PDB-4d7x: Solution Structure of the Mediator Gall11 KIX Domain of C. Glabrata

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d7x

タイトル

Solution Structure of the Mediator Gall11 KIX Domain of C. Glabrata

要素

MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 15

キーワード

TRANSCRIPTION

機能・相同性

機能・相同性情報

TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / cellular response to xenobiotic stimulus => GO:0071466 / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / core mediator complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CANDIDA GLABRATA (菌類)

手法

溶液NMR / CYANA, AMBER

データ登録者

Boeszoermenyi, A. / Wagner, G. / Naar, A.M. / Arthanari, H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Inhibiting Fungal Multidrug Resistance by Disrupting an Activator-Mediator Interaction.
著者: Nishikawa, J.L. / Boeszoermenyi, A. / Vale-Silva, L.A. / Torelli, R. / Posteraro, B. / Sohn, Y. / Ji, F. / Gelev, V. / Sanglard, D. / Sanguinetti, M. / Sadreyev, R.I. / Mukherjee, G. / ...

履歴

登録	2014年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月17日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月2日	Group: Database references
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection / Other カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d7x.cif.gz	271.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d7x.ent.gz	227.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d7x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d7x_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d7x_full_validation.pdf.gz	519.3 KB	表示
XML形式データ	4d7x_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	4d7x_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d7/4d7x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1x6x-d 2k0n-d 6bbk-d 1wig-d 1lxn-1 1zzp-d 1x6r-d 1x6z-d 1x6p-d 1x6y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25372

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 15

9.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 15 / MEDIATOR COMPLEX SUBUNIT 15 / TRANSCRIPTION REGULATORY PROTE IN GAL11 / C. GLABRATA GAL11A KIX DOMAIN 分子量: 9743.164 Da / 分子数: 1 / 断片: KIX DOMAIN, RESIDUES 1-86 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA GLABRATA (菌類) / プラスミド: PET24B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FRS9

#1: タンパク質

MEDIATOR OF RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION SUBUNIT 15 / MEDIATOR COMPLEX SUBUNIT 15 / TRANSCRIPTION REGULATORY PROTE IN GAL11 / C. GLABRATA GAL11A KIX DOMAIN

分子量: 9743.164 Da / 分子数: 1 / 断片: KIX DOMAIN, RESIDUES 1-86 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

CANDIDA GLABRATA (菌類) / プラスミド: PET24B / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6FRS9

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	CG 15NHSQC
2	2	1	15NNOESY
3	3	1	13CHSQC ANOESY
4	4	1	13CNOESY
5	5	1	BRUKER ILV HSQC

NMR実験の詳細

Text: BACKBONE AND SIDE-CHAIN RESONANCES WERE ASSIGNED USING TRIPLE-RESONANCE MNR SPECTROSCOPY. THE STRUCTURE WAS CALCULATED FROM NOES FROM 15N - AND 13C - FILTERED NOESY EXPERIMENTS.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	93% H2O/7% D2O
2	93% H2O/7% D2O
3	93% H2O/7% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	150.0	6.5	1.0 atm	298.15 K
2	150.0	6.5	1.0 atm	298.15 K
3	150.0	6.5	1.0 atm	298.15 K
4	150.0	6.5	1.0 atm	298.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2
			700	3
			800	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Amber		I. BERTINI, D.A. CASE, L. FERELLA, A. GIACHETTI, A. ROSATO	精密化
CcpNmr Analysis	2.1		構造決定
NMRPipe	ANY		構造決定
NMRDraw	ANY		構造決定
CcpNmr Analysis	2.4		構造決定
TALOS+	2009.0605.17		構造決定
CYANA	3		構造決定

精密化

手法: CYANA, AMBER / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE REFINEMENT WAS PERFORMED THROUGH THE WENMR WEB-INTERACE WITH AMBER. BERTINI, I., CASE, D. A., FERELLA, L., GIACHETTI, A. & ROSATO, A., 2011, A GRID-ENABLED WEB PORTAL FOR NMR ...

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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