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万見
- PDB-4cnx: Surface residue engineering of bovine carbonic anhydrase to an ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cnx
タイトルSurface residue engineering of bovine carbonic anhydrase to an extreme halophilic enzyme for potential application in postcombustion CO2 capture
要素CARBONIC ANHYDRASE 2
キーワードLYASE / PROTEIN ENGINEERING / CO2 CAPTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / one-carbon metabolic process ...positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / one-carbon metabolic process / apical part of cell / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Warden, A. / Newman, J. / Peat, T.S. / Seabrook, S. / Williams, M. / Dojchinov, G. / Haritos, V.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: Rational Engineering of a Mesohalophilic Carbonic Anhydrase to an Extreme Halotolerant Biocatalyst.
著者: Warden, A.C. / Williams, M. / Peat, T.S. / Seabrook, S.A. / Newman, J. / Dojchinov, G. / Haritos, V.S.
履歴
登録2014年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5983
ポリマ－29,4261
非ポリマー1722
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.591, 67.937, 43.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE 2 / CARBONATE DEHYDRATASE II / CARBONIC ANHYDRASE II / CA-II


分子量: 29426.455 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P00921, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: PROTEIN WAS AT 10 MG/ML. THE RESERVOIR CONDITIONS WERE: 40% PEG 600, 100 MM SODIUM CITRATE AT PH 5.5 SET UP AT 8C. CROSS SEEDING FROM OTHER MUTANT CA-II CRYSTALS WAS USED TO OBTAIN THESE CRYSTALS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→42 Å / Num. obs: 66095 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.23→1.3 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ML2

3ml2


解像度: 1.23→35.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.035 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THERE IS 'EXTRA' ELECTRON DENSITY NEAR ASP129 WHICH MAKES IT LOOK LIKE THIS MIGHT BE GLUTAMIC ACID INSTEAD OF ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY THERE IS 'EXTRA' ELECTRON DENSITY NEAR ASP129 WHICH MAKES IT LOOK LIKE THIS MIGHT BE GLUTAMIC ACID INSTEAD OF ASPARTIC ACID, BUT THE PLASMID SEQUENCE WAS CHECKED AND THE PROTEIN WAS CHECKED BY MASS SPEC AND BOTH SUGGEST THAT THE RESIDUE SHOULD BE ASP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14683 3344 5.1 %RANDOM
Rwork0.11065 ---
obs0.11244 62737 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→35.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 8 405 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0691.9553189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96834831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7365298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.51825.25120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.57615365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9811510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.571.0841135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5681.0841134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0641.8531452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0661.8541453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7081.5061183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7051.5061183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7372.3771738
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.6027.9843085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.6017.9853086
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.72234389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.997565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.69154647
LS精密化 シェル解像度: 1.235→1.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 229 -
Rwork0.183 4369 -
obs--92.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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