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- PDB-4d07: DYNLL2 dynein light chain binds to an extended, unstructured line... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d07
タイトルDYNLL2 dynein light chain binds to an extended, unstructured linear motif of myosin 5a tail
要素
  • DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
  • MYOSIN VA VARIANT
キーワードMOTOR PROTEIN / INSTRINSICALLY DISORDERED DOMAIN / HUB PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin V complex / Activation of BMF and translocation to mitochondria / 9+0 non-motile cilium / vesicle transport along actin filament / post-Golgi vesicle-mediated transport / insulin-responsive compartment / melanosome transport / ciliary tip / filopodium tip / actin filament-based movement ...myosin V complex / Activation of BMF and translocation to mitochondria / 9+0 non-motile cilium / vesicle transport along actin filament / post-Golgi vesicle-mediated transport / insulin-responsive compartment / melanosome transport / ciliary tip / filopodium tip / actin filament-based movement / Intraflagellar transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / myosin complex / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / Macroautophagy / microfilament motor activity / Insulin processing / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / cytoskeletal motor activity / microtubule-based process / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / ruffle / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / actin filament organization / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / FCGR3A-mediated phagocytosis / RHO GTPases Activate Formins / small GTPase binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to insulin stimulus / HCMV Early Events / Aggrephagy / actin filament binding / Separation of Sister Chromatids / melanosome / protein transport / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / microtubule / cytoskeleton / postsynapse / calmodulin binding / neuron projection / cilium / centrosome / glutamatergic synapse / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Myosin 5a, cargo-binding domain / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Class V myosin, motor domain ...Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Myosin 5a, cargo-binding domain / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Myosin Va variant / Dynein light chain 2, cytoplasmic / Unconventional myosin-Va
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bodor, A. / Radnai, L. / Hetenyi, C. / Rapali, P. / Lang, A. / Kover, K.E. / Perczel, A. / Wahlgren, W.Y. / Katona, G. / Nyitray, L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Dynll2 Dynein Light Chain Binds to an Extended Linear Motif of Myosin 5A Tail that Has Structural Plasticity.
著者: Bodor, A. / Radnai, L. / Hetenyi, C. / Rapali, P. / Lang, A. / Kover, K.E. / Perczel, A. / Wahlgren, W.Y. / Katona, G. / Nyitray, L.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
B: MYOSIN VA VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9475
ポリマ－13,6692
非ポリマー2773
水1,78399
1
A: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
B: MYOSIN VA VARIANT
ヘテロ分子

A: DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC
B: MYOSIN VA VARIANT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,89310
ポリマ－27,3394
非ポリマー5546
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_774-y+2,-x+2,-z-1/61
Buried area6140 Å2
ΔGint-62.8 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.160, 45.160, 204.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2051-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DYNEIN LIGHT CHAIN 2, CYTOPLASMIC / 8 KDA DYNEIN LIGHT CHAIN B / DLC8B / DYNEIN LIGHT CHAIN LC8-TYPE 2 / DYNLL2


分子量: 10647.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q96FJ2
#2: タンパク質・ペプチド MYOSIN VA VARIANT / MYO5A


分子量: 3022.365 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 856-878 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q59FF5, UniProt: Q9Y4I1*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2.5UL PROTEIN PLUS 1UL RESERVOIR SOLUTION OF 1.8 M (NH4)2SO4, 0.02 M COCL2, 0.1 M MES PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.76 Å / Num. obs: 11478 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 30.18
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 6.09 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CMI

1cmi


解像度: 1.85→204.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.97 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 544 4.8 %RANDOM
Rwork0.19303 ---
obs0.19492 10853 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.851 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.37 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→204.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数841 0 14 99 954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.019918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.9411250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5485121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.12625.68244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28915169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg0.183151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0461.898438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8052.807549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2772.116479
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 34 -
Rwork0.251 788 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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