PDB-4cv1: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADPH and CG400549

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cv1

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADPH and CG400549

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ENOYL-ACP REDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Rational Design of Broad Spectrum Antibacterial Activity Based on a Clinically Relevant Enoyl-Acyl Carrier Protein (Acp) Reductase Inhibitor.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Lu, Y. / Liu, L. / Pan, P. / Hirschbeck, M.W. / Tareilus, M. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Cummings, J.E. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Walker, S.G. ...

履歴

登録	2014年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4cv1.ent.gz	699.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4cv1_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cv1_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	4cv1_validation.xml.gz	87.1 KB	表示
CIF形式データ	4cv1_validation.cif.gz	116.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/4cv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/4cv1	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4d45-1 4bng-2 6yur-3 4cuz-1 6tbb-1 4d41-2 4d45-2 4d42-2 4nk5-5 4nk5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

259 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.897, 108.465, 296.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10

-
非ポリマー , 6種, 878分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-PT6 / 1-(3-amino-2-methylbenzyl)-4-[2-(thiophen-2-yl)ethoxy]pyridin-2(1H)-one 分子量: 340.439 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₂O₂S
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 849 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.62 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.2 M LI2SO4, 24% PEG 3350, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.56 Å / Num. obs: 146661 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 16.6 % / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 14.8 % / R_merge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 1.95→47.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 9.154 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23083	7315	5 %	RANDOM
R_work	0.16805	-	-	-
obs	0.17113	139150	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.146 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15969	0	630	849	17448

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	17239
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.98	23355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.833	5	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.371	25.039	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.116	15	3010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.96	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	13971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.346	1.5	10466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.016	2	16780
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.633	3	6773
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.276	4.5	6549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	366	-
R_work	0.265	10337	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5933	-0.3584	0.7724	3.0324	-0.2273	3.0814	-0.1404	0.2193	0.0456	-0.4341	-0.0147	-0.3362	-0.0355	0.2221	0.1551	0.1156	-0.0094	0.0667	0.1557	0.0314	0.0563	27.9943	7.8462	44.3649
2	4.4909	0.8563	1.3509	1.6987	0.8937	3.3781	-0.1108	0.5066	0.0316	-0.4531	-0.0176	-0.39	-0.1492	0.5588	0.1283	0.1781	-0.0218	0.125	0.3319	0.0933	0.1361	35.4269	12.5706	40.8128
3	1.287	-0.7457	0.7665	0.8813	-0.5529	2.1689	-0.0856	0.1151	0.0306	-0.1079	-0.0154	-0.2313	-0.2912	0.2472	0.1009	0.1336	-0.0711	0.0428	0.174	0.0533	0.1525	33.0258	19.0427	53.1034
4	0.6116	-0.2454	0.2751	0.9632	-0.587	2.0903	-0.0459	0.0574	0.0265	-0.0499	-0.0005	-0.0968	-0.1913	0.1958	0.0464	0.0356	-0.0261	0.0102	0.0728	0.0371	0.044	28.8543	14.9803	63.2019
5	0.9138	-0.0997	0.2281	1.0285	-0.1515	1.0553	-0.0475	0.0785	0.0048	0.0382	-0.0351	-0.1489	-0.1361	0.1042	0.0826	0.0564	0.0006	0.0104	0.0752	0.0311	0.0424	23.1052	11.193	62.5951
6	7.4339	2.9453	1.7477	2.1571	0.1137	2.4914	0.1811	-0.0911	-0.6388	0.2722	-0.0682	-0.4133	0.1065	0.5189	-0.1129	0.1214	0.0923	0.0413	0.2056	0.0567	0.2683	36.4347	-5.5899	62.0734
7	0.9347	0.7208	-0.1635	0.7278	0.1787	0.5786	-0.1342	0.0312	-0.2341	-0.0909	0.0154	-0.1418	0.0665	0.0006	0.1188	0.0815	0.0184	0.054	0.0799	0.0085	0.0813	20.5389	-0.771	56.2858
8	1.1144	-0.2106	-0.3453	3.7984	-1.6523	4.7594	-0.0042	-0.3361	0.1338	0.1898	-0.0549	0.0056	-0.2473	0.0969	0.0591	0.1679	-0.0493	-0.0626	0.1815	-0.024	0.0536	24.0292	18.5814	97.3395
9	2.1774	0.4922	-2.5643	4.3383	-3.5644	6.0565	0.1235	-0.3524	0.282	0.4542	-0.0253	-0.1977	-0.4613	0.4096	-0.0982	0.2611	-0.0885	-0.103	0.1594	-0.0274	0.0971	28.5522	26.012	99.0873
10	1.263	-0.6258	1.271	1.3759	0.0338	3.6263	-0.0645	-0.1164	0.1647	0.079	-0.0141	-0.2434	-0.3135	0.2677	0.0786	0.0848	-0.0826	-0.0485	0.1261	0.0204	0.0779	34.136	21.9335	86.844
11	1.1194	-0.2724	0.8634	0.6605	-0.3123	2.2935	-0.0246	-0.0589	-0.0251	0.0507	-0.0177	-0.139	-0.2702	0.1726	0.0423	0.0583	-0.0328	-0.025	0.043	0.0155	0.0418	28.9606	16.5726	78.0747
12	1.0269	-0.3783	-0.3787	1.2618	-0.1488	0.9044	-0.0658	-0.0697	0.0126	0.1325	0.008	-0.1749	-0.2351	0.1164	0.0579	0.1025	-0.0261	-0.0283	0.075	0.0397	0.0586	25.0277	11.4925	79.5854
13	4.1161	0.4219	-1.3066	7.8861	-2.6319	2.9492	-0.279	0.1467	1.1259	-0.1747	0.5259	0.7731	-0.5797	-0.4489	-0.2469	0.402	0.1296	-0.1753	0.1952	0.0488	0.4465	8.1741	24.9062	80.6634
14	0.6683	0.4013	-0.1328	0.4207	0.2105	1.4415	0.0081	-0.0734	0.0332	0.1132	-0.0826	-0.0006	-0.1244	-0.0734	0.0745	0.1556	0.001	-0.0419	0.0949	0.0346	0.0373	13.8704	9.9716	87.5246
15	2.6022	-0.3967	-0.3242	4.708	0.8019	1.9618	0.0965	-0.4348	-0.2804	0.2427	-0.1714	-0.168	0.1481	-0.0528	0.0749	0.1936	-0.0427	-0.0201	0.1941	0.107	0.0683	10.9113	-8.8706	99.8038
16	2.8117	3.6563	0.6548	7.2102	1.5485	3.7178	0.2389	-0.4275	-0.4111	0.4718	-0.177	-0.1459	0.4165	-0.1858	-0.0619	0.3039	-0.0441	-0.024	0.2825	0.1576	0.1298	6.0833	-16.2702	103.2064
17	1.3334	-0.7216	0.0084	2.1329	0.7954	3.0806	0.0661	-0.2168	-0.217	0.1766	-0.0867	0.0002	0.3536	-0.3765	0.0206	0.1187	-0.063	0.0066	0.1273	0.0687	0.0744	-0.5773	-13.9175	91.1991
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19	0.3155	0.1062	0.2013	1.1269	-0.0855	1.0372	-0.0079	-0.0482	-0.1114	0.0792	-0.0448	0.013	0.1183	-0.1846	0.0527	0.0768	-0.0037	0.0185	0.0946	0.0198	0.0813	7.5436	-4.1727	81.6131
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
51	X-RAY DIFFRACTION	51	H	30 - 61
52	X-RAY DIFFRACTION	52	H	62 - 104
53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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