PDB-4cw7: Structure of the Fap7-Rps14 complex in complex with ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cw7

タイトル

Structure of the Fap7-Rps14 complex in complex with ATP

要素

30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
PUTATIVE ADENYLATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / RIBOSOME BIOGENESIS / RNP ASSEMBLY

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylate kinase / AMP kinase activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Loc'h, J. / Blaud, M. / Rety, S. / Lebaron, S. / Deschamps, P. / Bareille, J. / Jombart, J. / Robert-Paganin, J. / Delbos, L. / Chardon, F. ...

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2014
タイトル: RNA Mimicry by the Fap7 Adenylate Kinase in Ribosome Biogenesis
著者: Loc'h, J. / Blaud, M. / Rety, S. / Lebaron, S. / Deschamps, P. / Bareille, J. / Jombart, J. / Robert-Paganin, J. / Delbos, L. / Chardon, F. / Zhang, E. / Charenton, C. / Tollervey, D. / Leulliot, N.

履歴

登録	2014年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年5月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / diffrn_source Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cw7.cif.gz	485.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cw7.ent.gz	402.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cw7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/4cw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/4cw7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cvnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k1p-d 4e47-4 4bqu-d 6vwu-d 6g0z-2 1bib-d 5ful-d 2e3c-d 2zin-d 4a4m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

C: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

E: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

G: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

ヘテロ分子

147 kDa, 8 ポリマー
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1

G: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

H: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

B: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 2 ポリマー
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4

C: PUTATIVE ADENYLATE KINASE

D: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	125.046, 143.079, 83.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	PUTATIVE ADENYLATE KINASE / AK / ATP-AMP TRANSPHOSPHORYLASE / AFAP7 分子量: 21579.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UZK4, adenylate kinase
#2: タンパク質	30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 / ARPS14 分子量: 14772.950 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI GE5 (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62010

-
非ポリマー , 4種, 142分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	N TERMINAL HIS TAG

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.27 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 55229 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 45.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.82

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.46→41.448 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	2799	5.1 %
R_work	0.1892	-	-
obs	0.1913	55140	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→41.448 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9200	0	124	130	9454

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.148	12809
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.915	3598
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1463
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1634

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.5024	0.3948	137	0.3522	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5024-2.5479	0.3631	137	0.2966	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5479-2.5969	0.2874	146	0.2672	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5969-2.6499	0.3431	130	0.2535	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6499-2.7075	0.299	126	0.248	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7075-2.7705	0.306	123	0.232	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7705-2.8398	0.2552	139	0.2446	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8398-2.9165	0.3113	155	0.2425	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9165-3.0023	0.2741	161	0.226	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0023-3.0992	0.269	147	0.2169	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0992-3.2099	0.2648	128	0.2082	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2099-3.3384	0.2325	123	0.1939	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3384-3.4902	0.2164	139	0.1975	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4902-3.6742	0.2269	144	0.1837	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6742-3.9042	0.2156	137	0.1681	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9042-4.2054	0.2068	152	0.164	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2054-4.6281	0.1759	155	0.145	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6281-5.2966	0.1983	135	0.1512	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2966-6.6687	0.225	123	0.1833	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6687-41.4543	0.1773	162	0.1537	2773	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9117	0.2618	1.0861	5.0605	0.8354	3.8288	0.1227	0.8005	-0.2784	-0.1119	0.0249	0.1903	0.1584	0.0514	-0.1722	0.4289	0.0215	0.1158	0.5625	-0.0269	0.3688	-42.0727	-5.7553	19.2459
2	7.3851	1.1758	-9.108	2.0343	-9.9357	2.0415	0.5777	-0.0706	-0.9321	0.5711	-0.7929	-0.7739	-1.9558	-0.4676	-0.0968	1.112	-0.0528	-0.1154	1.1842	0.1895	1.1477	-50.196	10.4296	13.2126
3	8.5019	-7.6488	1.3692	2.1882	1.4879	7.1677	-0.0969	0.7011	-1.0012	0.1496	-0.171	1.6687	0.4412	-1.2869	0.3139	0.5023	-0.1532	0.0943	0.73	-0.0525	0.8517	-53.6861	-5.2467	19.4799
4	4.4382	0.1542	2.304	1.5185	0.9834	4.5519	0.009	0.6296	0.0637	0.4265	-0.0666	0.3023	0.2262	0.0053	0.1434	0.4938	0.067	0.1131	0.5331	0.0238	0.4715	-42.9558	-0.8355	27.9782
5	5.287	1.5849	-3.0308	2.159	-9.1511	7.6119	-0.0642	0.2044	-0.1255	0.3716	0.005	-0.5192	-0.3343	0.7143	0.1964	0.4779	0.0122	-0.019	0.6228	-0.0174	0.371	-27.8834	9.9744	22.2968
6	8.1335	4.7227	-6.8876	2.0293	1.9613	2.0413	0.2316	0.3432	0.4892	0.9325	0.315	0.7915	-1.5598	0.1597	-0.6461	0.7066	0.0068	0.0368	0.5579	0.0305	0.3434	-34.0174	14.4746	27.8497
7	2.8492	-1.8074	1.6484	6.3217	2.3823	3.4209	-0.104	-0.5512	-0.3308	0.6781	0.0223	0.6153	0.2911	-0.0347	0.0549	0.5618	0.0249	0.1409	0.4686	0.0548	0.3701	-39.4785	-0.583	33.4899
8	2.0989	2.0715	-7.5362	2.1206	-8.1758	2.1362	0.1369	0.0543	-1.3826	0.5573	-0.4421	-0.8861	0.6871	0.8418	0.3901	0.7523	0.0432	0.0855	0.695	0.0465	0.5491	-32.6234	-12.7595	28.4018
9	3.5465	3.2778	0.044	7.9976	1.8016	5.5764	0.3901	-0.1082	-0.0113	0.6873	-0.1899	-0.1526	0.0313	0.4233	-0.2447	0.5035	0.0525	0.0529	0.5753	0.0109	0.3353	-31.3823	6.5697	36.1633
10	6.9238	-2.836	1.4966	2.099	-1.2041	8.0039	0.1495	0.9036	0.5557	-1.3967	-0.2671	0.5342	-0.8381	-1.2557	0.1785	1.0609	0.289	-0.2221	0.8062	-0.0535	0.797	-65.2403	33.3198	-35.6131
11	6.8921	-2.5798	0.9011	8.6501	-1.2431	8.4557	1.0149	1.1916	-0.3754	-2.6773	-0.8632	1.5126	-0.0007	-0.4688	0.0283	1.181	0.3409	-0.3144	0.9029	-0.1289	0.8425	-63.063	24.3118	-41.6264
12	2.0206	-1.9584	0.1568	2.0364	-3.2787	6.536	1.1226	0.3837	-0.3719	-1.2026	-0.887	0.0105	1.6578	0.514	-0.2203	1.9414	0.5552	-0.2605	0.8503	-0.062	0.962	-58.3955	13.762	-35.896
13	2.0449	-3.5012	-0.0378	6.3491	1.7487	7.5593	1.4092	0.9667	0.4381	-2.7081	-1.3298	-1.2029	1.3956	1.3093	0.0426	1.3825	0.4221	0.1874	1.0921	0.1479	0.7757	-51.3375	21.4122	-41.1372
14	4.0121	-0.8859	-0.1028	7.1208	-1.474	8.9379	0.3235	0.6643	0.196	-1.3234	-0.6948	0.6736	-0.2763	-0.6319	0.3018	0.6792	0.2232	-0.1221	0.597	-0.0967	0.7199	-63.1539	31.7186	-27.1077
15	4.6852	0.2258	-1.001	9.0921	-2.7014	9.216	0.1643	0.2024	-0.0815	-0.1021	-0.2862	1.056	-0.5467	-0.9105	0.0418	0.3905	0.0895	-0.0594	0.5369	-0.1734	0.7017	-63.8505	33.7811	-14.6384
16	5.4746	0.1865	-0.8572	5.0828	-3.3545	6.7782	0.1047	0.4649	0.3701	-0.4052	-0.1793	-0.0647	-0.5274	0.2824	0.066	0.6356	0.0027	0.0609	0.4479	-0.0163	0.3239	-31.2723	17.7754	44.5675
17	2.2979	6.5572	-5.9674	9.3929	-9.3694	2.3444	0.6127	-1.0725	1.0654	0.6955	-0.694	0.516	-1.3426	0.9149	0.1	0.9749	-0.1485	0.0535	0.5513	-0.0092	0.5186	-32.165	20.7794	52.8192
18	5.6726	2.413	3.9259	7.5756	5.5983	7.0735	0.0264	0.0761	0.7287	0.4385	-0.2769	0.9893	-0.6625	-0.6951	0.2325	0.7751	0.0737	0.1401	0.5154	0.1373	0.472	-40.9381	20.5941	43.5142
19	6.2888	4.5806	6.1305	3.2112	8.7451	9.1479	-0.2571	0.8623	0.0635	0.1012	0.4586	0.1816	-0.4765	0.8064	0.05	0.9832	-0.0657	0.032	0.6478	0.2003	0.6841	-41.721	20.2308	32.6024
20	5.9847	1.2997	0.2678	5.8643	-7.3462	9.7945	-0.1877	0.0185	-0.7557	0.4882	-0.1517	0.8879	0.7074	-0.2457	0.1459	0.7312	-0.0457	0.2541	0.3695	-0.1234	0.9486	-59.0435	22.7078	-0.3708
21	4.0379	-0.8971	-1.2911	2.3427	-0.5845	2.1591	-0.2609	0.0304	0.0995	-0.0579	-0.2331	0.4976	0.2367	-0.2029	0.4504	0.4285	-0.015	0.0049	0.462	-0.1351	0.7129	-59.0084	30.5782	-6.0942
22	7.7302	-1.1913	5.2737	2.0057	-0.5949	1.9978	-0.0109	0.0634	-0.9457	1.2572	-0.3199	1.1213	0.7004	-1.3821	0.2448	0.7663	-0.202	0.2818	0.6664	-0.1993	1.3097	-68.1697	19.7026	2.3837
23	5.1598	3.0091	-2.3948	4.1958	-2.5375	4.078	-0.3047	-0.4733	0.3669	0.2044	0.0941	0.8254	-0.1068	-0.5982	0.1906	0.4242	0.0871	0.0603	0.6234	-0.1276	0.9072	-61.5925	34.6088	0.3802
24	2.0944	-3.0706	-1.7229	2.0297	2.0111	2.0293	-0.242	0.7527	0.8254	-0.8432	0.9254	0.4093	-0.6866	0.5206	-0.5514	0.6148	-0.1026	0.0075	0.6134	0.0481	0.7539	-52.9639	43.7246	-7.7806
25	9.2736	7.6957	-4.679	2.5123	-6.5593	6.3992	0.2941	-0.8018	0.7669	0.6532	-0.2171	0.8798	-0.6687	0.0421	-0.3341	0.6275	0.0266	0.1512	0.3967	-0.0969	0.7216	-55.1302	33.3196	4.7269
26	3.1162	0.5455	1.2557	6.746	-2.0005	2.0184	0.0507	-0.2302	-0.2822	0.3443	-0.3612	0.2367	0.8191	-0.913	0.2703	0.4416	-0.0922	0.1714	0.481	-0.0675	0.7107	-57.1736	21.2351	-0.1613
27	2.8398	1.5072	-1.1209	2.0074	-2.66	1.989	0.6394	-0.6144	0.7431	-1.2367	0.3131	-0.5138	-2.1732	1.6589	-1.0936	1.1516	-0.248	0.1521	1.1619	0.0736	1.0651	-47.0866	34.7491	-13.2625
28	8.6517	-1.8854	6.5064	9.1291	-3.8504	2.0398	-0.0954	0.4908	-0.3069	0.4808	-0.1004	-0.6003	-0.2847	1.4371	0.2217	0.4036	-0.0396	0.0002	0.4189	-0.034	0.637	-48.1245	27.9075	0.3332
29	2.2942	-0.081	2.248	6.983	7.684	2.0917	-0.0033	0.2963	-0.2589	1.1652	-0.0548	0.9313	1.0309	-0.9413	-0.0543	0.6196	-0.0458	0.0908	0.4764	-0.007	0.5731	-52.6744	19.3931	1.2508
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32	4.902	1.6279	0.6678	4.8544	0.5472	3.7754	-0.1526	0.1932	0.1118	-0.235	0.2364	-0.2722	-0.0923	0.4216	-0.085	0.3955	0.0082	-0.0055	0.3746	-0.0302	0.3162	-26.5813	13.2246	-1.6831
33	8.567	-0.0648	-0.9045	5.0047	-1.9429	4.9917	-0.1338	-0.3204	-0.2442	0.0518	-0.0443	0.1836	0.2124	-0.1973	0.136	0.3655	0.0125	-0.0126	0.3062	-0.044	0.2334	-42.1542	4.3072	-13.5194
34	9.4297	3.6928	-8.6587	2.0558	4.4979	2.0546	0.7391	-0.8665	0.5543	0.7479	-0.3605	0.0194	-0.7608	1.0817	-0.3086	0.6931	-0.0926	-0.0559	0.4884	0.0158	0.4707	-28.67	13.6794	-22.7534
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37	8.2536	5.5859	7.2099	4.7703	4.6284	6.8307	-0.3064	-0.8257	0.9405	0.1698	-0.242	0.4143	-0.6016	-0.7226	0.6401	0.5027	0.0444	0.0009	0.4531	-0.0776	0.4476	-41.5204	20.1236	3.2047
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40	3.1776	2.6864	-6.02	2.3786	-5.2209	2.0639	0.9169	-1.1326	0.3854	1.1196	-0.4946	1.2722	0.2664	0.1021	-0.583	1.1387	-0.2132	0.2551	0.8162	-0.2066	0.9501	-42.7274	-20.8507	15.772
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42	2.0043	9.2233	-3.6311	8.484	-3.2978	3.0879	0.0298	-0.578	0.5159	-0.1174	0.1648	0.9039	-1.0236	-0.287	-0.084	0.6571	0.2655	0.0316	0.5571	-0.0149	0.7732	-32.9178	-10.6218	3.5488
43	7.5595	1.1036	-3.2142	1.9037	-0.9354	7.5725	0.3206	-0.2617	0.1305	-0.1699	-0.38	-0.803	-1.0954	0.0835	0.0869	0.5342	-0.0078	-0.0265	0.2837	0.0223	0.5658	-18.3981	-18.1814	1.8871
44	2.0073	6.3774	2.0078	2.0491	1.0449	2.0138	-0.2321	0.5003	-0.072	-0.8104	0.1387	-1.2324	0.0607	0.7658	0.4408	0.5163	0.0862	0.1466	0.5197	0.09	0.8771	-9.3383	-26.8275	-6.1664
45	2.3737	1.6781	-7.7444	2.1733	7.8036	9.2943	-0.5506	-0.7632	-0.4746	1.4489	0.1375	0.0125	1.0916	0.7388	0.6316	0.6876	0.1676	-0.0518	0.528	0.0576	0.432	-20.3185	-25.7067	5.0786
46	4.3814	-0.2428	-0.0783	4.2631	2.3316	6.9964	-0.2397	-0.1909	0.2973	0.2012	-0.1431	0.6161	-0.9115	-0.6385	0.4108	0.5024	0.0521	0.0223	0.3947	0.0018	0.4822	-31.3828	-20.9967	1.1226
47	6.3817	0.722	2.736	1.7231	-3.8381	2.0186	0.047	0.6408	-0.6629	-2.8434	0.8625	0.9695	3.6144	-0.3561	-0.9144	1.323	-0.0857	-0.0077	0.6065	-0.1523	0.9619	-25.6103	-30.1151	-18.657
48	8.8067	6.1986	-0.0437	4.562	-0.0717	8.7784	-0.0971	-0.0735	-0.1757	-0.0536	0.114	-0.1478	0.3024	-0.2942	-0.0507	0.5049	0.0318	0.1397	0.3328	0.0416	0.5747	-30.2393	-28.5833	0.6827
49	2.1628	0.3931	-3.5507	9.3301	-4.9434	9.3108	0.2897	1.0544	0.4334	-1.9186	0.4087	0.9717	1.2386	-0.6253	-0.6727	0.8951	-0.0142	-0.0642	0.6922	0.0131	0.7554	-33.0366	-16.9225	-23.15

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID -1 THROUGH 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 39 THROUGH 51 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 52 THROUGH 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 72 THROUGH 89 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 90 THROUGH 103 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 104 THROUGH 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 116 THROUGH 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 140 THROUGH 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 153 THROUGH 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 0 THROUGH 24 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 25 THROUGH 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 38 THROUGH 51 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 52 THROUGH 63 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 64 THROUGH 152 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 153 THROUGH 178 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 12 THROUGH 56 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESID 57 THROUGH 73 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESID 74 THROUGH 107 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND (RESID 108 THROUGH 129 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESID 13 THROUGH 21 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESID 22 THROUGH 32 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESID 33 THROUGH 37 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESID 38 THROUGH 47 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESID 48 THROUGH 56 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESID 57 THROUGH 74 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN D AND (RESID 75 THROUGH 85 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN D AND (RESID 86 THROUGH 96 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESID 97 THROUGH 107 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND (RESID 108 THROUGH 117 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN D AND (RESID 118 THROUGH 132 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN E AND (RESID -1 THROUGH 81 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN E AND (RESID 82 THROUGH 179 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESID 12 THROUGH 47 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN F AND (RESID 48 THROUGH 56 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN F AND (RESID 57 THROUGH 73 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN F AND (RESID 74 THROUGH 114 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN F AND (RESID 115 THROUGH 136 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN G AND (RESID 0 THROUGH 71 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN G AND (RESID 72 THROUGH 179 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN H AND (RESID 8 THROUGH 13 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN H AND (RESID 14 THROUGH 32 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN H AND (RESID 33 THROUGH 37 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN H AND (RESID 38 THROUGH 47 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN H AND (RESID 48 THROUGH 56 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN H AND (RESID 57 THROUGH 73 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN H AND (RESID 74 THROUGH 85 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN H AND (RESID 86 THROUGH 96 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN H AND (RESID 97 THROUGH 117 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN H AND (RESID 118 THROUGH 129 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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