PDB-4d41: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-he...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d41

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-hexyl- 2-(4-nitrophenoxy)phenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: An Ordered Water Channel in Staphylococcus Aureus Fabi: Unraveling the Mechanism of Substrate Recognition and Reduction.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Merget, B. / Bommineni, G.R. / Yu, W. / Spagnuolo, L.A. / Baxter, M.V. / Tareilus, M. / Tonge, P.J. / Kisker, C. / Sotriffer, C.A.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d41.cif.gz	830.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d41.ent.gz	696.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/4d41	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4d42C 4d43C 4d44C 4d45C 4d46C 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4alk-1 4bnn-1 6yur-2 4ali-1 4d43-1 4alk-2 4bnl-1 4d42-1 4ali-2 4d43-2 4d42-2 4bng-1 4bnh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

259 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.440, 94.830, 94.800
Angle α, β, γ (deg.)	98.30, 111.35, 97.52
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1X7*PLUS, EC: 1.3.1.10

#1: タンパク質

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE

分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1X7*PLUS, EC: 1.3.1.10

-
非ポリマー , 6種, 958分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-JA1 / 5-HEXYL-2-(4-NITROPHENOXY)PHENOL 分子量: 315.364 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁NO₄
#5: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#6: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 929 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 47% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40.82 Å / Num. obs: 120978 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.3→40.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 12.829 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21287	6135	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15217	-	-	-
obs	0.15521	114843	96.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.708 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.42 Å²	0.14 Å²	0.59 Å²
2-	-	-0.92 Å²	-0.51 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15647	0	682	929	17258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	17058
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.998	23096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.995	5	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.917	24.843	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.844	15	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.398	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	13117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.204	1.5	10370
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.976	2	16587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.65	3	6688
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.419	4.5	6492
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	480	-
R_work	0.231	8379	-
obs	-	-	96.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8993	1.6713	-0.9461	3.3213	0.5793	4.3943	-0.1589	0.1554	-0.1113	-0.3642	-0.0532	0.2406	-0.14	-0.2655	0.2121	0.1452	0.0238	-0.0588	0.0478	0.017	0.1016	-35.3098	3.8581	20.1254
2	2.2474	0.9684	0.5991	3.1508	-0.0588	1.7078	-0.01	0.0642	0.3553	-0.4224	-0.1201	0.3986	-0.3093	-0.1419	0.1301	0.2043	0.0486	-0.079	0.1014	0.0503	0.1462	-34.6849	12.4627	18.7835
3	3.741	0.4933	0.3469	1.6282	-0.361	1.406	-0.0057	0.0742	0.364	-0.1286	-0.0773	0.1303	-0.2429	-0.0288	0.083	0.1329	0.0196	0.0056	0.0143	0.0049	0.0623	-30.0562	10.8	32.2612
4	1.1251	-0.1016	0.2347	0.8389	-0.0999	0.4796	0.0221	-0.0359	0.0292	0.0301	-0.0521	0.0337	-0.0898	0.0049	0.0299	0.0715	-0.0051	0.0414	0.029	0.0032	0.0538	-24.5067	1.4076	36.8307
5	0.7075	0.1729	-0.1321	1.1233	0.0864	1.4112	-0.1487	-0.0042	-0.105	-0.0611	-0.0053	0.0751	0.1115	0.0181	0.154	0.0488	0.001	0.0228	0.0305	-0.0057	0.0657	-27.4691	-4.5999	35.5184
6	3.7376	-1.2875	-1.1575	6.9562	1.9957	2.9139	0.1629	0.2117	0.2374	-0.4226	-0.0781	-1.1526	-0.294	0.2252	-0.0847	0.1046	-0.0384	0.0342	0.26	0.055	0.2255	-13.6151	-5.1246	18.8085
7	2.0644	-0.1775	-0.2504	1.0296	0.4929	1.922	-0.0351	0.1215	-0.0973	-0.1037	-0.0228	0.1414	-0.0233	-0.022	0.0578	0.0772	-0.0068	-0.0006	0.0157	0.0037	0.043	-29.3837	-10.9543	23.0164
8	2.6975	-1.3697	-1.1899	3.9958	0.239	6.9394	-0.2089	-0.1123	-0.0782	0.3826	0.1619	-0.1074	0.3155	0.0356	0.047	0.173	0.0224	-0.039	0.0256	-0.0079	0.019	-5.4163	-12.6901	61.5792
9	5.9861	-4.9156	-0.271	4.8044	1.1503	3.177	-0.0668	-0.3061	0.3576	0.3085	0.1396	-0.4239	0.0755	0.1633	-0.0728	0.2412	-0.0081	-0.0965	0.1985	-0.0226	0.0636	-3.8113	-6.1062	67.3595
10	3.8442	-1.1074	0.4788	1.7601	0.2031	1.4619	-0.0701	-0.2182	0.214	0.2612	0.0692	-0.1225	-0.0872	0.0725	0.0009	0.154	-0.018	-0.0073	0.0801	-0.0157	0.015	-7.6407	0.694	55.3481
11	1.6615	-0.4225	0.4679	0.8305	0.0508	1.0728	-0.0372	-0.0613	0.1239	0.069	0.0388	-0.0503	-0.0212	0.0293	-0.0016	0.0778	0.0034	0.0231	0.0248	-0.0098	0.0213	-15.1153	-2.8153	47.421
12	0.5573	-0.4697	-0.5523	1.0272	0.4874	1.9301	-0.0115	0.0667	0.0157	0.0612	-0.0249	-0.0516	-0.0662	0.0324	0.0365	0.0713	-0.0158	0.0105	0.0437	0.0112	0.0592	-14.2333	-9.4175	45.3012
13	3.0357	1.5544	-0.523	11.6821	2.6725	4.1595	-0.1275	-0.5145	0.2403	0.4235	-0.1545	0.922	0.2102	-0.4382	0.282	0.1004	0.039	0.0507	0.2605	0.004	0.1208	-28.9848	-14.1716	60.3969
14	0.1766	0.1327	-0.3289	2.0278	0.8763	2.4127	0.0135	-0.0479	-0.0314	0.2643	0.016	-0.0127	0.1814	0.0756	-0.0295	0.0755	0.0257	0.0014	0.0438	0.0313	0.0321	-15.4838	-21.2936	52.2096
15	3.2251	0.3042	-1.3784	1.225	1.6602	3.2717	0.0369	-0.1907	-0.2067	0.1964	0.0776	-0.1445	0.2573	0.2644	-0.1145	0.2079	0.0749	-0.0359	0.1095	0.0267	0.1487	-2.3802	-38.8438	46.2476
16	2.7716	-0.5484	0.4491	1.4022	1.5792	3.3784	-0.0319	-0.1533	-0.3609	0.2192	0	-0.163	0.3789	0.1853	0.0319	0.2436	0.0764	-0.0879	0.0954	0.0687	0.2793	0.0164	-46.9565	44.5251
17	2.0882	-0.183	0.3538	0.8315	-0.4914	1.9306	0.0661	-0.109	-0.3664	0.0388	-0.0308	-0.0345	0.3478	0.1827	-0.0353	0.181	0.0333	-0.009	0.0297	0.0074	0.1541	-13.8825	-46.6174	40.7753
18	1.0682	0.1439	0.6469	1.2043	-1.1721	2.4679	0.012	-0.0138	-0.1586	0.112	0.0156	0.0925	0.1078	0.0114	-0.0276	0.0818	0.0201	0.0497	0.0105	-0.0029	0.1154	-19.8368	-37.6151	36.3795
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	62 - 104
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	105 - 154
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	155 - 193
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	194 - 214
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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