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万見
- PDB-4d5m: Gonadotropin-releasing hormone agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d5m
タイトルGonadotropin-releasing hormone agonist
要素TRIPTORELIN
キーワードHORMONE / GNRH / LHRH / D-TRP / DECAPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation / neurosecretory vesicle / regulation of ovarian follicle development / response to corticosteroid / response to prolactin / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / : / Hormone ligand-binding receptors / response to prostaglandin E ...negative regulation of immature T cell proliferation / neurosecretory vesicle / regulation of ovarian follicle development / response to corticosteroid / response to prolactin / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / : / Hormone ligand-binding receptors / response to prostaglandin E / negative regulation of neuron migration / : / response to potassium ion / multicellular organism development / male sex determination / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / Golgi-associated vesicle / response to testosterone / estrous cycle / axon terminus / female pregnancy / hormone activity / cell-cell signaling / regulation of gene expression / G alpha (q) signalling events / perikaryon / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / dendrite / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / mitochondrion / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Gonadoliberin I precursor / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Progonadoliberin-1
類似検索 - 構成要素
生物種SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Legrand, P. / Le Du, M.-H. / Valery, C. / Deville-Foillard, S. / Paternostre, M. / Artzner, F.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: Atomic View of the Histidine Environment Stabilizing Higher- Ph Conformations of Ph-Dependent Proteins.
著者: Valery, C. / Deville-Foillard, S. / Lefebvre, C. / Taberner, N. / Legrand, P. / Meneau, F. / Meriadec, C. / Delvaux, C. / Bizien, T. / Kasotakis, E. / Lopez-Iglesias, C. / Gall, A. / ...著者: Valery, C. / Deville-Foillard, S. / Lefebvre, C. / Taberner, N. / Legrand, P. / Meneau, F. / Meriadec, C. / Delvaux, C. / Bizien, T. / Kasotakis, E. / Lopez-Iglesias, C. / Gall, A. / Bressanelli, S. / Le Du, M.-H. / Paternostre, M. / Artzner, F.
履歴
登録2014年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIPTORELIN
B: TRIPTORELIN
C: TRIPTORELIN
D: TRIPTORELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5357
ポリマ－5,2504
非ポリマー2853
水81145
1
A: TRIPTORELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4072
ポリマ－1,3121
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TRIPTORELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4072
ポリマ－1,3121
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TRIPTORELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4072
ポリマ－1,3121
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TRIPTORELIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3121
ポリマ－1,3121
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.900, 27.470, 13.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1011-

PO4

21B-1011-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, 0.009, 0.005), (-0.009, 1, -0.002), (-0.005, 0.002, 1)-0.0577, -13.72572, 0.00171
2given(-1, -0.004, 0.016), (-0.004, 1, 0.016), (-0.016, 0.016, -1)17.07359, -7.05721, 25.86929
3given(-1, -0.011, -0.009), (-0.011, 1, -0.008), (0.009, -0.008, -1)17.52489, -20.43805, 26.04363

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
TRIPTORELIN


分子量: 1312.458 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: TRIPTORELIN IS A MEDICINE AVAILABLE IN A NUMBER OF COUNTRIES WORLDWIDE.
由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 参照: UniProt: P01148*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TRIPTORELIN IS RELATED TO GONADORELIN WITH THE G6W.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 14 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2
詳細: 300 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 6.2 MIXED WITH 80 MG/ML TRIPTORELIN IN WATER.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.78471
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: KB MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT MONOCHROMATOR SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.78471 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→41.95 Å / Num. obs: 24802 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 0.85→0.87 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS
開始モデル: NONE

解像度: 0.85→41.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.991 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.996 / SU B: 0.195 / SU ML: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.011 / ESU R Free: 0.011 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.08739 1306 5 %RANDOM
Rwork0.08001 ---
obs0.08038 24802 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 1.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.08 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.85→41.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数380 0 15 45 440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.019472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.02379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.809637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8752.978826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.556538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.49218.18222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.811542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.021532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.410.124184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4040.125182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.50.188208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.4990.187209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5090.161288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5080.161289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.6970.238430
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.2271.634685
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.0921.472658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.5153851
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.40456
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.5285868
LS精密化 シェル解像度: 0.85→0.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.162 87 -
Rwork0.174 1658 -
obs--88.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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