PDB-4cod: Encoded library technology as a source of hits for the discovery ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cod

タイトル

Encoded library technology as a source of hits for the discovery and lead optimization of a potent and selective class of bactericidal direct inhibitors of Mycobacterium tuberculosis InhA

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

キーワード

TRANSFERASE / ELT / ENCODED LIBRARY TECHNOLOGY / ISONIAZID / L-PROLINE

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / fatty acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Encinas, L. / OKeefe, H. / Neu, M. / Convery, M.A. / McDowell, W. / Mendoza-Losana, A. / Pages, L.B. / Castro-Pichel, J. / Evindar, G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Encoded Library Technology as a Source of Hits for the Discovery and Lead Optimization of a Potent and Selective Class of Bactericidal Direct Inhibitors of Mycobacterium Tuberculosis Inha.
著者: Encinas, L. / O'Keefe, H. / Neu, M. / Remuinan, M.J. / Patel, A.M. / Guardia, A. / Davie, C.P. / Perez-Macias, N. / Yang, H. / Convery, M.A. / Messer, J.A. / Perez-Herran, E. / Centrella, P.A. ...

履歴

登録	2014年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Refinement description
改定 1.3	2014年6月11日	Group: Refinement description
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cod.cif.gz	427.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cod.ent.gz	359.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4cod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2h7i PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tzk-1 4dqu-1 4uve-1 3oew-1 2aqh-1 4trn-1 6sq5-1 6sqb-1 5cpf-d 2idz-1 2ieb-1 4trj-1 2aq8-1 1p44-2 1p44-1 6sq7-1 3fng-1 5g0w-d 2ied-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH]

ヘテロ分子

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.180, 102.350, 179.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADH] / NADH-DEPENDENT ENOYL-ACP REDUCTASE / ENOYL-ACYL CARRIER PROT EIN REDUCTASE 分子量: 28554.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A5Y6, UniProt: P9WGR1*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-KV1 / N-((3R,5S)-1-(benzofuran-3-carbonyl)-5-(ethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl)-3-ethyl-1-methyl-1H-pyrazole-5-carboxamide / N-[(3R)-1-[(ベンゾフラン-3-イル)カルボニル]-5β-(エチルカルバモイル)ピロリジン-3α-イル]-3(以下略) 分子量: 437.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.44 % 解説: RMERG FOR HIGH RESOLUTION SHELL IS 1.977. DATA IS VERY ANISOTROPIC. DATA USED IN REFINEMENT HAS BEEN TRUNCATED TO 3.2A IN THE A* DIRECTION
結晶化	pH: 8.5 詳細: 10% PEG 8K, 0.1M TRIS PH8.5 25% ETHYLENE GLYCOL USED AS CRYO.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→102.6 Å / Num. obs: 72859 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 71.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H7I

2h7i
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→35.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9351 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.334 / SU R_free Blow DPI: 0.226 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.226

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2064	2636	5.09 %	RANDOM
R_work	0.1703	-	-	-
obs	0.1722	51787	71.18 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.9029 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.2567 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.6462 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.337 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7984	0	304	384	8672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8468	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.22	11544	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2884	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		180	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1244	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8468	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.03
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.05
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1132	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10068	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4865	41	4.83 %
R_work	0.2469	808	-
all	0.2561	849	-
obs	-	-	71.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3604	-0.6158	-0.1749	1.0766	-0.0646	0.6029	-0.133	0.158	0.0483	-0.2536	0.2145	-0.0217	0.0382	0.1458	-0.0816	0.3276	-0.0883	0.1187	-0.1767	0.0221	-0.2259	5.6374	71.8831	-66.6096
2	0.468	-0.1704	0.2284	1.7322	0.4503	1.3511	-0.031	0.0732	0.1146	-0.1131	0.1255	-0.1142	-0.3489	0.2203	-0.0945	0.2876	-0.0698	0.0816	-0.2314	0.0099	-0.2312	8.7541	92.1428	-57.7411
3	0.7616	-0.0544	-0.2789	1.63	0.2278	1.1881	-0.089	0.0798	-0.1189	-0.205	0.1095	0.0563	0.4232	-0.0473	-0.0206	0.3619	-0.0493	0.099	-0.2943	-0.0224	-0.2673	2.2254	49.7883	-65.5754
4	0.5708	0.0897	0.069	1.3953	0.1363	1.6853	-0.1682	0.2233	0.0271	-0.3236	0.1665	0.398	0.0044	-0.3143	0.0017	0.2453	-0.0818	-0.0395	-0.2	0.0674	-0.2178	-15.7862	75.704	-71.5917
5	0.2771	-0.0044	-0.1079	1.3811	-0.125	1.1249	-0.1777	0.1619	-0.0404	-0.264	0.2352	-0.4547	0.0002	0.5121	-0.0575	0.1379	-0.074	0.2051	-0.0711	-0.1131	-0.1885	27.2846	69.7493	-71.5323
6	0.6248	-0.8104	-0.2164	1.489	0.7935	1.1857	-0.0089	0.0898	0.0307	-0.084	0.1701	0.0772	0.0686	0.1519	-0.1612	0.1533	-0.0865	0.1369	-0.1369	0.0462	-0.1218	5.637	71.841	-66.6008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{B AND RESEQ 1271}, {D AND RESEQ 1271}, {F AND RESEQ 1270}, {H AND RESEQ 1271}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|2 - B\|269 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ D\|2 - B\|269 } }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ F\|2 - B\|269 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ H\|2 - B\|269 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B AND RESEQ 1270}, {D AND RESEQ 1270}, {F AND RESEQ 1271}, {H AND RESEQ 1270}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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