2.49180.30551330.26852610274399
2.4918-2.62310.27531420.233826452787100
2.6231-2.78740.23511400.213726682808100
2.7874-3.00260.26091410.199126232764100
3.0026-3.30470.21431440.192726562800100
3.3047-3.78260.21131600.172726552815100
3.7826-4.76480.1821550.14232676283199
4.7648-43.94930.15771310.15872753288499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.90380.4435-0.50794.08391.58792.3055-0.0508-0.0057-0.1163-0.3251-0.0305-0.2440.14680.57740.05620.3920.11950.0190.25880.07540.32417.736128.3515-84.9516
22.1603-0.37120.58362.9711-1.06482.75630.051-0.0985-0.3910.0921-0.1091-0.02720.6386-0.11450.01370.44790.02870.0530.17940.03080.34327.8756117.1614-80.8487
33.44971.67560.81472.7276-2.24846.81730.16040.04490.09490.06260.05460.2679-0.2016-0.0001-0.22680.28140.08670.02850.1768-0.00260.25581.3107131.7627-88.7858
43.4326-0.5726-0.15812.46331.02638.6532-0.0847-0.34540.21570.41560.10440.3105-0.2089-0.3614-0.00620.25640.0180.07740.1607-0.010.3314-2.2021128.4711-75.7893
55.44191.69011.56127.58722.07537.0893-0.1380.12980.317-0.3891-0.1123-0.1275-0.5390.23850.24290.29640.02570.02280.20650.05710.265213.2823139.1928-88.5254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 90:117)A90 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 118:196)A118 - 196
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 197:230)A197 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 231:290)A231 - 290
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 291:348)A291 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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