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- PDB-4d1d: STRUCTURE OF MHP1, A NUCLEOBASE-CATION-SYMPORT-1 FAMILY TRANSPORT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d1d
タイトルSTRUCTURE OF MHP1, A NUCLEOBASE-CATION-SYMPORT-1 FAMILY TRANSPORTER with the inhibitor 5-(2-naphthylmethyl)-L-hydantoin.
要素HYDANTOIN TRANSPORT PROTEIN
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN TRANSPORTER / SUBSTRATE-BOUND / OCCLUDED STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleobase transmembrane transporter activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hydantoin permease / Hydantoin permease / Uracil/uridine/allantoin permease / Purine-cytosine permease / Permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(2-NAPHTHYLMETHYL)-D-HYDANTOIN / 5-(2-NAPHTHYLMETHYL)-L-HYDANTOIN / Hydantoin permease
類似検索 - 構成要素
生物種MICROBACTERIUM LIQUEFACIENS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Weyand, S. / Brueckner, F. / Geng, T. / Drew, D. / Iwata, S. / Henderson, P.J.F. / Cameron, A.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: Molecular Mechanism of Ligand Recognition by Membrane Transport Protein, Mhp1.
著者: Simmons, K.J. / Jackson, S.M. / Brueckner, F. / Patching, S.G. / Beckstein, O. / Ivanova, E. / Geng, T. / Weyand, S. / Drew, D. / Lanigan, J. / Sharples, D.J. / Sansom, M.S. / Iwata, S. / ...著者: Simmons, K.J. / Jackson, S.M. / Brueckner, F. / Patching, S.G. / Beckstein, O. / Ivanova, E. / Geng, T. / Weyand, S. / Drew, D. / Lanigan, J. / Sharples, D.J. / Sansom, M.S. / Iwata, S. / Fishwick, C.W. / Johnson, A.P. / Cameron, A.D. / Henderson, P.J.
履歴
登録2014年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDANTOIN TRANSPORT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5214
ポリマ－54,0171
非ポリマー5043
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.600, 106.900, 106.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HYDANTOIN TRANSPORT PROTEIN / MHP1


分子量: 54017.148 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-487 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MICROBACTERIUM LIQUEFACIENS (バクテリア)
株: AJ3912 / プラスミド: PWALDOGFPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LEMO21 / 参照: UniProt: D6R8X8
#2: 化合物 ChemComp-5NL / 5-(2-NAPHTHYLMETHYL)-L-HYDANTOIN


分子量: 240.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O2
#3: 化合物 ChemComp-5ND / 5-(2-NAPHTHYLMETHYL)-D-HYDANTOIN


分子量: 240.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
非ポリマーの詳細5-(2-NAPHTHYLMETHYL)-D-HYDANTOIN (5ND): HALF OCCUPANCY 5-(2-NAPHTHYLMETHYL)-L-HYDANTOIN (5NL): HALF OCCUPANCY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 27-33 % PEG 300, 0.1 M NACL AND 0.1M NA-PHOSPHATE (PH 7.0). NMH WAS ADDED TO THE DROP AS A SATURATED SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月19日
放射モノクロメーター: SI(III) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→38 Å / Num. obs: 10714 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 129.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4D1A

4d1a


解像度: 3.7→37.777 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.68 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: COORDINATES WERE RESTRAINED TO 2JLN DURING REFINEMENT. COMPOUND WAS A MIXTURE OF D AND L FORMS OF NMH. BOTH BIND EQUALLY WELL. REFINED BOTH AT HALF OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3077 1802 9.8 %
Rwork0.2557 --
obs0.2606 10642 88.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 195 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→37.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3513 0 37 0 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2744992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3471226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.80.42021540.41371255X-RAY DIFFRACTION86
3.8-3.91170.35241120.39091156X-RAY DIFFRACTION84
3.9117-4.03780.47431250.39571218X-RAY DIFFRACTION83
4.0378-4.1820.36281220.33621255X-RAY DIFFRACTION85
4.182-4.34920.31951410.27641239X-RAY DIFFRACTION88
4.3492-4.54680.28911240.24581277X-RAY DIFFRACTION88
4.5468-4.78610.30341480.23161240X-RAY DIFFRACTION88
4.7861-5.08530.28011570.22851290X-RAY DIFFRACTION90
5.0853-5.47680.28251360.22691308X-RAY DIFFRACTION91
5.4768-6.0260.34141400.22311318X-RAY DIFFRACTION92
6.026-6.89340.30281520.26381317X-RAY DIFFRACTION93
6.8934-8.66760.24511540.24141356X-RAY DIFFRACTION95
8.6676-37.77910.3031370.22331328X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.0626 Å / Origin y: 16.1843 Å / Origin z: -21.6688 Å
111213212223313233
T1.355 Å20.2057 Å2-0.0372 Å2-1.1273 Å2-0.3577 Å2--1.2732 Å2
L7.1609 °2-1.0714 °22.4955 °2-14.4465 °2-1.9955 °2--2.5954 °2
S0.3518 Å °-0.0763 Å °-0.5717 Å °0.8713 Å °-0.0225 Å °-0.2977 Å °-0.01 Å °-0.0026 Å °-0.329 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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