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- PDB-4cp6: The Crystal structure of Pneumococcal vaccine antigen PcpA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cp6
タイトルThe Crystal structure of Pneumococcal vaccine antigen PcpA
要素CHOLINE BINDING PROTEIN PCPA
キーワードCHOLINE-BINDING PROTEIN / CHOLINE BINDING PROTEIN / LEUCINE-RICH REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...: / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline binding protein PcpA / Choline binding protein PcpA
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Vallee, F. / Steier, V. / Oloo, E. / Chawla, D. / Vonrhein, C. / Steinmetz, A. / Mathieu, M. / Rak, A. / Mikol, V. / Oomen, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Pneumoccocal Vaccine Antigen Pcpa
著者: Vallee, F. / Steier, V. / Oloo, E. / Chawla, D. / Vonrhein, C. / Steinmetz, A. / Mathieu, M. / Rak, A. / Mikol, V. / Oomen, R.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLINE BINDING PROTEIN PCPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5001
ポリマ－49,5001
非ポリマー00
水12,286682
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.060, 61.850, 121.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHOLINE BINDING PROTEIN PCPA


分子量: 49500.129 Da / 分子数: 1 / 断片: CHOLINE-BINDING DOMAIN, RESIDUES 27-470 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
参照: UniProt: Q97NB5, UniProt: A0A0H2USF9*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 % / 解説: USE PLATINIUM K2PTCL4 AS HEAVY ATOM DERIVATIVE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→19.2 Å / Num. obs: 103647 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.34→1.36 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.34→19.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9565 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9499 / SU R Cruickshank DPI: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.053 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.049
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 5108 5.01 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs-102030 98.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3918 Å20 Å20 Å2
2--3.2957 Å20 Å2
3---2.096 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.151 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→19.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 0 682 3867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013274HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.144426HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1183SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes466HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3274HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.96
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion449SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4520SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2328 354 5.37 %
Rwork0.232 6233 -
all0.232 6587 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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