PDB-4cof: Crystal structure of a human gamma-aminobutyric acid receptor, th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cof

タイトル

Crystal structure of a human gamma-aminobutyric acid receptor, the GABA(A)R-beta3 homopentamer

要素

GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / synaptic transmission, GABAergic / roof of mouth development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Miller, P.S. / Aricescu, A.R.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of a Human Gabaa Receptor
著者: Miller, P.S. / Aricescu, A.R.

履歴

登録	2014年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月11日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.3	2014年8月27日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cof.cif.gz	690 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cof.ent.gz	587.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rhwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	21237 5vdi-d 21236 3lsv-d 20371 3ei0-d 20379 5tin-d 6fvq-d 3tlu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (10) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3

B: GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3

C: GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3

D: GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3

E: GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3

ヘテロ分子

209 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.100, 108.900, 207.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.396, 0.8897, 0.2272), (-0.8922, 0.3144, 0.3243), (0.2171, -0.3311, 0.9183)	-28.9186, -42.9619, 10.3559
2	given	(-0.5846, 0.5577, 0.5893), (-0.5624, -0.802, 0.2012), (0.5848, -0.2138, 0.7825)	-76.73, -27.97, 28.29
3	given	(-0.5915, -0.5552, 0.5847), (0.5499, -0.8081, -0.2111), (0.5897, 0.1966, 0.7833)	-76.88, 25.9, 28.46
4	given	(0.3855, -0.8947, 0.2257), (0.8936, 0.301, -0.3329), (0.2299, 0.33, 0.9155)	-30.55, 42.87, 11.43

#1: タンパク質

GAMMA-AMINOBUTYRIC ACID RECEPTOR SUBUNIT BETA-3 / GABA(A) RECEPTOR SUBUNIT BETA-3 / GABA RECEPTOR / IONOTROPIC / BETA-3

分子量: 40831.957 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 26-312,447-473 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P28472

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン

分子量: 120.152 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 74 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 11.5% PEG4000 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM LITHIUM SULPHATE, 100 MM N-2-ACETAMIDO-IMINODIACETIC ACID, PH 6.5, 2% (W/V) BENZAMIDINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→99 Å / Num. obs: 76360 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 83.39 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.97→3.05 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RHW

3rhw

解像度: 2.97→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8744 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.503 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.45 / SU R_free Blow DPI: 0.274 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.286
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2259	3835	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2053	-	-	-
obs	0.2064	76328	99.76 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.6452 Å²	0 Å²	17.9062 Å²
2-	-	-24.165 Å²	0 Å²
3-	-	-	34.8102 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.494 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.97→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13643	0	329	0	13972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	14364	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	19588	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6453	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2099	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		14364	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.27
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.16
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1934	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16013	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.97→3.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2809	266	4.75 %
R_work	0.2343	5333	-
all	0.2364	5599	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1868	-0.2868	-0.5209	0.7303	-0.0754	2.9861	0.1465	0.0056	-0.2299	-0.0769	-0.0855	0.0384	0.5273	-0.5487	-0.061	0.1848	-0.1525	-0.1001	-0.1029	-0.1456	-0.1731	-4.8047	-23.8317	120.8487
2	1.7411	0.0668	0.8123	1.3351	-0.4964	2.5186	-0.0094	-0.0311	-0.1917	0.0056	-0.0892	-0.002	0.4027	-0.1754	0.0986	0.1507	-0.0728	-0.038	-0.0791	-0.0356	-0.1317	9.718	-19.0774	172.9785
3	1.1743	-0.1999	0.4516	2.3396	-0.1217	4.0597	0.0131	0.1937	-0.0136	-0.2602	-0.0694	-0.0561	0.2151	0.4816	0.0563	-0.003	0.041	0.0616	-0.0291	-0.0769	-0.1784	16.4866	-9.7636	114.2808
4	1.6501	0.2431	0.6137	1.3838	0.702	2.0426	-0.0721	0.1889	-0.0453	0.0111	-0.0336	-0.1613	0.2086	0.3289	0.1057	0.0732	0.0758	-0.0208	0.05	-0.0287	-0.1482	29.3199	-11.9511	165.79
5	2.3308	-0.5739	0.3908	1.2189	-0.3393	3.0139	-0.0457	0.3349	0.0761	-0.1172	-0.1334	0.0508	-0.3797	-0.0069	0.1791	0.1598	-0.0748	-0.1059	-0.1313	0.093	-0.1879	10.6072	16.4319	116.4461
6	1.0281	0.2795	0.5274	1.1479	1.0523	3.6032	-0.0628	-0.0013	0.1924	-0.1309	-0.0975	-0.0274	-0.2736	0.2948	0.1603	0.1101	-0.0761	-0.0815	-0.0303	0.0817	-0.1235	29.0078	10.1735	165.9037
7	2.4839	0.3984	0.8175	1.9363	0.3514	1.5102	-0.1394	0.235	0.1713	-0.0979	-0.1114	0.0927	-0.3987	-0.5118	0.2508	-0.006	0.2924	-0.1837	0.1084	-0.0924	-0.2371	-14.5116	18.6308	125.8141
8	0.7965	0.1386	-0.4985	1.5794	0.1749	1.9241	-0.0354	0.0222	0.1813	0.067	-0.0806	0.0692	-0.3403	-0.2575	0.116	0.1016	0.1542	-0.1169	-0.0178	-0.0572	-0.1232	9.1198	16.8524	173.1292
9	1.6532	-0.2035	0.9606	2.1589	1.3708	2.4893	-0.0054	-0.1673	-0.0675	-0.2546	0.0605	0.1274	-0.0372	-0.5978	-0.0552	-0.2798	-0.1268	-0.0654	0.3977	-0.0623	-0.2936	-24.2739	-6.2554	129.2067
10	1.4257	0.0543	0.6891	1.241	-0.1694	2.9432	-0.0922	-0.1258	0.0453	0.0697	-0.0224	0.1269	0.1092	-0.416	0.1146	-0.0724	-0.0148	-0.0474	0.1902	-0.0519	-0.1424	-2.7231	-1.3601	177.5875

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|217 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|218 - A\|447 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|10 - B\|217 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|218 - B\|447 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ C\|10 - C\|217 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ C\|218 - C\|447 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ D\|10 - D\|217 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ D\|218 - D\|448 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ E\|10 - E\|217 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ E\|218 - E\|447 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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