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- PDB-4d1q: Hermes transposase bound to its terminal inverted repeat -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d1q
タイトルHermes transposase bound to its terminal inverted repeat
要素
  • (TERMINAL INVERTED REPEAT) x 2
  • TRANSPOSASE
キーワードPROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSPOSITION / TRANPOSOSOME / HAT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein dimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, BED domain-containing / Hermes trasposase, DNA-binding domain / Hermes transposase DNA-binding domain / HAT, C-terminal dimerisation domain / hAT family C-terminal dimerisation region / BED zinc finger / Zinc finger, BED-type / Zinc finger BED-type profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / Zinc finger, BED domain-containing / Hermes trasposase, DNA-binding domain / Hermes transposase DNA-binding domain / HAT, C-terminal dimerisation domain / hAT family C-terminal dimerisation region / BED zinc finger / Zinc finger, BED-type / Zinc finger BED-type profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposase
類似検索 - 構成要素
生物種MUSCA DOMESTICA (イエバエ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Hickman, A.B. / Ewis, H. / Li, X. / Knapp, J. / Laver, T. / Doss, A.L. / Tolun, G. / Steven, A. / Grishaev, A. / Bax, A. ...Hickman, A.B. / Ewis, H. / Li, X. / Knapp, J. / Laver, T. / Doss, A.L. / Tolun, G. / Steven, A. / Grishaev, A. / Bax, A. / Atkinson, P. / Craig, N.L. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Hat Transposon End Recognition by Hermes, an Octameric DNA Transposase from Musca Domestica.
著者: Hickman, A.B. / Ewis, H.E. / Li, X. / Knapp, J.A. / Laver, T. / Doss, A. / Tolun, G. / Steven, A.C. / Grishaev, A. / Bax, A. / Atkinson, P.W. / Craig, N.L. / Dyda, F.
履歴
登録2014年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSPOSASE
B: TRANSPOSASE
C: TERMINAL INVERTED REPEAT
D: TERMINAL INVERTED REPEAT
E: TERMINAL INVERTED REPEAT
F: TERMINAL INVERTED REPEAT
G: TRANSPOSASE
H: TRANSPOSASE
I: TERMINAL INVERTED REPEAT
J: TERMINAL INVERTED REPEAT
K: TERMINAL INVERTED REPEAT
L: TERMINAL INVERTED REPEAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,37716
ポリマ－283,28512
非ポリマー924
水00
1
A: TRANSPOSASE
B: TRANSPOSASE
C: TERMINAL INVERTED REPEAT
D: TERMINAL INVERTED REPEAT
E: TERMINAL INVERTED REPEAT
F: TERMINAL INVERTED REPEAT
G: TRANSPOSASE
H: TRANSPOSASE
I: TERMINAL INVERTED REPEAT
J: TERMINAL INVERTED REPEAT
K: TERMINAL INVERTED REPEAT
L: TERMINAL INVERTED REPEAT
ヘテロ分子

A: TRANSPOSASE
B: TRANSPOSASE
C: TERMINAL INVERTED REPEAT
D: TERMINAL INVERTED REPEAT
E: TERMINAL INVERTED REPEAT
F: TERMINAL INVERTED REPEAT
G: TRANSPOSASE
H: TRANSPOSASE
I: TERMINAL INVERTED REPEAT
J: TERMINAL INVERTED REPEAT
K: TERMINAL INVERTED REPEAT
L: TERMINAL INVERTED REPEAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)566,75532
ポリマ－566,57124
非ポリマー1848
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area81040 Å2
ΔGint-414.3 kcal/mol
Surface area249780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)265.150, 265.150, 157.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.3568, 0.3738, -0.8561), (0.3715, -0.7841, -0.4972), (-0.8571, -0.4954, 0.1409)-0.0212, 104.0301, 45.2756
2given(0.597, -0.5588, 0.5757), (0.727, 0.0734, -0.6827), (0.3392, 0.8261, 0.45)32.1908, 29.8965, -109.5865
3given(-0.239, -0.4986, -0.8332), (-0.5101, -0.6657, 0.5447), (-0.8263, 0.5552, -0.0952)95.715, 145.0766, -11.8756

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要素

#1: タンパク質
TRANSPOSASE / HERMES TRANSPOSASE


分子量: 61316.133 Da / 分子数: 4
断片: DIMERIZATION, CATALYTIC AND INSERTION DOMAINS, RESDIUES 79-612
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUSCA DOMESTICA (イエバエ) / プラスミド: PBAD/MYC-HIS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q25442
#2: DNA鎖
TERMINAL INVERTED REPEAT


分子量: 4613.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUSCA DOMESTICA (イエバエ)
#3: DNA鎖
TERMINAL INVERTED REPEAT


分子量: 4892.157 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUSCA DOMESTICA (イエバエ)
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
非ポリマーの詳細SODIUM ION (NA): SODIUM IONS
配列の詳細MOBILE ELEMENT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 3 UL OF THE HERMES 79-612/L16-1T COMPLEX AT 8 MG/ML PROTEIN WAS MIXED WITH 1 UL WELL SOLUTION CONSISTING OF 0.18 M KCL, 5 MM DTT, 0.8 M K, NA TARTRATE, 0.1 M MES PH 6.5, AND 5% (V/V) T-BUTANOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGING PLATE / 日付: 2011年2月17日 / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 94693 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.13 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 12.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
CNS1.3精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 870 1 %RANDOM
Rwork0.2118 ---
obs0.2118 86915 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 29.5451 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.96 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---3.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16209 2524 4 0 18737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP_NOPUCKERS.PARAMTOPHCSDX.PRO,DNA-RNA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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