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- PDB-4cut: Crystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-5 N09428 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cut
タイトルCrystal structure of human BAZ2B in complex with fragment-5 N09428
要素BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


クロマチンリモデリング / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain ...BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE (TYLENOL) / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.835 Å
データ登録者Bradley, A.R. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Baz2B in Complex with Fragment-5 N09428
著者: Bradley, A.R. / Liu, Y. / Krojer, T. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Knapp, S. / von Delft, F.
履歴
登録2014年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation_author / refine_ls_shell
Item: _citation_author.name / _refine_ls_shell.R_factor_R_free
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0186
ポリマ－13,6191
非ポリマー3995
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.495, 97.084, 58.127
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2076-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BROMODOMAIN ADJACENT TO ZINC FINGER DOMAIN PROTEIN 2B / HWALP4 / BAZ2B


分子量: 13618.652 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMODOMAIN, RESIDUES 1858-1972 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物 ChemComp-TYL / N-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE (TYLENOL) / アセトアミノフェン / アセトアミノフェン


分子量: 151.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 30% PEG600, 0.1M MES PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→29.06 Å / Num. obs: 20777 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 27.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.835→19.736 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1966 754 3.6 %
Rwork0.1688 --
obs0.17 20740 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.835→19.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数930 0 27 154 1111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0641338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.511377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8348-1.976400.23324009X-RAY DIFFRACTION97
1.9764-2.1750.20331170.19263990X-RAY DIFFRACTION99
2.175-2.48920.20852210.17233899X-RAY DIFFRACTION99
2.4892-3.13420.20422220.17223966X-RAY DIFFRACTION100
3.1342-19.73730.18641940.15174122X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.319-1.1169-1.67820.30860.44440.5858-0.5434-1.218-1.3022-0.0589-0.17360.1015-0.14510.44190.64490.2807-0.0266-0.01420.48570.12870.476443.539714.284919.1253
25.1014-4.9663-4.56825.24144.02614.5754-0.41220.1103-1.18620.163-0.0130.63720.33430.08550.40440.2310.0047-0.00310.201-0.00140.374521.281719.064426.6762
34.7724-0.5234-0.55867.5095-0.35612.86-0.0606-0.06790.11260.07390.05670.4279-0.1297-0.1737-0.06630.15120.0076-0.00050.1673-0.0260.192512.326835.364228.0827
45.28072.0282-1.52612.03671.09472.78630.0760.3130.3768-0.50770.2146-0.4928-0.36710.1128-0.32990.2481-0.01010.01990.18990.02060.226921.252841.905922.6367
54.0993-2.0647-0.38962.36710.56031.86470.09840.1983-0.1682-0.15630.0099-0.01180.05240.217-0.1080.20320.0039-0.01280.19380.00420.169324.515129.135123.5039
68.58972.95095.0288.15790.65743.22970.1501-0.920.32161.10950.29270.0418-0.5418-0.1602-0.35610.47580.0437-0.01510.3732-0.10070.228717.902742.423439.8384
75.3964-3.4913-1.38495.82451.44782.7665-0.6294-0.6682-0.33770.8810.45920.06650.37030.47510.17950.30340.0637-0.00630.32430.05840.190823.859426.17335.7488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1856 THROUGH 1868 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 1869 THROUGH 1881 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 1882 THROUGH 1900 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 1901 THROUGH 1910 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 1911 THROUGH 1943 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 1944 THROUGH 1948 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 1949 THROUGH 1970 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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