プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3→88.71 Å / Num. obs: 16896 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 73.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル
解像度: 3→3.01 Å / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.11.6
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→88.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9261 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8814 / SU R Cruickshank DPI: 0.782 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.271 / SU Rfree Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.291 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2069
856
5.09 %
RANDOM
Rwork
0.1897
-
-
-
obs
0.1905
16826
99.7 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 55.78 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
-5.253 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-5.253 Å2
0 Å2
3-
-
-
10.5061 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.531 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3→88.71 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
3534
0
48
118
3700
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.008
3677
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.01
4993
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
1288
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
91
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
558
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
3677
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
2.75
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
18.1
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
472
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
4212
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 3→3.21 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.3104
150
5.14 %
Rwork
0.2239
2771
-
all
0.2281
2921
-
obs
-
-
99.7 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -30.5103 Å / Origin y: -27.971 Å / Origin z: -8.9173 Å