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- PDB-4cyy: The structure of vanin-1: defining the link between metabolic dis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cyy
タイトルThe structure of vanin-1: defining the link between metabolic disease, oxidative stress and inflammation
要素PANTETHEINASE
キーワードHYDROLASE / INFLAMMATION / OXIDATIVE STRESS / METABOLIC DISEASE / COA BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine hydrolase / pantetheine hydrolase activity / pantothenate metabolic process / chronic inflammatory response / coenzyme A catabolic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / positive regulation of T cell differentiation in thymus / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / acute inflammatory response / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...pantetheine hydrolase / pantetheine hydrolase activity / pantothenate metabolic process / chronic inflammatory response / coenzyme A catabolic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / positive regulation of T cell differentiation in thymus / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / acute inflammatory response / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / azurophil granule membrane / side of membrane / cell-cell adhesion / response to oxidative stress / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Biotinidase-like, eukaryotic / Biotinidase/VNN family / Vanin, C-terminal / Vanin C-terminal domain / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase ...Biotinidase-like, eukaryotic / Biotinidase/VNN family / Vanin, C-terminal / Vanin C-terminal domain / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Boersma, Y.L. / Newman, J. / Adams, T.E. / Sparrow, L. / Cowieson, N. / Lucent, D. / Krippner, G. / Bozaoglu, K. / Peat, T.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The Structure of Vanin-1: A Key Enzyme Linking Metabolic Disease and Inflammation
著者: Boersma, Y.L. / Newman, J. / Adams, T.E. / Cowieson, N. / Krippner, G. / Bozaoglu, K. / Peat, T.S.
履歴
登録2014年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PANTETHEINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6346
ポリマ－56,3251
非ポリマー1,3095
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.904, 101.904, 133.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PANTETHEINASE / PANTETHEINE HYDROLASE / TIFF66 / VASCULAR NON-INFLAMMATORY MOLECULE 1 / VANIN-1


分子量: 56325.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FLAG-TAG AT THE N-TERMINUS AND PRO-PEPTIDE AT THE C-TERMINUS HAS BEEN REMOVED TO GIVE THE MATURE FORM OF THE PROTEIN.
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O95497, pantetheine hydrolase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細FLAG TAG AT N-TERMINUS AND THE PRO-PEPTIDE AT THE C- TERMINUS HAS BEEN REMOVED TO GIVE THE MATURE ...FLAG TAG AT N-TERMINUS AND THE PRO-PEPTIDE AT THE C- TERMINUS HAS BEEN REMOVED TO GIVE THE MATURE FORM OF THE PROTEIN. IN ADDITION THE DEPOSITED STRUCTURE HAS THE NATURALLY OCCURRING THR26ILE SNP IN THE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.6 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: THE PROTEIN WAS AT 15 MG/ML. THE RESERVOIR CONDITIONS WERE 25% (W/V) PEG 1500 PLUS 10% (V/V) SUCCINATE-PHOSPHATE-GLYCINE BUFFER AT PH 6.0. THE PLATES WERE SET UP AT 8 C AND THE DROPS WERE 150 ...詳細: THE PROTEIN WAS AT 15 MG/ML. THE RESERVOIR CONDITIONS WERE 25% (W/V) PEG 1500 PLUS 10% (V/V) SUCCINATE-PHOSPHATE-GLYCINE BUFFER AT PH 6.0. THE PLATES WERE SET UP AT 8 C AND THE DROPS WERE 150 NL PLUS 150 NL IN SITTING DROP PLATES.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→47.6 Å / Num. obs: 18526 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.3 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.89→3.04 Å / 冗長度: 16.1 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4CYF

4cyf


解像度: 2.89→88.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 13.219 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.6 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21883 947 5.1 %RANDOM
Rwork0.17425 ---
obs0.17646 17545 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å21.42 Å20 Å2
2--2.84 Å20 Å2
3----9.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→88.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3615 0 84 11 3710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.975184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7137953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0315459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.19824.682173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28815583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3721513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6775.8441842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6755.8431841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3098.762299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8166.5271961
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.887→2.962 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 80 -
Rwork0.31 1226 -
obs--95.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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