PDB-4cxf: Structure of CnrH in complex with the cytosolic domain of CnrY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cxf

タイトル

Structure of CnrH in complex with the cytosolic domain of CnrY

要素

CNRY
RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR CNRH

キーワード

TRANSCRIPTION / ECF-TYPE SIGMA / ANTISIGMA

機能・相同性

機能・相同性情報

molecular function inhibitor activity / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

CUPRIAVIDUS METALLIDURANS CH34 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Maillard, A.P. / Girard, E. / Ziani, W. / Petit-Hartlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The Crystal Structure of the Anti-Sigma Factor Cnry in Complex with the Sigma Factor Cnrh Shows a New Structural Class of Anti- Sigma Factors Targeting Extracytoplasmic-Function Sigma Factors.
著者: Maillard, A.P. / Girard, E. / Ziani, W. / Petit-Hartlein, I. / Kahn, R. / Coves, J.

履歴

登録	2014年4月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cxf.cif.gz	91.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cxf.ent.gz	70 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cxf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cxf_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cxf_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	4cxf_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	4cxf_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/4cxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/4cxf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wlp-1 6dxn-3 2ql6-16 2ql6-4 2wlp-2 2f21-d 2ql6-2 1vb2-d 1x36-d 2ql6-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR CNRH

B: CNRY

ヘテロ分子

31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.010, 79.122, 80.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2008- HOH
2	1	A-2027- HOH

#1: タンパク質	RNA POLYMERASE SIGMA FACTOR CNRH / CNRH 分子量: 20648.334 Da / 分子数: 1 / 断片: SIGMA2 AND SIGMA4 DOMAINS, RESIDUES 1-191 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS CH34 (バクテリア) プラスミド: PET-DUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P37978
#2: タンパク質	CNRY 分子量: 10160.793 Da / 分子数: 1 / 断片: CYTOSOLIC DOMAIN, RESIDUES 1-95 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CUPRIAVIDUS METALLIDURANS CH34 (バクテリア) プラスミド: PET-DUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P56621
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 25 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 2.0 TO 2.2 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM HEPES PH 7.5 AND 2 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: PT COATED SI MIRROR IN A
放射	モノクロメーター: SILICON 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→39.56 Å / Num. obs: 19854 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→39.561 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	995	5 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.1754	19830	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.101 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.6529 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.4968 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.1497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1397	0	21	144	1562

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1508
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	2054
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.72	550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	233
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	272

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7501-1.8423	0.3298	142	0.2928	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.9578	0.2527	140	0.2123	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9578-2.1089	0.2156	142	0.1675	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1089-2.3211	0.1651	141	0.1561	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3211-2.6569	0.188	147	0.1548	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6569-3.3472	0.2217	138	0.1701	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3472-39.5711	0.1812	145	0.1708	2709	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5577	1.0239	-0.5324	2.9464	-1.0958	1.5369	-0.1297	0.0436	-0.0886	-0.2627	0.0859	0.0432	0.0935	0.0215	0.031	0.1818	0.0033	0.017	0.1417	0.0092	0.1114	17.7681	25.7977	47.5574
2	3.4903	0.8794	-0.3196	3.4247	-0.1717	1.5418	-0.0183	-0.6373	-0.0835	0.1107	-0.0208	-0.0612	-0.0559	0.0584	-0.004	0.1469	0.0214	0.0119	0.2276	0.0293	0.1292	20.2388	26.4948	56.9929
3	0.2706	0.8637	0.7917	7.3397	2.9119	7.2415	-0.4848	0.9497	0.2841	-1.3083	0.3508	0.7417	0.4134	-0.8058	0.2681	0.4783	-0.1878	0.0199	0.54	0.0945	0.454	3.671	8.5382	52.3557
4	5.1022	0.2978	1.4086	3.9181	-0.8333	6.7455	-0.0557	-0.1936	-0.6817	-0.2183	0.3426	0.3201	0.6233	-0.2948	-0.056	0.2477	-0.0494	0.0694	0.1726	0.0973	0.3366	10.1873	4.6525	56.5962
5	2.502	0.6934	-0.1017	2.7045	0.2185	1.3812	-0.0812	-0.0247	-0.0948	-0.0185	0.0074	-0.2815	0.0065	0.0427	0.0809	0.1454	0.0086	0.0213	0.2011	0.079	0.2255	23.7247	14.3148	60.9758
6	5.4154	3.7886	0.9226	3.8456	1.6091	2.3195	0.0363	0.0568	-0.2675	-0.0651	-0.0464	-0.9142	0.2174	-0.0296	0.1178	0.2124	0.0181	0.064	0.2218	0.1146	0.3372	19.1619	1.462	63.5134
7	4.5341	-2.2501	1.7052	7.7091	-2.6188	4.8928	-0.0126	0.4426	-0.4034	-1.1665	-0.4431	-0.2054	0.4416	0.6617	0.4199	0.5077	-0.05	0.17	0.2781	0.0004	0.2874	18.2947	4.6469	48.6065
8	1.3874	1.056	1.5467	2.5075	-0.9392	4.3531	-0.0283	0.1509	0.0966	-0.5198	0.2067	0.4857	-0.1227	-0.2911	0.1525	0.8167	0.1199	-0.331	1.1137	0.1899	0.5651	11.906	29.1644	40.7048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 5:61)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 62:88)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 89:126)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 127:139)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 140:170)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 171:189)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 2:21)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 22:30)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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