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- PDB-4cuz: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADPH and PT173 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cuz
タイトルCrystal structure of S. aureus FabI in complex with NADPH and PT173
要素ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI
機能・相同性
機能・相同性情報


: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AEW / Chem-NDP / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH] / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADPH]
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Rational Design of Broad Spectrum Antibacterial Activity Based on a Clinically Relevant Enoyl-Acyl Carrier Protein (Acp) Reductase Inhibitor.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Lu, Y. / Liu, L. / Pan, P. / Hirschbeck, M.W. / Tareilus, M. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Cummings, J.E. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Walker, S.G. ...著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Shah, S. / Lu, Y. / Liu, L. / Pan, P. / Hirschbeck, M.W. / Tareilus, M. / Eltschkner, S. / Yu, W. / Cummings, J.E. / Knudson, S.E. / Bommineni, G.R. / Walker, S.G. / Slayden, R.A. / Sotriffer, C.A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2014年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22014年8月13日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
B: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
C: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
D: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
E: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
F: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
G: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
H: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,30224
ポリマ－249,1548
非ポリマー8,14816
水905
1
A: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
B: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
C: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
D: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,84813
ポリマ－124,5774
非ポリマー4,2719
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19440 Å2
ΔGint-75.3 kcal/mol
Surface area33810 Å2
手法PISA
2
E: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
F: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
G: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
H: ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,45411
ポリマ－124,5774
非ポリマー3,8777
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19210 Å2
ΔGint-61.9 kcal/mol
Surface area34190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.480, 109.180, 289.371
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
211CHAIN B AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
311CHAIN C AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
411CHAIN D AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
511CHAIN E AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
611CHAIN F AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
711CHAIN G AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256
811CHAIN H AND (RESSEQ 3:202 OR RESSEQ 204:256

-
要素

#1: タンパク質
ENOYL-ACP REDUCTASE MOLECULE ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENOYL-ACP REDUCTASE / ENR


分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物
ChemComp-AEW / 1-(3-amino-2-methylbenzyl)-4-hexylpyridin-2(1H)-one


分子量: 298.423 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N2O
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.2 M LI2SO4, 20% PEG 3350, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→60.31 Å / Num. obs: 36439 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 64.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CRYSTAL STRUCTURE OF S. AUREUS FABI IN COMPLEX WITH NADPH AND CG400549

解像度: 3.1→60.138 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 1778 5 %
Rwork0.2072 --
obs0.2095 35537 97.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.545 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4671 Å20 Å20 Å2
2---5.2217 Å20 Å2
3---7.2834 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→60.138 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15606 0 543 5 16154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05322188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5466328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0952500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043102
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.084
13C1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.072
14D1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
15E1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
16F1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
17G1951X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.07
18H1910X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.06
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.21090.36671850.31943133X-RAY DIFFRACTION92
3.2109-3.33940.32171510.28233197X-RAY DIFFRACTION95
3.3394-3.49140.2951630.25263305X-RAY DIFFRACTION96
3.4914-3.67540.32291920.25173288X-RAY DIFFRACTION97
3.6754-3.90570.22321220.22113463X-RAY DIFFRACTION99
3.9057-4.20710.26012350.1923325X-RAY DIFFRACTION99
4.2071-4.63040.2396860.16783516X-RAY DIFFRACTION100
4.6304-5.30010.19432790.16893350X-RAY DIFFRACTION100
5.3001-6.67610.2123260.21143674X-RAY DIFFRACTION100
6.6761-60.1490.25823390.17743508X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.93331.96572.48832.60242.71383.0753-0.38120.179-0.7174-0.73250.6005-0.682-0.72271.4413-0.29180.3998-0.34570.31430.8534-0.13750.328831.98342.0317-25.8501
24.55080.9406-3.71282.3592-0.23363.1138-0.56970.085-0.4609-1.45760.7642-1.2814-0.0499-0.086-0.29650.6268-0.38990.47640.8568-0.26030.497739.68325.9665-29.324
32.0680.0934-1.26194.29390.30112.4734-0.14120.23610.0399-0.83480.5412-1.1981-0.39350.5579-0.40350.3294-0.25970.24230.6776-0.06420.508836.092414.3738-18.5682
40.62640.07041.4794.33180.40111.7335-0.06690.5626-0.28790.02370.358-0.5829-0.18270.8904-0.14030.0259-0.06290.03720.5409-0.06660.346931.068811.847-8.6429
53.22270.68820.70471.33142.0421.8961-0.07810.1949-0.3761-0.15370.4913-0.0027-0.01890.6828-0.15530.0983-0.0318-0.03110.43740.11090.25125.60458.0499-8.9745
60.9031.5048-0.29993.39530.79727.38120.4663-0.128-0.8031.82170.2546-2.3495-0.07171.6731-1.15390.27590.04340.13330.5479-0.22090.971438.8989-9.2865-6.0896
70.96521.5511.50861.52640.10382.3876-0.25190.338-0.5811-0.26390.35780.08150.29960.3137-0.24690.1520.02230.07750.4998-0.1410.291523.7271-4.9105-13.7657
82.4521-0.7189-2.43992.58341.29622.12120.4061-0.43250.40711.0811-0.75140.80250.50110.2450.19211.2303-0.27410.11080.2194-0.18280.399722.824619.72324.1627
90.23720.0237-1.01641.59241.11620.7995-0.259-0.6620.44380.6172-0.2045-0.06160.9758-0.42270.32991.3553-0.2516-0.11180.2762-0.110.547427.240427.795225.6015
103.98331.83542.9542.7552.04082.09160.0154-0.31090.87050.6237-0.2529-0.4301-0.3743-0.08320.44190.6313-0.2059-0.16670.30990.05010.513433.808922.240814.4116
112.09342.00351.32792.65111.69572.01730.11490.04330.26660.5920.0274-0.0977-0.27120.2328-0.0640.3453-0.0316-0.07370.2757-0.03030.28329.721315.68076.0169
121.5031.4106-0.6892.67421.31641.81880.3595-0.0667-0.26270.12820.0563-0.1074-0.09730.1713-0.28230.4078-0.0108-0.09890.20620.05250.274126.045710.44097.8855
139.66326.42595.21257.40585.19964.3705-0.63350.95811.9297-0.1396-0.0532.2692-1.4178-0.42160.6110.6342-0.03110.27580.33610.0270.77558.447623.44895.5724
142.69411.5723-0.22391.243-0.18361.9779-0.1205-0.1129-0.22531.3313-0.38970.44520.54160.09690.29110.7419-0.06610.24380.1014-0.05010.258214.04129.719714.9346
151.1081-0.27830.6351.58261.19521.3710.4708-0.1573-0.30212.4521-1.21790.12950.95160.00920.68782.3077-0.4250.64740.37670.10940.58339.5846-6.873729.2099
164.62011.6946-0.41025.3733-3.31513.50540.0262-1.3543-0.89860.1014-0.40890.3141-1.02650.9960.15291.7533-0.44480.58840.51180.09820.42584.8946-13.752633.4034
173.71041.28910.6143-0.23640.67231.75250.9975-0.9528-0.6221.0739-1.0060.82050.1449-0.18040.41171.326-0.51480.70980.4504-0.02150.7825-0.5464-13.350120.3859
183.0360.9452-0.20474.02540.82710.7890.4572-0.1467-0.09021.4246-0.59910.77180.7979-0.27110.21220.7245-0.16070.34360.25-0.03280.6114.3962-10.682810.4519
192.17963.11741.71473.44351.67681.94390.2412-0.1839-0.04211.4177-0.26160.16440.5581-0.0343-0.01690.6936-0.07980.3090.15840.07670.46967.9991-5.071510.3456
208.54132.7185-6.55491.0131-2.51946.383-1.40110.3274-1.9198-0.56420.47-0.92412.1667-0.18810.82841.1230.0846-0.14950.21610.01660.852525.4599-17.552915.0771
213.94013.1843-0.46646.05951.07710.22430.2695-0.32780.44062.0024-0.4315-0.4758-0.18760.15330.08030.956-0.0589-0.02580.11420.08090.146419.3454-1.326317.5272
225.01242.0784-0.38522.02160.50943.3299-0.89011.19550.7847-0.5760.08250.73160.4691-1.04790.7870.3619-0.3101-0.19010.6088-0.0790.51614.8369-10.9478-24.258
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る