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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d9p | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B. anthracis DHPS with compound 17 | ||||||
![]() | Dihydropteroate Synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TIM Barrel / transferase / DHPS inhibitors / pABA / pterin / DHPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hammoudeh, D. / Lee, R.E. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of Novel Pyrimido[4,5-c]pyridazine Derivatives as Dihydropteroate Synthase Inhibitors with Increased Affinity. 著者: Zhao, Y. / Hammoudeh, D. / Yun, M.K. / Qi, J. / White, S.W. / Lee, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 216.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 174.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C3P9L8, UniProt: Q81VW8*PLUS, dihydropteroate synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Lithium sulfate, Bis-Tris propane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日 詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.26→30 Å / Num. all: 31293 / Num. obs: 31293 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 6.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1TWS 解像度: 2.26→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.3173 / WRfactor Rwork: 0.2746 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.743 / SU B: 19.155 / SU ML: 0.206 / SU R Cruickshank DPI: 0.3325 / SU Rfree: 0.2487 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.333 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.4 Å2 / Biso mean: 56.2133 Å2 / Biso min: 32.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.26→2.317 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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