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- PDB-4d51: Crystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d51
タイトルCrystal structure of CymA from Klebsiella oxytoca
要素CYMA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / OUTER MEMBRANE CHANNEL / CYCLODEXTRIN TRANSPORT / BETA BARREL MONOMER
機能・相同性Cyclodextrin porin CymA / Putative cyclodextrin porin / import into cell / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / CymA protein
機能・相同性情報
生物種KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者van den Berg, B. / Bhamidimarri, S.P. / Kleinekathoefer, U. / Winterhalter, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2015
タイトル: Outer-membrane translocation of bulky small molecules by passive diffusion.
著者: van den Berg, B. / Prathyusha Bhamidimarri, S. / Dahyabhai Prajapati, J. / Kleinekathofer, U. / Winterhalter, M.
履歴
登録2014年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32018年2月21日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3202
ポリマ－38,0141
非ポリマー3061
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.620, 228.120, 60.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CYMA


分子量: 38013.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NO HISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA OXYTOCA (バクテリア) / プラスミド: PB22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / Variant (発現宿主): DELTA CYOABCD / 参照: UniProt: Q48391
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9 / 詳細: 35% PEG400, 0.4 M NABR, 50 MM GLYCINE PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: DEXTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→60 Å / Num. obs: 23823 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4V3G

4v3g


解像度: 2.3→53.523 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE MUCH LOWER NUMBER OF REFLECTIONS USED FOR REFINEMENT IS DUE TO CUTTING OFF THE HIGH-RESOLUTION DATA AT 2.3 A. DATA WERE COLLECTED TO 2.1 A.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 970 5.2 %
Rwork0.2136 --
obs0.217 18792 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→53.523 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2594 0 9 44 2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0713621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.481998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004478
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.42140.32421350.23942516X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.57310.35081480.24052487X-RAY DIFFRACTION100
2.5731-2.77180.32641410.23772511X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-3.05070.29981250.25262537X-RAY DIFFRACTION100
3.0507-3.4920.31131390.22272549X-RAY DIFFRACTION99
3.492-4.39930.25951360.19232559X-RAY DIFFRACTION99
4.3993-53.53710.2361460.22663X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24990.26280.24290.36820.11870.4192-0.1462-0.12760.27920.35230.084-0.3175-0.0977-0.18810.1030.36850.0639-0.0020.49130.02730.4159-14.2278-32.8479-7.9951
21.35290.03760.08352.56230.1981.01030.0106-0.17960.11670.4730.10710.1296-0.163-0.1386-0.09640.41640.0441-0.01980.37330.01560.3091-16.9566-28.49982.2772
32.32771.1316-0.89932.6006-1.32161.34690.0549-0.09870.18090.56390.087-0.2193-0.3895-0.1846-0.09970.41860.0049-0.05470.3753-0.0050.3981-6.4315-31.0324-0.0808
41.48240.4281-0.13430.280.16520.3426-0.06350.05690.08020.3891-0.0083-0.3551-0.15080.06240.08660.34990.0096-0.01510.37160.0180.4748-7.914-33.3638-4.8774
51.763-0.45760.75851.7238-0.84451.04270.14390.1879-0.1601-0.0226-0.1668-0.060.1390.0403-0.08590.29570.0601-0.03020.3617-0.01660.368-9.2342-37.7382-7.4631
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 43 THROUGH 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 207 THROUGH 250 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 251 THROUGH 297 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 298 THROUGH 324 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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