PDB-4cnr: Surface residue engineering of bovine carbonic anhydrase to an ex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cnr

タイトル

Surface residue engineering of bovine carbonic anhydrase to an extreme halophilic enzyme for potential application in postcombustion CO2 capture

要素

CARBONIC ANHYDRASE 2

キーワード

LYASE / PROTEIN ENGINEERING / CO2 CAPTURE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / one-carbon metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Warden, A. / Newman, J. / Peat, T.S. / Seabrook, S. / Williams, M. / Dojchinov, G. / Haritos, V.

引用

ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2015
タイトル: Rational Engineering of a Mesohalophilic Carbonic Anhydrase to an Extreme Halotolerant Biocatalyst.
著者: Warden, A.C. / Williams, M. / Peat, T.S. / Seabrook, S.A. / Newman, J. / Dojchinov, G. / Haritos, V.S.

履歴

登録	2014年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月13日	Group: Database references
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cnr.cif.gz	216.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cnr.ent.gz	173.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4cnr_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4cnr_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	4cnr_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	4cnr_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/4cnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4cnvC 4cnwC 4cnxC 5a25C 3ml2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ray-d 3s77-d 2cba-d 6i0j-2 3ibu-d 1g53-d 7k6x-d 6xzs-2 1g45-d 2nwz-d 6nm0-d 3s72-d 6xzy-1 3ibl-d 7jnr-d 6f3b-2 4pxx-d 6h3q-d 1cct-d 7k6i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CARBONIC ANHYDRASE 2

B: CARBONIC ANHYDRASE 2

C: CARBONIC ANHYDRASE 2

D: CARBONIC ANHYDRASE 2

ヘテロ分子

118 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CARBONIC ANHYDRASE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CARBONIC ANHYDRASE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: CARBONIC ANHYDRASE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: CARBONIC ANHYDRASE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	45.294, 141.114, 77.188
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	5 - 260
2	1	B	5 - 260
1	2	A	5 - 261
2	2	C	5 - 261
1	3	A	5 - 260
2	3	D	5 - 260
1	4	B	5 - 260
2	4	C	5 - 260
1	5	B	5 - 260
2	5	D	5 - 260
1	6	C	5 - 260
2	6	D	5 - 260

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	CARBONIC ANHYDRASE 2 / CARBONATE DEHYDRATASE II / CARBONIC ANHYDRASE II / CA-II / CA II 分子量: 29417.830 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P00921, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.5 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 10 MG/ML PROTEIN WITH 30% PEG 1500 AT 8C, pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.775
1	1	-h,-k,l	2	0.225

反射

解像度: 2.2→47 Å / Num. obs: 48015 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ML2

3ml2

解像度: 2.29→45.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 7.037 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23594	2195	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19993	-	-	-
obs	0.20177	40495	97.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.33 Å²	0 Å²	-6.32 Å²
2-	-	25.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→45.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8182	0	4	297	8483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	8446
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	7750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.371	1.945	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.109	3	17911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.388	5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.451	24.772	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.62	15	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.865	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.754	2.514	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.752	2.513	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.682	4.233	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.682	4.234	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.101	2.758	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.101	2.758	4320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.364	4.527	6362
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.577	13.186	9508
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.566	13.187	9472
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	15486	0.08
1	2	B	15486	0.08
2	1	A	15611	0.08
2	2	C	15611	0.08
3	1	A	15446	0.08
3	2	D	15446	0.08
4	1	B	15488	0.09
4	2	C	15488	0.09
5	1	B	15801	0.06
5	2	D	15801	0.06
6	1	C	15380	0.08
6	2	D	15380	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.288→2.348 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	141	-
R_work	0.291	2868	-
obs	-	-	94.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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