プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3.24→89.17 Å / Num. obs: 13613 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 79.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル
解像度: 3.24→3.25 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.11.6
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.24→89.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9107 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.356 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21
686
5.07 %
RANDOM
Rwork
0.1986
-
-
-
obs
0.1992
13528
99.99 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 59.73 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-6.9385 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-6.9385 Å2
0 Å2
3-
-
-
13.877 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.603 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3.24→89.17 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3521
0
49
44
3614
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.01
3672
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.12
4985
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
1277
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
93
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
584
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
3672
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
2.92
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
18.66
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
467
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
4180
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 3.24→3.5 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.2445
143
5.28 %
Rwork
0.2143
2563
-
all
0.2159
2706
-
obs
-
-
99.99 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -30.6893 Å / Origin y: -28.1248 Å / Origin z: -8.8195 Å