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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8h
タイトルCrystal structure of Symfoil-4P/PV2: de novo designed beta-trefoil architecture with symmetric primary structure, primitive version 2 (6xLeu / PV1)
要素de novo protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / beta-trefoil / symmetric / pre-biotic / Symfoil
機能・相同性Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Synthetic (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Blaber, M. / Longo, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Simplified protein design biased for prebiotic amino acids yields a foldable, halophilic protein.
著者: Longo, L.M. / Lee, J. / Blaber, M.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32013年12月18日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5413
ポリマ－14,3231
非ポリマー2182
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.584, 48.696, 64.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 de novo protein


分子量: 14322.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with symmetric deconstruction method and enriched for pre-biotic amino acids.
由来: (組換発現) Synthetic (人工物)
解説: Synthetic sequence derived from human acidic fibroblast growth factor with symmetric deconstruction method and enriched for pre-biotic amino acids.
プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: ~15 mg/mL protein concentration, 1.5 M (NH4)2SO4, 0.11 M Li2SO4, 0.1 M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月10日 / 詳細: Osmic Confocal Mirrors
放射モノクロメーター: Multi-layer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 12143 / Num. obs: 11803 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.913 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.965.80.3427560.753176.2
1.96-2.028.10.2789110.84191.5
2.02-2.0911.50.2489721.015199
2.09-2.1713.30.29911.0931100
2.17-2.2713.60.1739931.2191100
2.27-2.3913.60.14410071.3491100
2.39-2.5413.70.1389841.4651100
2.54-2.7413.60.11810191.757199.9
2.74-3.0113.60.10310112.017199.7
3.01-3.4513.30.08110152.626199.7
3.45-4.34130.06810343.238199.4
4.34-2012.80.05911103.9891100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.901→19.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8945 / SU ML: 0.43 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 16.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2139 579 5.02 %Random 5%
Rwork0.1647 ---
obs0.1671 11533 95.24 %-
all-12143 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.456 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.54 Å2 / Biso mean: 20.2147 Å2 / Biso min: 6.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0261 Å2-0 Å20 Å2
2---1.2013 Å2-0 Å2
3---1.1752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数939 0 13 177 1129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0661361
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.639399
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9008-2.09190.27111360.20112414255086
2.0919-2.39420.18951400.14132778291898
2.3942-3.01470.22061460.15432819296598
3.0147-19.99090.20611570.17122943310099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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