PDB-4d5d: Crystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d5d

タイトル

Crystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca

要素

CYMA

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / OUTER MEMBRANE CHANNEL CYCLODEXTRIN TRANSPORT BETA BARREL MONOMER

機能・相同性

Cyclodextrin porin CymA / Putative cyclodextrin porin / import into cell / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / beta-cyclodextrin / alpha-cyclodextrin / CymA protein

機能・相同性情報

生物種

KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

van den Berg, B. / Bhamidimarri, S.P. / Kleinekathoefer, U. / Winterhalter, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: Outer-membrane translocation of bulky small molecules by passive diffusion.
著者: van den Berg, B. / Prathyusha Bhamidimarri, S. / Dahyabhai Prajapati, J. / Kleinekathofer, U. / Winterhalter, M.

履歴

登録	2014年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月10日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.3	2018年2月21日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4d5d.ent.gz	241.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4d5d_validation.pdf.gz	6.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d5d_full_validation.pdf.gz	6.5 MB	表示
XML形式データ	4d5d_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	4d5d_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/4d5d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4d51C 4d5bC 4v3gSC 4v3hC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d5b-1 4d5b-2 4v3g-1 4v3h-2 4v3h-1 2pr8-d 3ljp-1 4v3g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYMA

B: CYMA

ヘテロ分子

90.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYMA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.160, 77.991, 109.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2081- HOH

#1: タンパク質

CYMA

分子量: 39905.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CLONING REGION INCLUDING HEPTAHISTIDINE TAG AT N-TERMINUS
由来: (組換発現)

KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / プラスミド: PB22 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / Variant (発現宿主): DELTA CYOABCD / 参照: UniProt: Q48391

#2: 多糖

Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin

#3: 多糖

Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin

#4: 化合物

ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル

分子量: 306.438 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: MORPHEUS 1/30, 0.09 M NPS, 0.1 M BUFFER SYSTEM 2 PH 7.5, 20% ETHYLENE GLYCOL, 10% PEG 8000,

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47 Å / Num. obs: 94765 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V3G

4v3g

解像度: 1.902→47.1 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	3757	2.2 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.179	93335	95.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→47.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5173	0	533	576	6282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5892
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	7910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	33.925	2834
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	696
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	958

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9015-1.9256	0.2796	85	0.2509	4039	X-RAY DIFFRACTION	61
1.9256-1.9509	0.2233	139	0.2344	6242	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9509-1.9776	0.2512	134	0.2117	6287	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9776-2.0059	0.1888	141	0.206	6419	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0059-2.0358	0.2303	137	0.1951	6220	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0358-2.0677	0.2194	136	0.1956	6302	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0677-2.1016	0.2103	138	0.1915	6375	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1016-2.1378	0.2047	145	0.1848	6358	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1378-2.1767	0.173	139	0.1774	6378	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1767-2.2185	0.23	143	0.175	6365	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2185-2.2638	0.225	137	0.1824	6377	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2638-2.313	0.2156	140	0.1823	6381	X-RAY DIFFRACTION	96
2.313-2.3668	0.2151	137	0.1798	6425	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3668-2.426	0.2127	144	0.1723	6404	X-RAY DIFFRACTION	97
2.426-2.4916	0.1891	141	0.177	6453	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4916-2.5649	0.2106	138	0.172	6387	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5649-2.6477	0.2013	143	0.1644	6456	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6477-2.7423	0.2079	142	0.1657	6513	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7423-2.8521	0.2066	143	0.1677	6479	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8521-2.9819	0.1869	145	0.18	6514	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9819-3.1391	0.1967	143	0.1702	6525	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1391-3.3357	0.1505	144	0.1645	6511	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3357-3.5932	0.1937	142	0.1691	6534	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5932-3.9546	0.1848	144	0.1698	6574	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9546-4.5265	0.1755	146	0.163	6599	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5265-5.7013	0.169	146	0.1707	6579	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7013-47.1144	0.2824	145	0.2299	6588	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7419	0.1339	0.3651	0.1454	0.1626	0.2375	0.0012	-0.0511	0.115	0.1325	-0.0589	0.0797	-0.1337	-0.1282	-0.0314	0.2798	0.0199	-0.0126	0.3006	-0.0162	0.2727	7.6074	13.9158	33.7311
2	0.6078	0.0213	0.1055	0.8254	0.4441	0.2409	-0.0151	-0.1238	0.06	-0.0635	-0.0717	0.0394	0.0257	-0.0847	-0.0609	0.1721	0.0063	-0.0187	0.2902	-0.0262	0.2442	6.6546	18.2562	35.746
3	1.0065	0.0008	-0.1625	0.4465	-0.0379	0.9224	-0.0823	0.0223	0.0327	-0.0439	-0.0296	-0.0098	0.0372	-0.1311	-0.0275	0.2235	-0.0073	0.0211	0.1776	-0.0251	0.2451	17.1308	22.3483	36.1084
4	0.7539	-0.0231	-0.2457	1.2227	0.6142	1.4089	0.0196	-0.0412	0.0876	-0.1045	0.0701	-0.1638	-0.1298	0.0582	-0.0635	0.2	0.018	-0.0163	0.1899	-0.0077	0.25	22.5005	15.0259	38.4899
5	0.524	-0.2991	0.0887	0.6072	-0.076	0.342	0.0663	-0.1138	-0.0119	0.048	-0.0206	-0.071	0.048	-0.0325	-0.043	0.2322	0.0059	-0.0268	0.1986	-0.0143	0.2251	17.7119	9.2233	42.6835
6	0.8345	-0.4777	0.2667	0.295	-0.3018	1.0297	0.0423	0.0805	0.1475	-0.1231	-0.0024	-0.0369	-0.0878	0.1222	0.0092	0.2728	0.0077	-0.0197	0.2496	-0.0141	0.2882	-16.3904	17.104	20.2541
7	0.6684	-0.3641	-0.0812	0.6758	-0.3409	0.2758	0.0711	0.0891	0.0593	-0.0209	0.0238	-0.0598	0.0033	0.0902	-0.0452	0.1801	0.0468	0.0005	0.2423	-0.0147	0.2576	-12.6057	20.5091	20.4557
8	0.6326	-0.1648	-0.3769	0.5244	0.2055	1.0313	0.0695	0.06	0.109	0.0161	-0.0006	-0.1004	0.0773	0.0286	-0.0666	0.2441	0.0033	0.0215	0.2136	0.0054	0.2569	-18.144	29.5648	21.3566
9	1.105	0.1165	-0.9303	0.7485	0.2804	0.9359	0.121	-0.023	0.1104	-0.0886	-0.0548	0.0512	-0.0812	0.0823	-0.0384	0.2482	0.0365	0.0138	0.2778	0.0566	0.2706	-25.5787	29.0866	17.8363
10	1.3548	0.0206	-0.758	1.3929	-0.3439	1.8319	0.0949	0.0274	0.07	-0.0726	-0.088	0.105	-0.0997	0.0519	-0.0896	0.221	0.0324	-0.0143	0.2678	0.0076	0.2534	-28.4295	24.1572	16.0155
11	0.6358	-0.2717	0.0727	0.9676	-0.3763	0.4372	0.0814	0.0965	-0.0126	0.0254	-0.0074	0.0757	-0.193	0.0243	-0.0825	0.2516	0.0088	-0.0571	0.237	0.0187	0.2164	-26.8597	19.2782	14.4493
12	0.9484	0.069	0.4989	0.5893	-0.1094	0.9221	0.1351	0.101	-0.0778	-0.1075	-0.0276	0.1101	-0.0088	-0.0938	-0.0518	0.2458	0.0501	-0.0184	0.2433	-0.0141	0.2408	-24.6252	16.645	10.3977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 14 THROUGH 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 43 THROUGH 123 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 188 THROUGH 250 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 251 THROUGH 324 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 16 THROUGH 42 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 43 THROUGH 103 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 104 THROUGH 165 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 166 THROUGH 206 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 207 THROUGH 250 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 251 THROUGH 297 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 298 THROUGH 324 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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