[日本語] English
万見
- PDB-4d9t: Rsk2 C-terminal Kinase Domain with inhibitor (E)-methyl 3-(4-amin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d9t
タイトルRsk2 C-terminal Kinase Domain with inhibitor (E)-methyl 3-(4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-p-tolyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-2-cyanoacrylate
要素Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / inhibitor / reversible / thiol / phosphorylation / migration / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / CREB phosphorylation / ribosomal protein S6 kinase activity / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / CREB phosphorylation / ribosomal protein S6 kinase activity / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / central nervous system development / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / magnesium ion binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JG / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Serafimova, I.M. / Pufall, M.A. / Krishnan, S. / Duda, K. / Cohen, M.S. / Maglathlin, R.L. / McFarland, J.M. / Miller, R.M. / Frodin, M. / Taunton, J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Reversible targeting of noncatalytic cysteines with chemically tuned electrophiles.
著者: Serafimova, I.M. / Pufall, M.A. / Krishnan, S. / Duda, K. / Cohen, M.S. / Maglathlin, R.L. / McFarland, J.M. / Miller, R.M. / Frodin, M. / Taunton, J.
履歴
登録2012年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8933
ポリマ－38,4791
非ポリマー4142
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子

A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7876
ポリマ－76,9582
非ポリマー8294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.700, 46.700, 294.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated ...S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated protein kinase 1 / ISPK-1 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPK-activated protein kinase 1b / MAPKAP kinase 1b / MAPKAPK-1b / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2


分子量: 38478.930 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal kinase domain, UNP residues 399-740 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ISPK1, MAPKAPK1B, RPS6KA3, RSK2 / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P51812, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0JG / methyl (2S)-3-{4-amino-7-[(1E)-3-hydroxyprop-1-en-1-yl]-5-(4-methylphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl}-2-cyanopropanoate / (E)-methyl 3-(4-amino-7-(3-hydroxypropyl)-5-p-tolyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-2-cyanoacrylate


分子量: 391.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N5O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris, pH 8.5, 25% PEG 3350, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月15日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.6 Å / Num. all: 13794 / Num. obs: 13507 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 62.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_613精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→36.574 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7921 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / σ(I): 2 / 位相誤差: 26.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2665 1350 10 %10% Random
Rwork0.2157 ---
all0.221 13794 --
obs0.221 13506 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.184 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 257.05 Å2 / Biso mean: 68.6751 Å2 / Biso min: 29.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3476 Å20 Å2-0 Å2
2--6.3476 Å20 Å2
3----12.6953 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.574 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 30 24 2423
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2633334
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005426
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.794907
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.48580.38691310.33091182131397
2.4858-2.58530.36641300.29611170130098
2.5853-2.70290.34871280.27361153128197
2.7029-2.84540.33871310.251186131797
2.8454-3.02360.27911320.24221186131898
3.0236-3.25690.27861330.23221201133498
3.2569-3.58440.28991370.20681225136298
3.5844-4.10250.21251340.19381216135098
4.1025-5.16640.18851400.17281258139898
5.1664-36.57850.30051540.21681379153399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24490.3446-0.95781.60960.51921.8805-0.1905-0.4098-0.10.34060.13120.06410.49820.3212-0.060.51470.2261-0.01580.48610.0170.3215-27.486317.0594-15.2539
21.108-0.8653-0.25532.56610.78522.3975-0.1146-0.17690.0877-0.30040.4632-0.139-0.39820.6415-0.14520.3025-0.0013-0.01710.6269-0.06530.3601-12.127826.5255-28.5027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 415:594)A415 - 594
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 595:713)A595 - 713

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る